脑肌酸缺乏综合征Ⅰ型两家系临床特征及SLC6A8基因变异分析

该文报道2例由SLC6A8基因变异导致的脑肌酸缺乏综合征Ⅰ型（CCDS1）的临床及遗传学特征。2例患儿均为男性,年龄分别为2岁10个月、8岁11个月,主要表现为精神运动发育落后、抽搐。均有一哥哥出现类似症状,患儿1母亲轻度智力低下。经家系基因分析发现X染色体上SLC6A8基因分别存在c.200G > A（p.Gly67Asp）和c.626_627delCT（p.Pro209Argfs^*87）变异,变异均来自患儿母亲。这2个变异分别评级为可能致病性变异、致病性变异,既往未见文献报道。该研究拓展了SLC6A8基因突变谱,对精神运动发育落后、癫痫的男性患者的诊断具有重要意义。     

采用全基因组测序技术快速诊断危重症新生儿的临床实践

目的 探索全基因组测序在危重症新生儿临床快速诊断中的应用。方法 前瞻性纳入2019年8—9月复旦大学附属儿科医院新生儿重症监护病房中进行核心家系全基因组测序的危重症患儿。结合测序数据和患儿的临床特征,分析患儿基因检测结果、临床转归。结果 共检测15例患儿,男9例,女6例。主要入院原因为呼吸异常7例,反应差、喂养困难各2例,发热、低体温、早产、抽搐各1例。全基因组测序平均检测周期为4.5 d。最终,3例患儿获得基因诊断,诊断阳性率为20%(3/15)。其中,2例患儿因病情较重,父母放弃治疗;1例患儿于送检样本当日死亡,基因检测结果可解释病因。结论 全基因组测序技术可为临床怀疑遗传性疾病的危重症新生儿提供及时有效的诊断,为临床处置危重症病例提供遗传学依据。[中国当代儿科杂志,2023,25 (2):135-139]     

淡紫青霉ACCC31890对纤细薯蓣皂苷的生物转化

摘 要 目的：研究淡紫青霉菌对纤细薯蓣皂苷的生物转化,分离鉴定转化产物并进行药理活性探讨。方法: 使用硅胶柱色谱和半制备液相色谱分离转化产物,依据质谱(MS）、核磁共振(NMR)波谱分析进行结构鉴定,并对产物进行了体外抗炎活性的研究。结果: 从转化粗提物中分离得到三个依次脱糖基产物,分别为5R-spirost-5-ene-3-ol-O-β-D-Glucopyranoside (1→3)-β-D-Glucopyranosyl（1）,延龄草苷（2）和薯蓣皂苷元（3）,转化率分别为1%,1%,45%;体外抗炎活性研究表明三种转化产物对LPS刺激巨噬细胞分泌NO,IL-6和MCP-1具有不同程度的抑制作用,其抗炎活性随着糖链的逐步水解有所增加,以终产物薯蓣皂苷元的抗炎活性最强。结论:淡紫青霉菌转化纤细薯蓣皂苷得到薯蓣皂苷元的产率较高,糖基的数量对甾体皂苷类化合物抗炎活性有着一定的影响。     

中国城市人群孕期体重增加及其与新生儿出生体重的关系:一项多中心横断面研究

 目的 根据美国医学研究院(Institute of Medicine,IOM)2009年指南标准,调查中国人群低危孕产妇孕前体质指数(body mass index,BMI)和孕期体重增加(gestational weight gain,GWG)及其与新生儿出生体重的关系。方法 本研究采用多中心、大样本的横断面调查的方法,在14个省市39家医院连续时间段分娩的孕产妇的112 485例资料中,选择无并发症、单胎、关键数据完整的28周后分娩的低危妊娠女性54 827例。分析产妇身高、孕前BMI、GWG等指标对出生体重的影响,并建立回归模型。结果 孕前平均BMI为21.3 kg/m2,孕前BMI在正常范围的女性比例为77.2%,低体重女性比例为12.9%,超重为9.0%,肥胖为0.8%。平均GWG为(14±5)kg,根据IOM的标准,GWG总达标率仅45%,未达标者26%,超标者29%。出生体重与孕产妇身高、孕前BMI和GWG均有明显的正相关。结论 中国城市孕产妇的身高、孕前BMI不同于其他国家,GWG控制不理想。建立符合中国人群特点的孕期营养咨询策略对于降低巨大儿和低体重儿具有重要意义。     

复旦大学附属儿科医院高通量测序数据分析流程（第二版）对遗传疾病候选变异基因筛选用时和准确性分析

目的： 本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院（我院）分子诊断中心（本中心）2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程（复旦流程1.0）及其升级后的流程（复旦流程2.0）的临床应用效果。 方法：以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护病房送检行二代测序分子诊断的连续样本,进行初步数据分析结果、流程用时和准确性的比较和分析,并以典型病例具体说明复旦流程2.0的主要特点。 结果：2017年11月7~14日取得家属的知情同意的、行临床外显子检测的112例进入本文分析,初步数据分析结果的比较,进入人工数据审核的变异数量,复旦流程1.0平均210个,复旦流程2.0平均25个;完成112例从样本送达测序完成到初步报告形成时间,复旦流程1.0为78.8 h,复旦流程2.0为19.8 h;与人工审核后阳性结果判读符合率为63.6%（7/11）,阴性结果判读符合率为84.2%（85/101）。 结论：复旦流程2.0可以更加快速、准确和自动地进行大样本量的数据分析,可以用于临床大样本量的高通量数据分析及解读。     

复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统及临床应用案例分析

背景：目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键。 目的整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程。 设计：流程开发。 方法：(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统（复旦流程3.0）各个模块：①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析。(2)代表性病例重测分析：根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况。 主要结局指标：代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断。 结果：对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式。例1：ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22 约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2：线粒体MT ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5%;例3：SMN1基因纯合致病变异NM_000344: c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失。 结论：复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力。     

新生儿呼吸窘迫综合征并发支气管肺发育不良风险基因巢式病例对照研究

背景：既往已有许多针对支气管肺发育不良（BPD）风险基因的研究,但不同研究遗传表型差异大,无法作为呼吸窘迫综合征（RDS）并发BPD的遗传风险基因。 目的：筛选RDS并发BPD的遗传风险因素,明确其对RDS患儿预后的影响。 设计：巢式病例对照研究。 方法：以2016年1月1日至2021年8月1日在复旦大学附属儿科医院住院治疗、临床确诊RDS的患儿为队列人群,以是否并发BPD分为 BPD组和非BPD组。采用倾向性评分策略平衡2组胎龄,采用罕见变异关联性分析和功能富集分析,探索罕见变异基因富集的生物学过程,并筛选在BPD组中存在显著较多有害变异的候选风险基因。从GEO数据库检索RDS并发BPD高度相关基因表达数据,行基因表达模式的时间序列分析,验证本文高变异负荷基因的表达特征。 主要结局指标：RDS并发BPD风险基因。 结果：倾向性评分匹配后BPD组111例,非BPD组157例,2组的胎龄差异无统计学意义。基于2 742个背景基因显著富集的1 558个生物学过程（P<0.01）,蛋白质截断变异最显著富集的基因集与蛋白激酶活性有关（P=0.011）,BPD组中携带蛋白质截断变异的基因总数最多的是阳离子跨膜转运相关基因（P=0.027）。错义/非同义变异最显著富集的基因集与生长发育的调节有关（P=0.001）。BPD组中有26个基因的错义/非同义罕见变异负荷显著高于非BPD组（P<0.05）,其中3个基因（ARSB、B9D2和UVSSA）差异有统计学意义（P<0.01）。通过GEO数据库数据验证,ARSB在重度BPD中显著低表达（P<0.001）,时间序列分析发现ARSB基因在重度BPD新生儿中表达模式与无/轻度BPD新生儿差异有统计学意义（P<0.01）。 结论：ARSB基因为RDS并发BPD的风险基因。     

ALDOB基因复合杂合变异致遗传性果糖不耐受饮食控制30年1例报告并文献复习

目的 总结1例ALDOB基因复合杂合变异致遗传性果糖不耐受（HFI）患者饮食控制30年的远期随访结局和饮食控制经验。方法 回顾性总结1例ALDOB基因复合杂合变异致HFI初诊时的临床资料、30年饮食控制经历、基因检查结果和远期随访结局,系统筛选和记录能引起患者症状的食谱。复习文献,总结HGMD数据库收录为ALDOB致病变异、同时有详细临床信息的HFI患者的临床资料,分析饮食控制与未控制的随访结局。结果 女,4岁,因“不明原因低热,呕吐后症状缓解”就诊。生后20 d开始添加奶粉,喂养后立即呕吐,改为米粥喂养,呕吐症状缓解。儿童期食西瓜、蛋糕等后出现呕吐症状,开始停止摄入含糖类食物。7岁时曾以“吃甜食后低热、饥饿感、呕吐后可缓解”就诊,曾诊断“生长发育不良,遗传代谢性疾病待查”,家属开始系统筛选和记录能引起患儿呕吐症状的水果、蔬菜等食物。目前随访至30岁,身高174.6 cm,体重57.6 kg,智力发育正常,心、肺、甲状腺、肝、肾功能未见异常。WGS检测及家系Sanger验证,发现ALDOB基因复合杂合变异［NM_000035, exon4:c.360_363delCAAA(p.N120Kfs*32); exon9:c.1013C>T (p.A338V)］ ,A338V来自父亲,N120Kfs*32来自母亲。HGMD数据库收录为ALDOB基因致病变异、同时有临床信息的HFI患者33例,未控制饮食患者预后不良比例 ［75%（6/8）］ 高于饮食控制患者［50%（9/18）］。控制饮食但仍出现预后不良的患者中,移码变异占556%,高于控制饮食后未出现预后不良的患者（27.8%）。结论 饮食控制对HFI的改善预后具有重要意义,但携带移码变异的患者在控制饮食的情况下仍可能有不良预后,需要更为严格的饮食控制并密切随访。     

基于高通量测序技术的拷贝数变异筛选分析流程的建立及应用

目的 基于高通量测序的CNVs分析流程（PICNIC）与常规拷贝数变异微阵列比较基因组杂交检测方法的检测效率和结果分析。方法 纳入2016年1月1日至2017年12月31日复旦大学附属儿科医院分子诊断中心基于临床需要的、取得患儿家长知情同意的、同时送检了微阵列比较基因组杂交检测和高通量测序分析的病例。以微阵列比较基因组杂交为金标准,PICNIC为待测标准,微阵列比较基因组杂交检测采用安捷伦人类基因组CGH微阵列180K试剂盒,并经其软件进行数据处理和拷贝数变异检测。选择重复片段>500kb,缺失片段>200 kb 的CNVs 数据分析,经过筛选后,结合患儿表型人工进行结构评判,致病/可能致病（P/LP）为检测到的CNVs已知的表型与患儿表型相符合;临床意义未明（VUS）为检测到的CNVs已知的表型与患儿表型不完全相符合。PICNIC分析流程,从同一测序批次的BAM文件开始,经过外显子覆盖深度计算、质控筛选、CANOES计算CNVs评分并提供候选CNVs。后续从基因水平和区域水平二方面对CNVs进行注释和筛选。比较2种方法间检出率及其敏感性。结果 113例同时送检了微阵列比较基因组杂交检测和PICNIC测序分析流程,平均年龄2岁,发育迟缓82例,惊厥16例,孤独症5例,先天性心脏病3例,遗传咨询病例7例。微阵列比较基因组杂交检测到P/LP为76例,VUS为16例;PICNIC检测到P/LP为92例,VUS为21例;微阵列比较基因组杂交检测到的P/LP和VUS病例,均包含在PICNIC检测到的病例中,16例微阵列比较基因组杂交检测VUS结论的CNVs被PICNIC纳入P/LP,敏感度100%（95%CI: 94 %~100%）,特异度100%（95%CI: 81%~100%）,阳性预测值82.6%（95%CI: 73%~89）,阴性预测值56.8%（95%CI: 40%~72%）。微阵列比较基因组杂交检测到的446个CNVs中,PICNIC也检测到190个,在PICNIC到的236个CNVs中,微阵列比较基因组杂交检测也检测到190个。结论 PICNIC分析流程对于P/LP的CNVs,具有100%的特异性和敏感性,可用于CNVs的临床检测。该方法的建立及临床推广对于进一步挖掘高通量捕获测序数据具有重要意义。     

孕妇基本特征及14～20周糖脂代谢指标对妊娠期糖尿病的早期预测价值

目的探讨孕妇的临床基本特征及妊娠14~20周糖脂代谢指标预测妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)发病风险的价值。方法收集并筛选2011年2月至2012年12月复旦大学附属妇产科医院3924例孕妇数据,利用个人基本信息、妊娠14~20周的糖脂代谢指标等,logistic回归统计建模,得到受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC),计算曲线下面积(area under the ROC curve,AUC),采用leave-one-out交叉验证的方法进行模型检测。结果共有771例(19.6%)被诊断为GDM。GDM组年龄、身高、妊娠14~20周时的体重指数(body mass index,BMI)、空腹血糖(fasting blood-glucose,FBG)、糖化血红蛋白(hemoglobin A1c,Hb A1c)、三酰甘油(triglyceride,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TCh)、低密度脂蛋白(low density lipoprotein,LDL)水平均显著高于正常孕妇,差异有统计学意义(P0.05)。将上述所有变量全部纳入预测模型,AUC为0.71(交叉验证范围:0.7105~0.7109);在最佳阈值点,模型灵敏度为52.9%,假阳性率为20.2%。将对模型贡献显著的6个变量(年龄、身高、妊娠14~20周时的BMI、FBG、Hb A1c和TG)单独建模,AUC为0.71(交叉验证范围:0.7096~0.7098);在最佳阈值点,模型灵敏度为51.2%,假阳性率为19.2%。结论采用孕妇的年龄、身高和妊娠14~20周时的BMI、FBG、Hb A1c和TG,可以预测GDM发生风险。