染色质调节因子相关的lncRNA肾透明细胞癌预后模型的构建和验证

目的 构建染色质调节因子（CR）相关长链非编码RNA（lncRNA）的肾透明细胞癌（ccRCC）预后模型,提高ccRCC的预后管理。 方法 从TCGA数据库下载ccRCC的转录组数据和临床数据,并通过“caret”R包将ccRCC样本以7∶3的比例分为训练集（166例）和验证集（71例）。基于“DESeq2”R包筛选出差异表达的CR及相关的lncRNA。构建CR与lncRNA的共表达网络,并筛选出相关系数|rs|＞0.3且P＜0.05的差异lncRNA。利用单因素Cox、Lasso和多因素逐步Cox回归分析,构建CR相关的lncRNA预后模型。计算训练集和验证集样本的风险评分,根据风险评分的中位数将ccRCC患者分为高、低风险组。K-M曲线和受试者操作特征（ROC）曲线评价模型,单因素和多因素Cox回归分析评估风险评分的独立预测性能。“DynNom”和“shiny”R包开发在线预测工具。单样本基因集富集分析探索风险评分与免疫微环境及免疫检查点的关系。 结果 本研究最终纳入237个肿瘤样本和72个癌旁正常组织样本,鉴定了1 025个CR相关的lncRNA,最终筛选得到7个CR相关lncRNA（DUXAP8、AC026462.3、LINC01460、AL592494.1、AL353804.2、AC012462.1、AC009518.1）构建预后模型,并将其开发成在线工具（https://xzlmodelshiny.shinyapps.io/DynNomapp/）。高危组患者的生存率低于低危组（P＜0.05）,ROC曲线表明模型预测效能较好,单因素分析和多因素分析中风险评分的HR值分别为4.058（95%CI：2.530~6.508,P＜0.001）和3.096（95%CI：1.887~5.080,P＜0.001）。高风险组MDSC和Tregs细胞等免疫抑制细胞的浸润比例高于低风险组,趋化因子、免疫检查点及副炎症等通路的富集水平高于低风险组（P＜0.05）。此外,风险评分与免疫检查点TNFRSF25和TNFSF14呈正相关（r＞0.3,P＜0.05）。 结论 本研究构建的CR相关的lncRNA风险模型可独立有效地预测ccRCC患者的预后。