黄山粉蝇DNA条形码和形态鉴定

2018年4月,作者对南京建邺区蝇类进行监测,采获一蝇种,其特征为:翅肩鳞橙色,前缘基鳞棕色;胸部底毛黑色,具黄色绵毛被。肛尾叶两侧缘几乎平行,在端部处开始向末端收尖;侧尾叶宽、末端圆钝。DNA条形码比对结果与粉蝇属线粒体细胞色素c氧化酶I基因(COI)序列相似度最接近,为90.27%～90.73%,推测其为粉蝇属。依据外部形态、雄性生殖器及DNA条形码特征,鉴定为黄山粉蝇Pollenia huangshanensis,其为江苏省新记录种。     

1株境外输入性新冠病毒奥密克戎BQ.1.1全基因组测序及特征分析

目的 针对1例境外输入性新冠病毒感染者咽拭子样本开展全基因组测序，掌握输入性新冠病毒基因组特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供科学依据。方法 对1例从江苏口岸入境的输入性新冠病毒感染者的咽拭子样本，用二代测序技术进行全基因组测序，并通过生物信息学软件进行序列分析并构建进化树。结果 获得1株输入性新冠病毒全基因组序列（GenBank No. OP804248），基因组全长29 762 bp，基因分型结果显示为奥密克戎BQ.1.1型。与原始毒株（GenBank No. NC＿045512.2）相比，该毒株共有78个碱基发生了突变，59个区域发生了缺失；氨基酸突变有62个，氨基酸缺失14个。结论 奥密克戎BQ.1.1型为江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的溯源及防控提供重要科学依据。     

2022年5—9月新疆、江苏口岸输入性新冠病毒基因型分析

目的 对新疆、江苏口岸输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）核酸阳性灭活样本开展全基因组测序，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供理论指导。方法 采用商品化荧光定量RT-PCR试剂盒检测2020年5—9月新疆、江苏口岸入境人员咽拭子样本的SARS-CoV-2核酸，检测荧光阈值小于等于32(Ct≤32)的阳性样本用华大二代测序仪进行全基因组测序。结果 2020年5—9月，共检测了新疆、江苏口岸入境人员29 917份咽拭子样本，检出输入性新冠病毒阳性人员156例，其中江苏口岸113例，新疆口岸43例。对其中41份阳性样本开展了全基因组测序，均为奥密克戎（Omicron）变异株，共15个基因型，最多的是BA.5.2变异株，有17株；其次是BA.2.75变异株，4株；此外还有BA.2、BA.5.1、BA.4等基因型。结论 及时掌握了新疆、江苏口岸输入性SARS-CoV-2变异特征，为口岸新冠肺炎防控提供了技术支持。     

输入性新冠病毒奥密克戎XBB.1型全基因组测序及特征

目的 针对江苏口岸1例境外输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）感染者咽拭子样本，通过二代测序技术进行全基因组测序及序列分析，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠病毒防控提供理论支持。方法 通过荧光定量PCR和二代测序技术对入境感染者咽拭子样本进行新冠病毒核酸检测，对Ct≤32的阳性样本开展全基因组测序。结果 获得1株输入性SARS-CoV-2全基因组序列（GenBank:OQ048285），基因组全长29 772 bp，基因型为奥密克戎XBB.1型。与参考毒株（GenBank:NC＿045512.2）相比，该毒株有56个碱基位点缺失，有88个位点发生了替换；氨基酸缺失位点有13个，突变位点有63个。结论 奥密克戎XBB.1型是江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的防控及分子溯源提供重要技术支持。