前列腺癌相关基因及功能的生物信息学分析

目的: 利用生物信息学方法和体外实验,寻找前列腺癌发生的关键基因。方法: 从GEO 数据库下载基因芯片数据 GSE60502,其中包括48例正常前列腺组织样本和47例前列腺癌组织样本。利用Morpheus(https:∥software.broadinstitute.org／morpheus／)在线工具分析前列腺癌组织和正常前列腺组织的差异表达基因,然后使用GCBI(https:∥www.GCBI.com.cn)在线进行差异表达基因的基因本体富集论(gene ontology,GO)分析、Pathway分析,对同时参与GO分析和Pathway分析的差异基因取交集,构建基因共表达网络和基因相互作用网络。最后通过CCK8实验进行验证。结果： 共筛选出6 903个表达差异的基因,差异最大的前15个基因中,有上调基因9个,下调基因6个,其中表达差异最大的基因为CRISP3。GO分析提示差异基因主要参与的分子生物学过程包括小分子代谢过程、信号转导、DNA依赖的转录过程、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等。Pathway分析提示差异基因主要参与的通路包括PI3K-Akt信号通路、代谢途径、MAPK信号通路以及Wnt信号通路等。CACNA1A基因位于共表达网络的核心位置,而ADCY5、PIK3CB基因位于基因相互作用网络的核心位置。 体外CCK8实验证实下调CACNA1A表达可明显抑制前列腺癌细胞增殖能力。 结论： CRISP3、CACNA1A、ADCY5、PIK3CB基因可能是影响前列腺癌发生的关键基因。     

利用CRISPR/Cpf1系统构建稳定敲除LncRNA458314的肾癌细胞株及其功能探讨

［摘要］目的: 通过新基因编辑系统CRISPR/Cpf1稳定敲除肾癌细胞769P中的LncRNA458314,并初步研究LncRNA458314在肾癌中的作用。方法: 使用CRISPR/Cpf1系统敲除肾癌细胞769P的LncRNA458314,并通过荧光定量PCR检测敲除效率。通过CCK8实验检测LncRNA458314敲除后769P细胞的增殖能力;蛋白质印迹法检测LncRNA458314敲除后769P细胞pAKT、pERK和LC3A/B蛋白的表达。结果： 荧光定量PCR结果表明CRISPR/Cpf1系统成功敲除了目标LncRNA458314,并且通过多次荧光定量PCR检测对比后,挑选了两个稳定LncRNA458314低表达的769P单克隆细胞（6#和13#）用于后续实验。CCK8实验表明,LncRNA458314下调后,肾癌769P细胞的增殖能力明显下降;蛋白质印迹结果表明,LncRNA458314敲除后的769P细胞pAKT、pERK表达水平明显下降,LC3A/B表达水平明显上升。结论： LncRNA458314可能通过调控pAKT、pERK和LC3A/B表达发挥其生物学功能。     

3 cm以内肾结石微创治疗方案的选择探索*

目的探索3 cm以内肾结石微创治疗方案的选择方式。方法回顾性分析该院2016年5月-2018年5月符合纳入标准的70例肾结石患者的临床资料,接受经皮肾镜取石术(PCNL)的患者34例,接受输尿管软镜碎石术(FURL)的患者36例。通过比较接受两种微创手术方式患者的手术时间、术后住院时间、手术出血率、结石清除率和术后C-反应蛋白(CRP)升高率等观察指标的差异,评价两种手术方式治疗肾结石的部分临床疗效。结果两组患者的一般资料比较,差异无统计学意义(P0.05)。两组患者的手术时间、结石清除率和术后发热率比较,差异均无统计学意义(P0.05);PCNL组术后住院时间(9.06±2.35)d长于FURL组术后住院时间(3.94±1.26)d,PCNL组术后出血率及术后CRP升高率均高于FURL组,两组比较,差异均有统计学意义(P 0.05)。结论两种针对3 cm以内肾结石的微创治疗方案,PCNL具有创伤小、疗效确切等优点,但治疗过程中会伴有较高的术中和术后出血、术后感染等风险;FURL治疗肾结石的特点是几乎接近无创,具有出血少,疗效确切、术后感染率低和术后患者恢复快等诸多优点。在两种手术方式均可作为备选方案的情况下,FURL治疗3 cm以内肾结石更具有优势,值得推荐。     

PIK3CD-AS1对肾癌细胞增殖和凋亡的影响

目的: 探讨长链非编码RNA PIK3CD AS1在肾癌细胞与正常肾脏细胞中的差异表达及其对肾癌细胞增殖和凋亡能力的影响,并寻找与PIK3CD AS1功能相关的基因。方法: 运用qRT PCR检测PIK3CD AS1在正常肾脏细胞（HK 2）与肾癌细胞（769 P、786 O、A498）中的表达差异;将PIK3CD AS1过表达载体转染入肾癌769 P细胞,构建PIK3CD AS1稳定过表达的细胞株,通过CCK 8实验及流式细胞术检测PIK3CD AS1过表达对肾癌细胞增殖和凋亡能力的影响,通过凋亡相关基因表达谱芯片寻找与PIK3CD AS1功能可能相关的基因。结果： 与正常肾脏细胞HK 2相比,PIK3CD AS1在肾癌细胞（769 P、786 O、A498）中表达明显下降（P<0.01或P<0.05）。成功构建PIK3CD AS1过表达细胞株,经qRT PCR验证,实验组细胞中PIK3CD AS1表达量较阴性对照明显升高（P<0.05）。增殖实验及凋亡实验表明,实验组细胞的增殖能力显著下降（P<0.01）,同时细胞凋亡显著增多（P<0.01）。凋亡基因表达谱芯片筛选结果显示,与PIK3CD AS1相互作用进而促进肾癌细胞凋亡的基因有DFFA、BCL2L1、CASP9。 结论： PIK3CD AS1可能为抑癌基因,在肾癌细胞中呈现低表达状态。PIK3CD AS1可抑制肾癌细胞的增殖并促进凋亡,其促凋亡功能可能与CASP9、DFFA、BCL2L1基因有关。     

1 849例泌尿系结石种类及其与患者临床特征的关系

目的：分析湖南省泌尿系结石种类与患者临床特征的关系,探讨泌尿系结石防治策略。方法：收集中南 大学湘雅三医院泌尿外科收治的1 849例来自湖南省14个州市的泌尿系结石患者的结石,使用红外光谱分析技术分析 结石成分。根据患者的临床特征分析结石种类与临床参数的关系。结果：所有结石分为6类,男性中草酸钙结石和 尿酸结石分别占84.1%和7.7%;女性中草酸钙结石和尿酸结石分别占78.4%和4.2%,男性草酸钙结石、尿酸结石所占比 例高于女性(P<0.05)。年龄越大尿酸结石所占比例越高(<18岁为0.0%;18~<41岁为1.6%;41~<66岁为6.6%;≥66岁为 12.4%)。不同BMI结石种类构成比差异无统计学意义(P>0.05)。是否合并有尿路感染、高血压、糖尿病对结石种类构 成无明显影响(P>0.05)。尿液pH值呈正常、酸性、碱性的患者尿酸结石比例分别为 0.3%,13.8%和10.3%,尿液呈酸性 患者中尿酸结石比例较高。肌酐升高患者中含尿酸结石的比例高于肌酐正常患者(12.1% vs 4.5%,P<0.05)。结论：老 年患者、尿液呈酸性和肾功能不全患者较易发生尿酸结石,而改变尿液pH可能是防治湖南省泌尿系结石的重要策略。     

基于多重数据库的肾癌转移相关基因生物信息分析及功能初探

［摘要］目的: 通过生物信息学技术探讨肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞基因表达差异，寻找关键的差异基因及与其可能相关的分子机制。方法: 从GEO基因芯片数据库中下载人肾癌转移瘤和原发性肾癌的相关基因芯片数据GSE85258，用GCBI在线工具分析肾癌转移瘤和原发性肾癌的差异表达基因。分析差异表达基因GO及Pathway；筛选出既符合GO又符合Pathway的差异基因；将差异基因之间的相互作用及共表达关系构建基因网络图；构建差异基因Pathway网络图。通过体外细胞侵袭实验验证差异基因在肾癌细胞中的功能。结果： GSE85258数据集中共筛选出3 000个差异基因，其中表面活性蛋白2(SFTPA2)升高最显著，SLC17A3降低最明显。GO分析显示，差异基因主要参与DNA依赖性转录，信号转导，小分子代谢过程等多个生物学功能。Pathway分析显示，差异基因主要参与内质网蛋白质加工，代谢途径，癌症途径等生物学过程。差异基因相互作用分析显示MAPK1为核心信号传递中介，PRKCA、NRAS、NOS1等基因与其直接作用。差异基因间共表达既有正相关也有负相关，其中与周围基因关系最多的10个基因，互为正相关。Pathway网络分析显示MAPK信号通路是上下游通路最多的信号通路，其包含细胞周期、细胞凋亡、P53信号通路、癌症途径等与肿瘤发生相关的信号通路。侵袭实验显示，抑制SFTPA2表达可降低肾癌细胞的侵袭能力(t=18.44，P <0.01)。结论： 肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞存在表达差异基因，其中SFTPA2、MAPK1、PRKCA、NOS1可能是关键差异基因，其可能参与MAPK信号通路等，促进肾癌转移。