基于生信数据的Toll样受体4泛癌分析

目的 探讨Toll样受体4(toll-likereceptors,TLR4)在不同癌症类型的表达水平、预后结果、免疫浸润等。方法使用GEO数据库、TCGA数据库、人类蛋白质图谱(humanproteinatlas,HPA)和多种生物信息工具对TLR4进行泛癌分析,从分子水平、基因表达水平、生存状态、免疫浸润、基因突变以及相关细胞代谢途径等方面来探讨TLR4在不同类型癌症发生发展和癌症患者临床预后中的作用。结果 TLR4在大多数癌症中呈现低表达(P<0.05),并且与癌症患者的预后有一定的相关性(P<0.05),TLR4在多数癌症的表达与癌相关成纤维细胞(cancer-associatedfibroblasts,CAFs)浸润有关。TLR4参与到免疫应答、DNA转录调控、肿瘤增殖、凋亡、翻译后修饰和自噬等多种生物过程。结论TLR4表达与癌症患者临床预后和免疫细胞浸润存在统计学相关性,这将有助于人们从临床角度认识TLR4在癌症发生发展中所扮演的角色。     

IGKC在泛癌中的差异表达及其相关临床特性分析

目的 通过生物信息学方法了解癌组织中免疫球蛋白轻链kappa恒定区(immunoglobulin kappa constant, IGKC)功能,并从临床角度认识IGKC在癌症发生发展中所扮演的角色。方法 使用UCSC、TCGA、GTEx、GEPIA2等数据库从基因表达、预后分析、基因变异、免疫细胞分析、肿瘤干性、富集分析等角度对不同癌组织中的IGKC进行全面分析。结果 大多数癌组织中的IGKC表达水平显著高于正常组织,IGKC表达水平显著升高与部分肿瘤患者预后、基因变异、肿瘤干性和免疫细胞浸润相关。IGKC相互作用基因和共表达基因参与了T细胞受体信号通路、癌症中PD-L1表达和PD-1检查点通路和Th1、Th2和Th17细胞分化通路等多种信号通路。另外,这些基因也参与了免疫应答、结合U1/2/6 snRNP和结合T细胞受体等多种生物过程。结论 IGKC在多种癌组织中高表达,在多种癌的4个病理阶段具有显著差异,与患者预后之间存在相关性,IGKC有望成为多种癌症新型生物标志物。