术前PLR、NLR与喉鳞状细胞癌预后的相关性分析

目的观察喉鳞状细胞癌患者术前中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、血小板与淋巴细胞比值(PLR)对其预后的影响及相关性分析。方法回顾性分析2008年12月至2015年10月云南省肿瘤医院头颈外科收治的经手术治疗的151例喉鳞状细胞癌患者的临床资料。收集患者术前最近一次全血细胞计数的参数并计算NLR、PLR值及其最佳临界值。将上述相关参数引入Cox比例回归模型,分析影响喉鳞状细胞癌预后的危险因素及与总生存时间的关系,并分析喉鳞状细胞癌患者中NLR、PLR与白细胞介素6(IL-6)的相关性。结果对于喉鳞状细胞癌患者术后生存,单因素及多因素的Cox回归分析显示,白细胞计数、血小板计数、中性粒细胞计数可作为其危险因素(HR=1.13,95%CI:1.04~1.24;HR=1.003,95%CI:1.000~1.007;HR=1.24,95%CI:1.14~1.35;均P<0.05),淋巴细胞可作为其保护性因素(HR=0.51,95%CI:0.36~0.73,P<0.001)。NLR及PLR高低是喉鳞状细胞癌预后的独立影响因子[HR=3.01,95%CI:1.69~5.36;HR=1.98,95%CI:1.07~3.65;均P<0.05]。IL-6水平与高NLR、PLR的相关系数分别为0.67、0.34。结论术前NLR、PLR可作为影响喉鳞状细胞癌患者术后生存的独立因素,对喉鳞状细胞癌的预后评估具有重要意义。     

基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析

目的：通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病（AML）相关的差异表达基因（DEGs）,探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法：从基因表达数据库（GEO）下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具（GEO2R）进行DEGs的筛选。利用基因本体功能注释（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络（PPI）并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因（Hub genes）及转录因子,通过生物技术信息基因云（GCBI）在线数据库分析前5位的核心基因。结果：本研究共筛选出600个DEGs,其中407个基因上调,193个基因下调。GO分析,相关的DEGs主要参与细胞成分的组成,包括核浆、细胞质、核膜和核斑点。KEGG分析,DEGs主要在肿瘤坏死因子（TNF）、细胞因子受体相互作用及Jak激酶/信号转导与转录激活子（Jak-STAT）信号通路中富集。通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出甲酰肽受体2（FPR2）、磷酸肌醇3激酶调节亚单位1（PIK3R1）、E1A结合蛋白p300（EP300）、热休克蛋白90α家族（HSP90AA1）和NRAS原癌基因（NRAS）等前20个连接度最高的核心基因,其中EP300、HSP90AA1和NRAS参与了白血病的发生发展。iRegulon共筛选出TP63、NFE2L1和TBX等55个作用于Hub基因的转录因子。结论：筛选出的核心基因和转录因子可能参与小儿AML的发生发展,并可能成为小儿AML的治疗新靶点。     

基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析

目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制.方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选.采用miRcode、miRDB、miR...     

人早幼粒细胞cDNA文库的构建及其鉴定

目的：构建人早幼粒细胞HL60的cDNA文库,阐明文库内相关基因在急性早幼粒细胞白血病（APL）发生发展中的相关机制。方法：采用Trizol法提取HL60细胞总RNA,离心柱法分离纯化样本中的mRNA,逆转录PCR法合成cDNA第一链,酶促法直接合成cDNA第二链,胶回收目的长度的cDNA片段后将其与pPR3-N载体连接,通过同源重组方法在酵母Y187菌株中构建人早幼粒细胞cDNA文库。将培养的菌液涂布于LB平板进行库容量鉴定,PCR法鉴定插入片段大小及分布。结果：提取到的HL60细胞RNA条带清晰无降解且弥散度低,以纯化后的细胞mRNA为模板成功合成cDNA,经胶回收cDNA片段后顺利将其与pPR3-N载体连接。将重组载体转化至酵母菌株Y187,通过同源重组方法在菌株中成功构建人早幼粒细胞cDNA文库。在原始电转化菌稀释100倍后取10 μL涂板,共长约250个克隆子,库容量为2.5×10⁶ CFU·mL^-1,转化后原始菌液共计5 mL,总库容量为1.25×10⁷ CFU。文库的插入片段电泳检测,平均插入片段大于1200 bp,阳性率为100%。结论：成功构建人早幼粒细胞的cDNA文库,为白血病的发病机制及治疗机制的研究奠定了基础。     

人早幼粒细胞cDNA文库中与GINS2发生相互作用靶蛋白的筛选和鉴定

目的:采用酵母双杂交系统筛选与人GINS2编码蛋白发生相互作用的靶蛋白,阐明其在急性早幼粒细胞白血病(APL)中的致病信号及相关机制.方法:采用热激法将诱饵质粒pGBKT7-GINS2与人早幼粒细胞cDNA文库质粒共同转化至酵母AH109感受态细胞中,筛选与GINS2编码蛋白相互作用的文库蛋白.利用多重报告基因检测和D...