甲状腺癌免疫治疗的研究进展

摘 要：甲状腺癌是内分泌系统中最常见的恶性肿瘤,其组织学类型主要有乳头状癌(PTC)、滤泡状癌(FTC)、髓样癌(MTC)和未分化癌(ATC)4种病理类型,其中PTC是最常见的一种类型,约占85%。近年来,甲状腺癌的发病率呈逐年快速上升趋势。目前,手术、内分泌治疗、核素内放疗是分化型甲状腺癌的三大治疗手段,总体效果良好。但部分甲状腺癌,如碘抵抗远处转移分化型甲状腺癌、低分化癌、未分化癌、远处转移髓样癌等难治性甲状腺癌,预后不良且治疗手段匮乏。免疫治疗近年来逐渐成为研究热点,甲状腺癌的免疫治疗有望成为治疗这部分复杂病例的一种新方法。目前应用于甲状腺癌的免疫治疗方法主要有肿瘤疫苗治疗,免疫检查点抑制剂治疗,过继免疫细胞治疗,单克隆抗体治疗和免疫调节细胞靶向治疗等。     

基于生物信息学分析转录因子HLF及KLF7在头颈部鳞癌进展过程的表达及预后意义

摘要：目的:通过生物信息学手段筛选驱动头颈部鳞癌（HNSCC）进展的潜在关键转录因子,分析其表达特征及预后意义。方法:从癌症基因组图谱数据库获取HNSCC转录组测序数据,筛选不同分期肿瘤组织与正常黏膜组织的差异转录因子。通过STEM工具分析差异转录因子在HNSCC进展过程的表达模式。在R3.5.1环境下,利用survival包和survminer包计算差异转录因子的预后意义。最后利用人类蛋白图谱数据库对候选转录因子进行免疫组化验证,并通过基因集富集分析挖掘与转录因子密切相关的通路。结果:和正常组织相比,HNSCC各分期的差异转录因子分别为172（Ⅰ期）,272（Ⅱ期）,272（Ⅲ期）,307（Ⅳ期）,各分期共有差异转录因子为7个。其中HLF及KLF7等5个差异转录因子与HNSCC患者预后显著相关。免疫组化结果显示,上述转录因子表达趋势均与转录组测序结果一致,其中HLF在HNSCC 4个分期表达均显著下调,而KLF7则呈现相反趋势。基因集富集分析显示,HLF表达下调可显著激活细胞外基质分解及对Ⅰ型干扰素的反应等生物进程; KLF7高表达时,角质形成细胞增殖、细胞-基质连接组件等生物进程显著激活。结论:HLF及KLF7等转录因子表达失调与HNSCC分期及患者预后密切相关,并潜在参与驱动HNSCC的恶性进展。     

基于GEO数据库的HPV阳性口咽癌特征基因生物信息学研究

目的 通过分析HPV阳性与阴性口咽癌患者基因芯片数据,寻找差异基因及其关键通路,区分不同HPV感染状态下口咽癌的分子表达特征基因谱。方法 利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出口咽癌患者具有HPV感染状态信息的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出可表征不同HPV感染状态口咽癌生物特性的特征基因簇和通路,并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。结果 经差异基因分析后,发现HPV感染状态可影响口咽癌的生物学特征,并显著改变一些重要的肿瘤信号通路,如Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路等。结论 本研究利用生物信息学方法,从多种角度定义了口咽癌不同HPV感染状态下的分子表达特征,为口咽癌的精准治疗提供理论依据。     

基于生物信息学的未分化甲状腺癌关键发病机制及其潜在干预靶点研究

目的: 阐明未分化型甲状腺癌（ATC）的分子病理状态,并挖掘其潜在的干预策略。方法: 利用GEO数据库联合R语言分析ATC组织与正常甲状腺组织差异表达的基因;利用京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路数据库和基因本体（GO）数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,分析其关键网络节点和基因簇;最后采用L1000CDS²数据库预测ATC的潜在治疗药物。结果: 共获得2087个差异表达基因。与正常甲状腺组织相比,ATC组织细胞内信号通路及肿瘤微环境均发生显著改变,包括PI3K-Akt信号的持续激活、p53通路的激活、炎症反应、细胞外基质重塑等。蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇和9个关键节点。将差异表达基因与L1000CDS²数据库进行比对后发现22个能够逆转ATC病理状态的潜在化合物。结论: 本研究揭示了ATC发病机制中的关键节点,为ATC的治疗提供了潜在的靶点。     

外泌体在头颈部鳞癌中的研究进展

摘 要：外泌体是一种携带多种生物活性物质的膜性囊泡,在介导肿瘤细胞—肿瘤细胞及肿瘤细胞—肿瘤微环境之间信息传递过程扮演重要角色。外泌体通过多种途径参与肿瘤发生发展,其在临床诊断和治疗方面也具有重要研究价值。全文对外泌体与头颈部鳞癌恶性进展、肿瘤微环境、耐药的关系及其在头颈部鳞癌诊断与治疗中的研究进展进行综述,以期为寻找头颈部鳞癌诊治新靶点提供线索。     

基于光镜表型的促神经元亚型分化药物初筛法

目的:建立基于光镜表型的促胚胎干(embryonic stem,ES)细胞神经元亚型分化药物筛选法,供早期发现促神经再生药初筛用。方法:采用悬滴培养4-/4+法,形成拟胚体,继而贴壁培养向神经细胞分化,光镜确认表型呈神经元样的基础上进一步评价各类亚型。以10-7mol/L异补骨脂甲素(Isobavachin,IBA)和10-6mol/L淫羊藿苷(Icariin,ICA)为例,分化终点以光镜下轴突为胞体三倍长以上者为神经元样细胞,继续以免疫荧光成像法确认神经元(β-tubulinⅢ阳染),并进一步以特异性抗体(ChAT、GABA)阳染共定位鉴别相应神经元亚型。结果:基于光镜表型评价,在分化终点即可剔除轴突分化不全的细胞,取代了以往免疫荧光成像所需的人力、物力与时间;并避免进一步ELISA或流式细胞术评价的假阳性。光镜显示IBA处理者大部分显示神经元样表型,而ICA处理的细胞却不然,免疫荧光成像结果与此相一致。因此,仅对IBA处理的神经元做亚型鉴定,显示胆碱能神经元以及γ-氨基丁酸能神经元亚型。结论:基于光镜表型的促神经元分化初筛法在化合物促神经元亚型分化上具有简便易行、节约物力与时间,避免假阳性的独到之处;经该法初筛后供后续研究,可见IBA具有促胆碱能和γ-氨基丁酸能神经元分化活性。     

基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后关联性分析

目的 通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法 在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络（protein-protein interaction,PPI）,分析其关键基因;用在线工具Kaplan Meier-Plotter对这些关键基因进行生存分析;用The Human Protein Atlas数据库对这些关键基因在肝癌组织中的蛋白质表达进行免疫组化分析。结果 共鉴定出338个差异表达基因,其中97个为上调基因,241个为下调基因。其中上调的差异表达基因显著富集在细胞核有丝分裂、细胞分裂、有丝分裂成对染色单体分离、成对染色单体凝聚等生物过程;下调的差异表达基因显著富集在环氧化酶P450途径、氧化还原过程、外源性药物分解代谢过程等生物过程。根据PPI网络,对关键模块的24个关键基因进行鉴定,发现这些关键基因的高表达与肝癌患者的生存率低有相关性,并截取关键差异表达基因免疫染色代表性图像。结论 本研究发现的关键差异基因有助于更全面地了解肝癌发生的分子机制,可作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗分子靶点。     

清肺口服液在特发性肺纤维化中的治疗作用及网络药理学研究

目的：考察清肺口服液在特发性肺纤维化中的治疗作用及机制。方法：72只SD大鼠分为正常对照组、模型对照组、吡非尼酮组（给予吡非尼酮 50?mg·kg^–1·次^–1,每天2次）、清肺口服液组（给予清肺口服液3.6?mL/kg,每天1次）处理21?d,获取肺组织进行HE染色、马森染色和转化生长因子-β（TGF-β）免疫组织化学染色,其余组织进行匀浆后检测超氧化物歧化酶（SOD）、丙二醛（MDA）和谷胱苷肽（GSH）。采用网络药理学方法,利用BATMAN-TCM数据库检索清肺口服液组成药物的化学成分及其对应靶点,随后构建成分-靶点-疾病网络图,进行通路富集分析。结果：组织病理学结果提示,清肺口服液给药后可改善肺纤维化状态,且效果与吡非尼酮类似;清肺口服液可减少肺组织TGF-β表达,对SOD、MDA和GSH也有调控作用。成分-靶点-疾病网络构建及基因功能注释结果显示,清肺口服液与调控炎症、细胞外基质和细胞因子等通路相关。结论：清肺口服液可能通过调控炎症等信号通路发挥抗特发性肺纤维化作用。     

MAD2L1/CAMK2A/PTTG1基因簇失调维持子宫内膜癌干性特征

目的 研究子宫内膜癌(UCEC)的干性特征及潜在调控机制。方法 从癌症基因组图谱数据库中获取UCEC转录组测序数据。在R3.5.1环境下,采用edgeR包对基因表达谱进行标准化。基于一类逻辑回归机器学习算法计算各UCEC样本的mRNA干性指数(mRNAsi)。采用survival包和survminer包计算mRNAsi和候选基因的预后意义。基于高频子通路挖掘算法(HiFreSP)对差异基因进行子通路预后识别。通过WGCNA包构建基因共表达网络,分析关键基因模块。利用clusterProfiler包进行功能注释及通路富集分析。利用人类蛋白图谱数据库进行免疫组织化学验证。结果 UCEC样本mRNAsi显著高于正常组织(t=25.095,P<0.001),分化程度越低,mRNAsi越高,mRNAsi随肿瘤分期逐渐上调。预后分析表明,mRNAsi评分越高,UCEC患者总生存期越短(χ²=6.864,P=0.0088),mRNAsi高低组别之间存在570个特异变化差异基因。通过HiFreSP算法富集并识别出卵母细胞减数分裂的子通路及细胞周期子通路具有显著预后意义。这些通路共包含MAD2L1、CAMK2A、PTTG1、PLK1、CCNE1、CCNE2、ESPL1、CDC20、CCNB1、CCNB2、SMC1B等11个差异基因,均与患者预后显著相关。基因共表达网络分析结果显示,mRNAsi与3个基因模块密切相关,MAD2L1、CAMK2A、PTTG1也分别与上述模块高度相关。免疫组织化学结果表明,MAD2L1及PTTG1在UCEC组织中高表达,而CAMK2A在UCEC中下调,该趋势与转录组测序结果一致。结论 本研究基于机器学习刻画了UCEC的干性特征,识别预后相关子通路,并发现MAD2L1、CAMK2A、PTTG1等基因簇与UCEC的干性特征密切相关,为揭示UCEC干性特征调控机制及发现潜在治疗靶点提供线索。     

川芎嗪诱导小鼠肝药酶Cyp3a11的作用及其机制研究

目的 考察川芎嗪对小鼠肝药物代谢酶Cyp3a11（CYP3A4同源基因）的作用及相关机制。方法 24只8周龄C57BL/6小鼠随机分为对照组和川芎嗪低、中、高剂量（25,50,100 mg·kg^-1）组,连续灌胃给药15 d。以RT-PCR法检测肝脏Cyp3a11 mRNA表达。采用差速离心法提取肝微粒体,以Cyp3a11经典底物咪达唑仑进行孵育,HPLC-MS/MS检测肝脏Cyp3a11活性。以双荧光报告基因法分析川芎嗪对CYP3A4转录活性的影响。结果 川芎嗪可诱导小鼠肝脏中Cyp3a11的mRNA表达,且诱导作用呈剂量依赖性增加。高剂量组可诱导Cyp3a11的代谢活性升高。川芎嗪可通过核受体PXR途径激活CYP3A4启动子转录活性。结论 川芎嗪对CYP3A4同源基因Cyp3a11的表达和活性具有一定的诱导作用,提示在临床使用过程中可能存在潜在的药物相互作用风险。