中国肺炎链球菌分型及其感染的研究

肺炎链球菌是引起肺炎、脑膜炎、中耳炎、心内膜炎、关节炎。以及化脓性疾患的重要病原菌,对人群的健康有严重的危害性,尤其对老年人及婴幼儿危害更大,病死率较高。耐药菌株的不断出现,已成为临床治疗中十分棘手的问题。近年来世界卫生组织及许多国家对防治肺炎链球菌的感染极为关注,并研制成功了肺炎链球菌多糖菌苗,世界卫生组织还专门组织进行了全球性肺炎链球菌的菌型监测。     

铅黄肠球菌CMCC(B)32220的鉴定和全基因组分析

目的 应用多种方法对CMCC(B) 32220鉴定和分析,了解其全基因组的分子特征。方法 将待鉴定菌株CMCC(B) 32220复苏培养后,依次进行形态学、全自动生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析、16S rRNA基因以及全基因序列测定,应用生物信息学方法分析其基因组基本特征,并预测基因功能、耐药性及致病性。结果 经全自动生化和MALDI-TOF-MS鉴定分析菌株CMCC(B) 32220均为铅黄肠球菌。CMCC(B) 32220菌株与NCBI数据库中已发表2株代表性铅黄肠球菌16S rRNA基因序列相似度分别为99.4%和98.9%,而与不同肠球菌16S rRNA基因序列相似度为94.8%～98.7%。CMCC(B) 32220染色体全基因组序列全长为3 195 952 bp,包含3 054个基因,其中具有直系同源簇(COG)功能2 453个,参与KEGG代谢通路1 622个。而基于全基因组水平的平均核苷酸一致性(ANI)分析证实CMCC(B) 32220菌株与已发表的铅黄肠球菌的ANI值为95.1%,而与其他3株肠球菌属不同种(屎肠球菌、鸡肠...     

Leptospira alstoni致病性钩端螺旋体的多位点序列分析研究

目的 探讨分析Leptospira alstoni致病性钩端螺旋体的基因型。方法 应用多位点序列分析(multilocus sequence typing,MLST)技术研究仅在我国分离发现的三株Leptospira alstoni致病性钩端螺旋体的基因型,并与MLST数据库收录的当前中国流行血清群进行聚类分析。结果 成功将三株菌株7个管家基因扩增出来,基因测序结果通过与MLST数据库比对,发现这三株菌株MLST结果并不能匹配数据库中已有MLST基因型,表明这三株菌株具有三种不同的MLST基因型。聚类分析结果显示这三株致病性钩端螺旋体形成一个独立的进化分析,与当前在中国流行的七种致病性钩端螺旋体血清群明显不同。结论 发现三种不同致病性钩端螺旋体MLST基因型,这些结果为未来致病性钩端螺旋体分子分型、溯源奠定一定理论基础。     

不同血清群致病性钩端螺旋体PFGE分析研究

目的 了解不同血清群致病性钩体的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型特征。方法 应用PFGE方法对65株不同血清群致病性钩体国际、国内参考菌株和疫苗株进行分型,并以此聚类分析,同时与菌株的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、多位点串联重复序列数变化分析(multilocus VNTR analysis, MLVA)分型结果进行比较研究。结果 不同血清群致病性钩体基因组DNA经NotⅠ酶切电泳后,获得了较高清晰度酶切图谱,各条带分离良好。65株钩体菌株分为61种PFGE型别。相同的血清群的钩体菌株的PFGE型别不尽相同。比较分析结果显示尽管PFGE、MLST和MLVA之间的分型结果不尽相同,但都具有较高的分辨率。聚类分析显示这些菌株可形成11个大小不一进化簇,呈现多点分散进化特征。结论 获得致病性钩体分子分型的第一手资料,为后续钩体分子溯源及流行病学研究提供科学指导。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...