血清多肽组谱图的生物信息学

血清多肽组谱图(简称血肽图,serum peptidome profiling)是指通过质谱分析技术获得的血清中多肽组的精确质量数的谱图,是临床蛋白质组学研究领域的一个分支,在生物标志物的发现、疾病早期诊断和个性化治疗等领域有着广阔的应用前景.而且在这些应用中,生物信息学分析是其中一个重要环节.为了给有关的生物医学工作者提供较好的支持,文章就与血肽图相关的生物信息学方法进行综述,内容涉及基线删除、标准化、峰检测、峰比对和模型建立等方面.     

单克隆抗体免疫交叉反应现象及其原因探讨

本文应用免疫双扩散及免疫印染技术证实了组蛋白与抗人FN和抗人CRP单抗之间发生的免疫交叉反应。借助于电子计算机帮助,分析了交叉反应的分子基础,发现组蛋白和FN之间具有5个氨基酸序列同源区域,同源区域与Pollard 1990年所预测的组蛋白抗原决定簇相一致。文章同时讨论了单抗与不相关抗原发生交叉反应的原因,包括分子模拟。构型表位,电荷空间分布及中间介质诱导等因素。     

用寡核苷酸芯片研究淋巴瘤细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因

我们应用寡核苷酸芯片技术,分别筛选Burkitt’s淋巴瘤(BL)和皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因,并对其功能进行初步的分析。材料和方法1　寡核苷酸探针的设计　芯片所包括的基因来源主要有:①Alizadeh等[1 ] 从1785 6条基因中筛选出的与恶性淋巴瘤特别是与弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)发病、分型密切相关的基因4 3条;②近年文献报道的和肿瘤发生发展相关的癌基因、抑癌基因或涉及细胞周期调控、分化凋亡诱导、信号转导等有关的基因5 6条;③部分基因库所登录的功能未确定、我们正在研究的淋巴瘤/肿瘤相关新…     

体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探

目的通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitroRRI推测in vivo RRI的可靠性。方法采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母的in vivo小核仁RNA(snoRNA)-rRNA相互作用进行比较。结果发现in vitrosnoRNA-rRNA相互作用与in vivo snoRNA-rRNA相互作用的重叠率仅为23.42%(26/111);而in vitro测定的snoRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的snoRNA片段重叠率为38.78%(19/49);in vitro测定的rRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的rRNA片段重叠率为80.70%(46/57)。结论 in vitro和in vivo条件下snoRNA-rRNA的相互作用差异很大,提示in vitro条件下测定的snoRNA-rRNA的相互作用不能真实反映它们在in vivo的相互作用。     

人心力衰竭心肌细胞基因表达谱分析方法初探

目的通过对多中心人类心力衰竭心肌细胞基因表达谱数据整理、分析,探索识别不同表达谱中相同结构蛋白基因的方法。方法选取14个已发表的原发病为扩张型心肌病和（或）缺血性心肌病的心力衰竭基因表达谱,筛选出各表达谱中差异表达≥1.4倍的心肌结构蛋白基因及功能蛋白基因。编写程序自动下载相关基因片段的序列,并建立数据库。根据表达谱中提供的识别号及相关注释信息,用BatchGenAna网站在染色体基因组上进行序列定位,通过定位图显示同一基因不同片段的定位信息。结果通过GenBank序号及芯片中克隆序号得到不同表达谱中相同序号的基因仅有23组,检出率低,漏检了相同基因的不同片段。通过染色体基因组比对、定位,检出不同表达谱中定位在同一染色体区域的相同基因的不同片段共51组,且集中定位在1、2、9、11、12、16号染色体上。通过定位明确显示此基因的编码区及调控区序列。结论基因组定位方法可识别不同表达谱中相同基因的不同片段,明确定位基因编码区及调控区,为后续的功能基因组研究提供可靠信息。     

RNA二级结构的预测

分析了碱基最大配对，极小化自由能、螺旋区组织和基于多序列比较的ＲＮＡ二级结构预测等典型算法的优劣；并比较了ＲＮＡ二级结构的各种显示方式：点阵表示，半圆表示，圆形表示，正多边形表示和树状表示等。最后，讨论了ＲＮＡ二级结构预测在大肠杆菌中外源基因表达水平分析和核酶设计等方面的应用。     

RT-LAMP检测甲型H1N1病毒核酸几种结果判定方法

目的比较RT—LAMP检测甲型H1N1流感病毒核酸几种不同的结果判定方法的差异,优化检测方法。方法利用已知的阳性病毒样本,对比电泳、直接观察、加入SYBRGREENI核酸染料和优化后的预染核酸染料和的检测灵敏度。结果电泳检测的灵敏度最高,加入SYBR GREEN I染料的灵敏度略低,而直接的肉眼观察灵敏度低约2个数量级。加入优化后的预染染料其检测灵敏度与加入SYBR GREEN I核酸染料相当。结论电泳法检测的灵敏度最高,可通过加入优化后的预染染料提高目测判定反应结果的灵敏度,增强反应的特异性,并可降低气溶胶污染。     

BioSun:计算机辅助分子生物学实验设计的软件系统

论述了我们自行研究与开发的分子生物学实验辅助设计的生物信息学软件系统BioSun。该系统运行于Windows环境，其主要功能有：可视化的序列编辑、可接收多种序列格式(EMBL，GenBank和FastA)的数据库管理系统、多种方式的序列比较、多种方式的抗原表位预测、基于多种算法的RNA二级结构预测、酶切位点分析及酶切图谱制作、PCR实验辅助设计、辅助寡核苷酸微阵列的探针设计、辅助cDNA微阵列的引物设计和原核系统外源基因高效表达设计等。BioSun系统使用图形用户界面方式，可实现对图形与文本文件的灵活管理，具有操作灵活、功能多样等特点，可用于分子生物学实验的辅助设计，对加快实验进程和提高实验的成功率具有重要意义。     

食管癌相关功能未知基因的电子克隆延伸与ncRNA的发现

背景与目的:运用电子克隆等生物信息学方法研究筛查出的镐个与食管癌相关功能未知的DNA序列片段,为食管癌相关研究提供指导.材料与方法:以48个DNA序列片段为核心,运用BioEdit建立本地数据库;通过电子克隆的方法对48个DNA序列中功能未知的基因片段进行序列延伸;通过BLAST同源分析搜索48个基因的内含子以及上下游基因间隔区中存在的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA).结果:48个DNA序列中功能未知的基因片段通过电子克隆的方法平均能够延伸190 bp以上;在48个基因的内含子以及上下游基因间隔区存在着与已知ncRNA相似性很高的片段.结论:运用电子克隆的方法可以使某些食管癌相关功能未知基因的序列得以明显延伸;一些食管癌相关基因所在的染色体区段存在着某些与ncRNA高度相似的片段,这提示我们,ncRNA可能参与食管癌的发生过程,其具体功能有待深入研究.