基于系统生物学整合技术挖掘结直肠癌形成中的核心通路和驱动基因

目的 探索结直肠癌(Colorectal carcinoma, CRC)形成中的核心通路和关键基因;方法 利用Meta分析技术从以往5项CRC发生相关转录组学研究中筛选癌及癌旁差异表达基因;ComBat方法合并5项研究的癌组织基因表达谱数据,针对上述差异表达基因用PCIT软件进行共表达网络构建;CFinder软件揭示该共表达网络中存在的核心亚网络,并用Gather软件确定主要核心亚网络所富集的生物学功能;以重要核心亚网络（或通路）为重点,联合节点基因在CRC中的表达变化方向和相应染色体区域扩增或缺失的信息,发现亚网络功能形成中的候选驱动基因。结果 Meta分析转录组学研究共发现差异表达基因2073个,其中在5项研究中癌组织一致上调1174个,一致下调899个,这些基因在CRC样本中形成的共表达网络包括798个基因节点和1462条边,存在22个核心亚网络;最大的核心亚网络由77个基因和436条边组成,功能涉及细胞周期和增殖信号调控,UBE2C、MYBL2、FAM83D、AURKA、TPX2等11个基因被预测为该信号功能的驱动基因。结论 细胞周期和增殖信号通路是结直肠癌发生中的核心通路,UBE2C和AURKA等11个基因是该核心通路的驱动基因。     

嗅球蛋白1在肺癌组织中的表达及可能意义

目的通过对比嗅球蛋白1(OLFM1)基因及其蛋白在肺癌组织及其配对的正常肺组织中的表达情况,探讨其表达与肺癌发生的相互关系。方法分别采用半定量RT-PCR法和荧光实时定量PCR检测21例肺癌患者的原位肺癌组织及其配对正常肺组织中OLFM1基因的相对表达变化和相对表达量,应用免疫组织化学染色观察OLFM1蛋白在组织中的表达。结果OLFM1基因在8例肺鳞癌原发灶中的表达相对于其配对正常组织中的表达显著下调约2.2倍(P=0.028);OLFM1蛋白定位于肺腺癌细胞胞质,仅在肺腺癌表达(P<0.001),其表达在不同年龄、性别、肿瘤分期、分化程度间差异均无统计学意义(P>0.05)。结论OLFM1基因肺鳞癌中表达下调,可能是一个潜在的分子标志;而OLFM1蛋白仅在肺腺癌表达,在肺鳞癌和正常组织中均不表达,这提示不同病理组织类型肺癌的发生可能有不同的发生机制和途径。     

指纹基因群分析揭示锯齿型结直肠癌的预后和耐药特性

目的利用指纹基因群(GES)分析技术挖掘现有公共芯片数据揭示锯齿型结直肠癌的预后和耐药特性。方法从基因表达谱数据储存公共平台(GEO)中下载4个有预后信息的结直肠癌表达谱芯片数据(GSE14333、GSE17538、GSE33113、GSE37892),用批间误差校正和单基因信息抽提等信息技术获得1个整合的表达谱队列(n=600)。获得锯齿型结直肠癌表达谱有关数据及相应特异性指纹基因群,并与前面的表达谱队列合并,建立指纹基因群评分系统,依托已知锯齿型结直肠癌样本的基因群评分确定分组界值。根据分组界值,将600例结直肠癌分为锯齿型、过渡型和传统型结直肠癌组,利用Kaplan-Meier和Cox模型分析锯齿型结直肠癌的预后特征。同时,收集并下载与不可切除结直肠癌姑息治疗有关的表达谱数据(GSE28702、GSE5851),经表达谱数据抽提整理后,获得每个样本的锯齿型指纹基因群评分,通过比较治疗有效组和无效组之间评分的统计学差异来揭示锯齿型结直肠癌与药物耐药的关系。结果根据结直肠癌亚型评分界值,600个结直肠癌中有50个被分为锯齿型,126个被分类为过渡型,424个被分为传统型。锯齿型和过渡型结直肠癌与传统型结直肠癌相比具有几乎完全相同的预后能力,多因素Cox模型发现锯齿型和过渡型结直肠癌是患者术后复发的独立危险因素。单纯比较锯齿型和传统型结直肠癌,多因素Cox模型发现锯齿型结直肠癌是患者预后的不良因素(AHR=1.792,95%CI 1.011~3.177)。西妥昔治疗有效组的指纹基因群评分显著低于无效组(P=0.017),但FOLFOX治疗有效组和无效组的基因群评分无差异。结论结直肠癌锯齿型亚型是结直肠癌患者术后复发的独立危险因素,且与西妥昔单抗治疗耐药相关。     

粪便基因甲基化检测在结直肠癌及其癌前病变筛查中的作用

目的 探讨粪便中T淋巴细胞成熟相关蛋白（MAL）、细胞周期依赖性激酶抑制因子2A（CDKN2A）和6-氧-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶（MGMT）基因甲基化状态及其在结直肠癌和癌前病变筛查中的价值.方法 收集69例结直肠癌、24例腺瘤、19例增生性息肉患者及26名健康人群的清晨粪便标本,提取其DNA并进行亚硫酸氢盐修饰处理,采用甲基化特异性PCR技术分析MAL、CDKN2A及MGMT甲基化状态,分析其与结直肠癌临床病理特征的关系,并比较3个基因甲基化联合检测与粪隐血试验（FOBT）的诊断敏感性.结果 结直肠癌患者粪便DNA中MAL、CDKN2A、MGMT基因启动子甲基化率分别为78.3%、52.5%、55.1%,腺瘤患者分别为58.3%、41.7%、37.5%,增生性息肉患者分别为26.3%、15.8%、10.5%,正常对照人群分别为3.8%、0、3.8% 结直肠癌和腺瘤患者3个基因甲基化水平均显著高于增生性息肉患者和正常对照人群（均P＜0.05）.3个基因甲基化联合检测诊断结直肠癌和腺瘤敏感度分别为92.8%和70.8%,明显高于FOBT的29.0%和25.0%（均P＜0.05）.3个基因甲基化状态与结直肠癌患者的性别、年龄、肿瘤部位、淋巴结转移、远处转移及TNM分期均无关（均P＞0.05）.结论 粪便中MAL、CDKN2A、MGMT基因启动子甲基化水平在结直肠癌和腺瘤患者中明显升高,其联合检测可望成为结直肠癌及其癌前病变筛查的非侵入性检测方法.     

中低位直肠癌腹腔镜前切除术中盆底腹膜重建临床价值的前瞻性队列研究

目的:探讨腹腔镜辅助中低位直肠癌前切除术中盆腔腹膜重建的安全性、有效性及对肛门功能的影响。方法:采用前瞻性队列研究的方法。入组2020年2月至2021年2月期间,在海军军医大学附属长海医院连续行腹腔镜辅助经腹前切除术的中低位直肠癌患者。病例纳入标准：（1）肿瘤距肛缘≤10 cm;（2）接受腹腔镜辅助直肠癌经腹前切除术;...     

大肠癌噬菌体展示肽库的构建及大肠癌早期检测分子的筛选

目的构建大肠癌噬菌体展示肽库,筛选用于大肠癌早期检测的分子标志。方法选取30例第二军医大学长海医院肛肠外科手术后立刻冻存的大肠癌组织标本构建T7噬菌体展示肽库;用结合protein-A/G的琼脂糖珠分别富集大肠癌组及非肿瘤对照组血清中的抗体进行5轮亲和筛选,富集大肠癌相关肽;随机挑取5轮筛选后的2000个噬菌体克隆,用ELISA方法进一步筛选与大肠癌患者血清和对照血清反应性存在差异的大肠癌相关标志物克隆,进行基因序列测定。应用通过Chilibot文献挖掘方法预测各克隆的蛋白功能,反证筛选结果。结果 (1)所建大肠癌噬菌体展示肽库的滴度为3.0×106pfu,经PCR鉴定其重组率为60%,库容为1.8×106pfu。(2)共筛选出18个有意义的噬菌体,测序后,预测其蛋白功能,其中12个与肿瘤的发生相关。结论应用ELISA对肿瘤重组抗原的噬菌体展示肽库进行筛选的方法 ,可以用来发现差异表达的抗原。所筛选出的噬菌体克隆所表达的抗原可用于早期筛检大肠癌。     

齿线上环直肠一周的绒毛状腺瘤的外科诊治附五例分析

目的探讨齿线上环直肠一周的绒毛状腺瘤的手术策略。 方法回顾分析上海市长海医院治疗的5例齿线上环直肠一周的绒毛状腺瘤的病例,其中,3例患者采用经肛局部切除,2例患者采用直肠拖出式经腹前切除＋末端回肠造口术方式治疗。 结果5例患者术后均恢复顺利,术后肛门功能良好,无围手术期死亡。 结论对齿线上环直肠一周的直肠绒毛状腺瘤患者,是肛肠外科医生面临的棘手问题,应根据患者不同情况,采用经肛局部切除或采用直肠拖出式经腹前切除＋末端回肠造口术,可达到理想的治疗效果。