短串联重复序列基因座等位基因丢失现象的研究

目的 探讨用PowerPlex(R) 16体系短串联重复(short tandem repeat,STR)基因座分型时等位基因丢失的现象及原因.方法 分析10 642宗肯定亲权的亲子鉴定案件(涉及18 314次减数分裂),对PowerPlex(R) 16体系疑似发生等位基因丢失的样本采用IdentifilerTM体系和单基因座引物体系进行验证,分离丢失的等位基因,并进行DNA序列测定和比对.结果 在D18S51、D21S1l、FGA和TPOX等4个基因座上,共确认了8宗等位基因丢失案例.通过测序均在PowerPlex(R)16体系引物结合区检见单碱基变异,包括D18S51发生4例,其中2例重复序列上游第79位碱基G→A转换,l例下游162位(G→T颠换和l例上游74位G→C颠换;D21Sll发生2例,分别为重复序列上游第17位C→A颠换和12位A→G转换;FGA和TPOX各发生1例,分别为重复序列下游142位G→A转换和下游第198位G→A转换.等位基因丢失的总发生率为0.437×10-3.结论 引物结合区的碱基变异可能导致扩增失败,产生等位基因丢失.在怀疑发生等位基因丢失时,应采用不同的引物体系进行验证以获得准确分型.在亲子鉴定结果判别和个体识别数据交换中需对此加以重视.     

常染色体STR突变率的研究

【目的】 观察10 000例肯定亲子关系的三联体案例中STR基因座的突变事件,获取STR基因座的突变率资料?【方法】 采用PowerPlexTM 16系统进行15个STR基因座的检测,从10 000例肯定亲子关系的三联体案例中筛查出包含STR基因座突变的案例,确定突变等位基因的来源和步数,统计各STR基因座特异性?父源和母源特异性及等位基因特异性的突变率及其95%置信区间,分析突变的特点? 【结果】 10 000例三联体亲子鉴定中检出368例发生突变的案件,共计379个突变事件?突变案件的发生率为3.68%,15个STR基因座的突变率为0.10 × 10-3 ~ 2.30 × 10-3,平均突变率为1.26 × 10-3?各基因座的父源和母源突变率分别为0.05 × 10-3 ~ 1.35 × 10-3和 0.05 × 10-3 ~ 0.70 × 10-3?统计FGA?vWA和D18S51等三个基因座一步突变的等位基因突变率分别为5.0 × 10-5 ~ 40.0 × 10-5?5.0 × 10-5 ~ 50.0 × 10-5 和5.0 × 10-5 ~ 35.0 × 10-5?15个基因座的父源/母源突变比值为1.3 ∶ 1 ~ 17.0 ∶ 1,平均为3.57 ∶ 1?【结论】 STR基因座突变现象普遍存在于亲子鉴定中,各基因座的突变率?父源和母源的突变率?各等位基因的突变率均存在差异,获取这些数据资料对于更准确地评判亲子鉴定结果非常必要?     

30个插入/缺失多态性位点在中国广东汉族人群中的遗传多态性

【目的】 调查Investigator R DIPplex体系包含的30个插入/缺失多态性(Indel)位点在中国广东汉族人群中的群体遗传学数据,评估其法医学应用价值?【方法】 采集300名广东汉族无关个体(150名男性,150名女性)外周血样,提取样本DNA,采用Investigator?誖DIPplex体系对HLD77等30个Indel位点进行复合扩增,阵列毛细管电泳进行扩增产物分离,GeneMapper ID-X v1.2软件进行基因分型,使用相关统计软件计算常用法医学参数并进行Hardy-Weinberg平衡及位点间连锁不平衡的检验?【结果】 30个Indel位点在广东汉族人群中均符合Hardy-Weinberg平衡(P > 0.05),经Bonferroni 法校正后不存在连锁不平衡现象?各位点平均杂合度(Ho)为0.406,平均个体识别力(DP)为0.549,平均多态信息含量(PIC)为0.320,累积个体识别率(TDP)为0.999 999 999 98?30个Indel位点的三联体累积非父排除率(CPEtri)为0.994 748,二联体累积非父排除率(CPEduo)为0.942 342?【结论】 Investigator R DIPplex试剂盒中包含的30个Indel位点在广东汉族人群中具有良好的遗传多态性,可独立用于法医实践中的个体识别,在STR存在突变等特殊亲子鉴定案件中也可作为有效的补充检测体系?