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根据O抗原的不同,霍乱弧菌可分成200多个血清群,其中仅O1群和O139群能引起暴发流行。霍乱弧菌的检验多以传统细菌培养方法为主,存在操作繁琐、费时费力等缺点。实时PCR以其闭管检测、无需电泳、特异性强、灵敏度高、可定量等优点已广泛用于病原菌的检测,其中包括致病性弧菌的检测,如霍乱弧菌、 相似文献
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目的 了解浙江省HIV-1主要流行毒株CRF01_AE在治疗人群和未治疗人群中的基因型耐药变异情况.方法 选取2004-2007年间收集的HIV感染者样本,对HIV蛋白酶(PR)全长和部分反转录酶(RT)基因区进行RT-PCR扩增测序.分析56个感染CRF01_AE重组亚型样本的序列,其中未治疗组43例,已治疗组13例.使用Stanford HIV Drug Resistance Database(http://hivdb.stanford.edu)的在线耐药序列分析软件HIV DB进行序列分析,寻找耐药相关突变位点.结果 未治疗组CD4+T淋巴细胞中位数为229个/mm3,病毒载量log10.中位数为3.41,存在基因型耐药突变率的发生(5/43,11.6%),检出包括PR区第10、46、71位和RT区的第103、118位氨基酸的耐药相关突变;治疗组CD4+T淋巴细胞中位数为186个/mm3,病毒载量log10中位数为3.91,13例中有8例发生了基因型耐药变异(61.5%).检出29个基因型耐药突变.耐药率较高且多表现为交叉耐药.结论 浙江省未治疗的HIV感染者存在一定程度的基因型耐药突变;已开始治疗的HIV感染者基因型耐药突变发生率较高,而且交叉耐药现象广泛存在. 相似文献
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目的 分析嘉兴市HIV/AIDS的感染和传播关系,探索区域HIV-1分子传播网络特征,为制定针对性的防控措施提供依据。方法 以2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS为研究对象,收集社会人口学、感染和传播等相关信息。采集血样并提取RNA,运用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1的pol区基因序列,采用Mega 6.0软件构建系统进化树进行HIV-1亚型分析。计算研究对象的HIV-1基因序列遗传距离,筛选构建分子传播网络的基因距离阈值,使用Cytoscape 3.6.0软件绘制分子传播网络。对基于分子传播网络的流行病学调查结果进行分析。结果 研究对象HIV/AIDS 517例中,HIV-1基因序列包括15种基因亚型,以CRF01_AE(37.1%)、CRF07_BC(36.2%)和CRF08_BC(11.8%)为主。在1.0%的基因距离阈值下构建HIV-1分子传播网络,形成87个分子簇,总体入网率为45.8%(237/517)。多因素logistic回归分析结果显示,60~81岁年龄组(与14~24岁年龄组相比,OR=2.690,95%CI:1.058~6.844)、已婚(与未婚相比,OR=1.698,95%CI:1.003~2.875)、CRF07_BC亚型(与CRF01_AE亚型相比,OR=2.203,95%CI:1.426~3.404)的HIV-1分子成簇风险较高。分子传播网络中最大的CRF07_BC-1分子簇包括50例(2017年入网21例,2018年新增入网29例)HIV/AIDS,未婚(与已婚相比,OR=2.482,95%CI:1.140~5.402)、同性性传播(与异性性传播相比,OR=3.163,95%CI:1.543~6.483)、疑似高传播风险HIV/AIDS(与其他HIV/AIDS相比,OR=7.631,95%CI:1.783~32.654)、确证地在南湖区和平湖市[与其他区(县)相比,OR=2.225,95%CI:1.074~4.608]是进入最大簇的主要危险因素。该分子簇包含7例疑似高传播风险HIV/AIDS,均为同性性传播;自我报告首次发生男男性行为的时间范围为2010-2018年,确证前2年内的同性性伴数为20(P25,P75:10,100);其中6例自我报告有近期在南湖区某MSM交友活动场所寻找性伴活动史。结论 2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS的HIV-1亚型多样,以散发为主,存在地理聚集性和一定数量的疑似高传播风险HIV/AIDS,呈快速传播现象,需开展针对性的强化干预。 相似文献
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目的明确1对艾滋病病毒(HIV)单阳夫妻中,妻子处于暴露风险后的感染状况,探讨HIV核酸检测技术的应用价值。方法对HIV阳性丈夫的首次确证阳性血清用Sedia公司和Maxim公司的限制性抗原亲和力酶免检测试剂盒进行新发感染检测,对阳性丈夫和其配偶F两次(距离暴露时间为12天和26天)采集抗凝全血,进行HIV抗体和HIV-1核酸检测。结果阳性丈夫检测为RECENT(新近感染),第一次采集的血浆两种核酸定量检测方法结果分别为100拷贝/mL和160拷贝/mL,属于低病毒血症。配偶F两次采集的血浆核酸定量检测均为TND(核酸未检出),其全血和淋巴细胞富积液样本的核酸(核糖核酸/脱氧核糖核酸)定性检测结果均为TND。暴露140天后配偶F检测为HIV抗体阴性且HIV-1p24抗原阴性。结论核酸检测技术能用于HIV暴露后的早期检测,预测HIV感染和传播风险。 相似文献
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目的 建立改良分子信标,多重实时PCR同时检测沙门菌和志贺菌的快速方法,应用于食源性致病菌的快速诊断。方法 根据GenBank公布的沙门菌侵袭性基因invA和ssaR基因,分别设计一对引物和改良分子信标探针,用同色荧光标记,用于同体系检测沙门菌。志贺菌根据ipaH基因的保守序列,设计引物和改良分子信标探针,加入沙门菌检测体系中,建立三重实时PCR一改良分子信标检测体系,应用于同时对沙门菌、志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。结果 改良分子信标一多重实时PCR反应体系DNA灵敏度为69~93fg/μl。菌液灵敏度为32~64CFU/ml或1~2CFu/PCR反应体系,无交叉反应。该反应体系同时检测134株沙门菌和67株志贺菌,均出现特异的荧光信号,两种细菌检测互不干扰。对细菌性食物中毒样本等共1100份同时进行沙门菌和志贺菌检测,569份沙门菌实时PCR阳性,其中551份沙门菌培养阳性;42份志贺菌实时PCR阳性,其中41份志贺菌培养阳性。从样品处理到检测结果仅需时间2h至1d。结论 改良分子信标-多重实时PCR检测体系快速、灵敏度高,特异性强,可用于沙门菌和志贺菌食物中毒的快速诊断,伤寒、痢疾等肠道传染病的初筛及预防医学门诊的健康人群体检,为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。 相似文献
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浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析 总被引:2,自引:0,他引:2
目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者(MSM)HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省(市、自治区),感染毒株包括CRF01_AE 99名(84.62%)、B亚型7名(5.98%)、CRF07_BC 6名(5.13%)、CRF08_BC和CRF59_01B各1名(0.85%)。3名(2.56%)疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇(99%),且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇(30个节点的bootstrap值高于70%)。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。 相似文献