COL1A2在头颈部鳞癌中的差异表达及功能分析

目的 采用生物信息学方法探讨COL1A2在头颈部鳞癌(HNSC)中的表达及相关功能。方法 利用TIMER2.0数据库分析COL1A2基因在泛癌中的表达;通过GEPIA数据库、UALCAN数据库分析该基因在HNSC与正常组织中的差异表达情况;并利用STRING数据库构建COL1A2基因蛋白互作网,DAVID数据库分析与该基因互作蛋白基因的相关功能;最后通过GCBI基因雷达数据库预测该基因可能参与的调控网络和转录因子。结果 COL1A2在多种肿瘤中高表达,且在头颈部鳞癌组织与正常组织中有差异表达。COL1A2及相关蛋白基因功能富集分析发现其参与了4个细胞组分、5个分子功能、11个生物学程序、7条信号通路,在基因调控网及转录因子预测发现,COL1A2与多种蛋白、转录因子、lncRNA、micRNA等相互调控。结论 COL1A2与HNSC的发生、发展可能是通过PI3K-Akt信号通路等多种途径、多种蛋白、转录因子共同调控的结果。     

PDGFA在鼻咽癌中的差异表达及其功能分析

目的 探讨血小板衍生生长因子A(platelet-derived growth factor subunit A,PDGFA)在鼻咽癌中的差异表达和可能的功能作用.方法 利用基因芯片数据库(GEO数据库)中的基因表达谱数据,通过GEO2R在线分析工具分析PDGFA基因在正常鼻咽黏膜组织与鼻咽癌组织中的差异表达情况,并通...     

基于生物信息学分析TGFBI基因在头颈部鳞癌中的表达及其预后意义

目的 探讨转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene, TGFBI)在头颈部鳞癌(head and neck squamous carcinoma, HNSC)中的表达及其预后意义。方法 首先通过TIMER2.0数据库分析TGFBI基因在泛癌中的表达水平；并进一步利用UALCAN数据库和GEPIA数据库检索TGFBI基因在HNSC与正常组织中的表达水平，以及TGFBI基因与患者种族、年龄、性别、肿瘤分期、淋巴结转移状况等相关临床特征的关系；通过STRING数据库分析TGFBI基因的互作蛋白，借助DAVID数据库对其与互作蛋白基因进行功能富集分析；最后通过GEPIA数据库分析TGFBI基因在HNSC中的生存意义。结果 发现TGFBI在HNSC中的表达明显高于正常组织(P<0.05),TGFBI高表达的患者总生存期明显低于低表达的患者(P<0.05)。蛋白互作分析发现，FN1、MMP14、ITGA3、ITGAM、ITGAV、ITGB1、ITGB2、ITGB3、TGIF2和TGIF2LX这10个蛋白基因与TGFBI存...