As2O3处理前后K562细胞基因表达变化的基因芯片检测

目的应用基因芯片研究三氧化二砷(As2O3)处理前后K562细胞基因表达的变化.方法提取As2O3处理前后K562细胞的总RNA,纯化为mRNA后再反转录为cDNA.cDNA经限制性内切酶Sau3AI切割后,cDNA片段分别用Cy3和Cy5标记,与自制的包含348个基因片段的胎盘库芯片杂交.结果杂交结果经扫描和软件分析,发现了11个差异表达的基因片段,其中有3个基因片段与细胞凋亡密切相关.结论我们构建的胎盘库基因芯片可以成功地用于研究药物作用前后基因表达的变化.     

p53基因在RA诱导SH-SY5Y细胞分化后低表达

全反式维甲酸(RA)的抑制肿瘤细胞生长和调控细胞分化的作用是一项重要的研究课题。而p53基因是一个重要的肿瘤抑制基因,在RA的作用中是否涉及到p53的作用尚有待阐明。本文用低浓度的RA(10 μmol/L)作用于SH-SY5Y细胞,每2d换一次液,在作用9 d后,用光学显微镜观察SH-SY5Y细胞的形态学变化,并提取细胞质总RNA进行RT-PCR反应半定量检测p53基因表达。结果显示,SH-SY5Y细胞经RA诱导后,细胞生出较长的突起,具有神经元的形态;而对照组保持成纤维细胞的形态、无明显的形态学变化。RT-PCR半定量显示,在细胞诱导后,p53基因表达明显下调。本文结果提示,RA的作用可能独立于p53基因途径,p53基因的表达变化可能是继发于RA的作用。     

基于文献挖掘的雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因的生物信息学分析

目的:比较雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌的基因表达差异,加深对雄激素非依赖型前列腺癌形成的分子机制的认识,为前列腺癌防治找到新的有效手段。方法:通过FACTA工具从PubMed找出前列腺癌的相关基因进行分类,利用GATHER、PANTHER、STRING和ToppGene等在线工具对雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因进行生物信息学分析。结果:筛选雄激素非依赖型前列腺癌特异基因128个,这些特异表达基因在细胞信号转导、凋亡、肿瘤生成、细胞粘附、细胞增殖和分化等生物学过程起着重要作用。结论:通过生物信息学对雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因的挖掘发现,MMP9、EGFR、MMP2、ADM、MIF、IGFBP3、IL2、MET、BAD、RHOA、SPP1、EP300、SMAD3、RAF1、PTK2、TGFB2等基因在雄激素依赖型转变成非依赖型前列腺癌中可能起着重要作用。     

研究生课程中的分子生物学教学探索与实践

研究生教育是医学院校中的最高层次教育，随着分子生物学在生命科学领域内占据越发重要的位置，如何在研究生层次把握好分子生物学知识的再教育就成为教研室的工作重心所在。本教研室为适应高教改革的需要，从教学思路、教学内容、教学模式等方面进行了有益的探索与实践，以期能更加完善医学研究生分子生物学课程的教学。     

弱精子症患者精子线粒体MTCYB、MTATP6基因的检测

目的:探讨精子线粒体MTCYB、MTATP6基因突变与弱精子症的关系。方法:提取80例成年男性弱精子症和20例活力正常者的精子mtDNA,设计PCR引物并扩增MTCYB、MTATP6基因,PCR产物纯化后进行序列测定和BLAST序列比对。结果:在80例弱精子症样本中有60例同时扩增出MTCYB、MTATP6片段,16例仅扩增出MTATP6片段,4例仅扩增出MTCYB片段。在20例精子活力正常的样本中均同时扩增出MTCYB、MTATP6片段。弱精子症样本中MTCYB和MTATP6基因的缺失率分别为20%和5%。扩增片断的序列分析发现,在弱精子症样本中,MTATP6基因出现G8887A的点突变,突变率为20%,而MTCYB基因未见有规律的突变。精子活力正常的样本中MTCYB、MTATP6基因未检测到明显的点突变。结论:精子线粒体MTCYB和MTATP6的基因缺失以及MTATP6基因的G8887A突变可能影响成年男性的精子活力。     

bcr-abl基因沉默对相关基因表达的影响

目的运用RNAi技术,研究使bcr-abl基因沉默后相关基因表达变化。方法针对bcr-abl基因的融合位点设计siRNAs,用脂质体法转染K562细胞,进行细胞计数及流式细胞仪检测,观察干扰效果,应用RT-PCR检测相关基因表达变化。结果转染组与对照组相比,细胞数减少,有明显的细胞凋亡,bcr-abl,N-ras,c-myc基因的mRNA表达量降低。结论运用RNAi技术,可以有效地诱导细胞凋亡,抑制相关基因的表达,为研究CML的发生机制奠定基础。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

生物化学精品课程的建设与实践

生物化学是基础医学里的主干学科,研究所通过近几年的课程建设,在优化课程内容、改善教学方法、加强教育技术、强化师资队伍等环节上进行了诸多有益的改革,起到了很好的教学效果,并被评为2005年度国家级精品课程。     

肝细胞癌基因表达谱分析

目的：通过分析肝细胞癌（HCC）基因表达谱改变来探讨HCC发病机制。方法：从GEO数据库中下载HCC基因表达数据GSEl4215和GSE29217,采用Genespring11．0软件分析差异表达基因,运用统合分析（meta—analysis）方法确定共同差异表达基因,利用DAVID、KEGG、String和FABLE等生物信息学软件确定相关的生物学过程、分子功能、相互作用通路等。结果：HCC组织与正常肝组织相比,共同下调、上调的差异表达基因分别是281和227个,其中作为转录因子36个;与文献报道的HCC相关基因一致的有181个。差异表达基因主要与细胞周期调控、代谢调节、药物代谢酶系、DNA的损伤复制、p53和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路（PPAR）等信号通路有关。结论：HCC基因表达谱数据分析表明,细胞周期紊乱主要发生在S、M期;转录因子FOXM]／HNF3高表达与HCC的细胞周期紊乱密切相关。     

肝细胞癌基因表达谱分析

目的:通过分析肝细胞癌(HCC)基因表达谱改变来探讨HCC发病机制.方法:从GEO数据库中下载HCC基因表达数据GSE14215和GSE29217,采用Genespring 11.0软件分析差异表达基因,运用统合分析(meta-analysis)方法确定共同差异表达基因,利用DAVID、KEGG、String和FABLE等生物信息学软件确定相关的生物学过程、分子功能、相互作用通路等.结果:HCC组织与正常肝组织相比,共同下调、上调的差异表达基因分别是281和227个,其中作为转录因子36个;与文献报道的HCC相关基因一致的有181个.差异表达基因主要与细胞周期调控、代谢调节、药物代谢酶系、DNA的损伤复制、p53和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路(PPAR)等信号通路有关.结论:HCC基因表达谱数据分析表明,细胞周期紊乱主要发生在S、M期;转录因子FOXM1/HNF3高表达与HCC的细胞周期紊乱密切相关.