Development of a 9-locus X-STR Multiplex PCR System for Genetic Analysis of Three Ethnic Populations in China

X-chromosome short tandem repeats(X-STR) analysis has been confirmed to be effective for kinship testing such as in deficiency paternity cases. The aim of this study was to develop a new multiplex polymerase chain reaction(PCR) system that can simultaneously amplify 9 X-STR loci(GATA172D05, DXS10159, DXS6797, HPRTB, DXS10079, DXS6789, DXS9895, DXS10146 and GATA31E08) in the same PCR reaction, and to obtain the database of the 9 X-STR loci in three ethnic populations in China. The genetic data of 815(404 females and 411 males) unrelated Han Chinese from Hubei province, and Yi and Zhuang Chinese from Yunnan province were analyzed by using this multiplex system. The results showed that a total of 93 alleles for all these loci were found, and 7 to 20 alleles for each locus were observed. All of the analyzed loci were in agreement with Hardy-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction in the three studied populations. The polymorphism information content(PIC) and power of discrimination(PD) in females were 0.6566–0.8531 and 0.8639–0.9684, respectively. Pairwise comparisons of allele frequency distribution showed significant differences in the most of these loci between different populations. The results indicate that this multiplex system is very useful for forensic analysis of different ethnic populations in China.     

亚硫酸氢盐测序法DNA甲基化标记筛查技术的改进研究

目的 改进DNA亚硫酸氢盐测序法(bisulfite genomic sequencing,BGS),建立一种简便快速的甲基化标记筛查技术.方法 基因组DNA在亚硫酸氢盐处理、脱盐纯化后直接进入碱性的PCR体系,通过延长预变性时间完成修饰过程,然后进行常规亚硫酸氢盐PCR(bisulfite-PCR,BSP)扩增;首轮扩增产物再用5'端加有高GC标签序列的引物进行2次扩增,达到调整GC含量和直接测序的目的 .同时用传统和改进BGS法检测3T3-L1细胞肿瘤坏死因子α(TNF-α)基因和Hela细胞雄激素受体基因启动子的甲基化情况,以评估改进方案的可行性.并用Alu序列实时定量BSP技术比较传统和改进BGS法的灵敏度.结果 无论是高甲基化还是低甲基化片段,改进的BGS法均可实现BSP产物的直接测序,结果与传统法一致.改进法修饰的DNA转化率达到100%,特异度＞93.75%,灵敏度显著高于传统方法(t=2.978 2,P＜0.05),并有良好的重复性.结论 改进后的BGS方法简单灵敏,可用于甲基化标记的快速筛查.     

大鼠液压冲击脑损伤TGF—β1及其受体TβR ImRNA的表达

目的：研究脑损伤后转化生长因子-β1（TGF-β1）及其I型受体（TβRI）mRNA表达及其时序性变化，为脑损伤的分子病理诊断、法医学鉴定及临床治疗提供依据，进一步研究脑损伤的分子机制。方法：用原位杂交和逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术观察大鼠液压冲击脑损伤后TGF-β1及TβRImRNA在伤后不同时间（30分钟，1、3、6、12小时及1、3和7日）的表达情况，以正常大鼠及手术大鼠作为对照。结果：正常及手术对照组大鼠脑组织内有低水平的TGF-β1及TβRImRNA表达；脑损伤后1日，大脑皮质和脑干TGF-β1/TβRImRNA水平显著增加，3日达峰值，并至少维持达1周时间；海马冲击后12小时即显著增加，1-3日达高峰，7日时已开始下降。结论：脑损伤可诱导TGF-β1/TβRI基因表达，提示机体对脑损伤存在自身保护机制，其表达的时序性改变可望用于法医学脑损伤的时间推断。     

中国河南汉族人群D19S253、D12S391和D18S535位点基因多态性检测

目的:探讨中国河南汉族人群中D19S253、D12S391和D18S535等3个STR位点的遗传多态性.方法:对80份河南汉族无关个体的EDTA抗凝血样,采用PCR和PAGE技术进行检测,并构建等位基因梯阶.结果:3个位点的等位基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡,杂合度均大于0.763,个体识别力均大于0.904,非父排除率均高于0.531,多态信息含量均高于0.730.结论:中国河南汉族人群中此3个STR位点具有很高的遗传多态性,可用于法医学个体识别和亲权鉴定.     

消化后片段长度差异等位基因特异性PCR技术--印记SNP rs220028多态性和甲基化模式研究

目的建立一种能同时分析甲基化和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)的新方法。方法以印记SNP rs220028(A／G)为例，基因组DNA经甲基化敏感限制酶消化后用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele—specific PCR，FLDAS—PCR)分型；用扩增产物酶消化法来排除酶切位点序列变异，证实检出的是甲基化等位基因。结果消化后FLDAS—PCR可选择性检出甲基化等位基因，家系分析表明其来自母亲。等位基因频率A=0．5085．G=0．4915，多态信息含量为0．3749。结论消化后FLDAS—PCR技术可以实现甲基化和SNP的复合分析；印记SNP rs220028在Prader—Willi／Angelman综合征诊断中有潜在意义。     

Typing of 24 mtDNA SNPs in a Chinese population using SNaPshot minisequencing

Three SNaPshot multiplex assays were developed to test 23 coding region single nucleotide polymorphisms(SNPs) and one control region SNP outside hypervariable regions(HVR)Ⅰand Ⅱ,which was aimed at increasing the discrimination power of the mitochondrial DNA(mtDNA) typing in forensic casework,and confirming haplogroup assignments of mtDNA profiles in both human population studies and medical research.The selected SNPs targeted the East Asian phylogeny.These multiplex assays were validated by comparing with t...     

中国汉族、日本、欧裔和非裔人群SNP始祖多态位点的鉴定

目的:应用全基因组单核苷酸多态性(SNP)基因分型数据及始祖多态位点(AIMs)推断区分人亚群.方法:从国际公共数据库中选取中国汉族、日本人、欧裔和非裔4个人群270个样本4 396 943个SNP位点的基因分型结果.用Perl语言编写数据提取程序,从中得到1 136个群体间等位基因频率差值大于0.3的SNP位点.根据每一个位点在不同人群之间多态性的差异,最终鉴定出44个始祖多态位点.结果:这44个位点联合应用,可以区分其归属于欧裔、非裔、中国汉族或日本人群,并可高度可信地区分中国汉族和日本人群.结论:这一套始祖构成位点的鉴定和应用,为中国人群的疾病关联分析研究、个体医疗、群体遗传学和法庭科学研究等相关科学提供了帮助.     

法医学本科生的创造力倾向研究

采用威廉姆斯创造力倾向量表调查高低年级法医和临床学生的创造力倾向,比较分析法医学生创造力特点。结果显示,法医学生在创造力倾向总分及其三个维度（冒险性、挑战性和好奇心）得分均低于临床医学生;高年级学生创造力倾向总分及其三个维度（想象力、挑战性和好奇心）高于低年级。通过加强PBL等创新教育模式,可逐步有效的提高法医学生创造力。     

大鼠液压冲击脑损伤TGF-β1及其受体TβR ⅠmRNA的表达

目的 :研究脑损伤后转化生长因子β1(TGFβ1)及其 型受体 (TβR ) m RNA表达及其时序性变化 ,为脑损伤的分子病理诊断、法医学鉴定及临床治疗提供依据 ,进一步研究脑损伤的分子机制。方法 :用原位杂交和逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)技术观察大鼠液压冲击脑损伤后 TGFβ1及 TβR m RNA在伤后不同时间 (30分钟 ,1、3、6、12小时及 1、3和 7日 )的表达情况 ,以正常大鼠及手术大鼠作为对照。结果 :正常及手术对照组大鼠脑组织内有低水平的 TGFβ1及 TβR m RNA表达 ;脑损伤后 1日 ,大脑皮质和脑干TGFβ1/ TβR m RNA水平显著增加 ,3日达峰值 ,并至少维持达 1周时间 ;海马冲击后 12小时即显著增加 ,1～ 3日达高峰 ,7日时已开始下降。结论 :脑损伤可诱导 TGFβ1/ TβR 基因表达 ,提示机体对脑损伤存在自身保护机制 ,其表达的时序性改变可望用于法医学脑损伤的时间推断。