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目的探讨16SrDNA测序技术在新生儿、婴儿肠道微生态研究中的应用。方法于生后3天、1月、6月、1岁时收集2例健康婴儿粪便标本共8份,提取细菌总DNA,以Illumina Hiseq 2000为测序平台,采用新一代高通量16SrDNA宏基因组测序技术对V6可变区测序,并进行生物信息分析(物种分类和丰度分析;多样性分析)。结果 8份样品共产生原始测序数据为1 027.47 Mbp,Unique tags序列数量均值为58630,OTU数量63~209;优势菌门为Proteobacteria和Firmicutes;在科水平,1%的物种1个月之内2~4种,6月后达7~10种;1号婴儿一直以Enterobacteriaceae占优势,2号婴儿优势菌群包括Enterobacteriaceae、Lachnospiraceae、Streptococcaceae和Bacteroidaceae;4个时间点的npShannon和Simpson指数分别为1.17、1.29、2.16、2.51和0.43、0.40、0.26、0.14。结论 16SrDNA测序技术能满足新生儿、婴儿肠道微生态研究需求;新生儿、婴儿粪便中含丰富细菌基因组;细菌物种丰度及分类存在个体差异;从出生到1岁,婴儿肠道菌群结构趋向复杂和多样。 相似文献
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目的探讨乳腺癌患者HOXA4基因启动子甲基化的情况及其与临床病理特征的相关性。 方法运用NEBNext? Ultra? RNA Library Prep Kit for Illumina?进行基因表达芯片测序,运用随机数字表法选择2014年深圳市宝安区妇幼保健院收治的9例乳腺癌患者,分析癌组织与相应癌旁组织异常差异表达的基因。运用Illumina Infinium HD Methylation 450K Assay进行DNA甲基化测序,分析乳腺癌甲基化差异基因。基于肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库信息,分析乳腺癌的差异表达基因和差异甲基化基因。挑选显著高甲基化与低表达的基因,结合生物信息学,确定HOXA4为候选基因。运用随机数字表法收集2014—2017年深圳市宝安区妇幼保健院收治的另外86例乳腺癌患者,采用焦磷酸测序法和RT-PCR,检测乳腺癌组织及其癌旁乳腺组织中HOXA4基因甲基化率和mRNA表达,用Fisher确切概率法分析甲基化率与患者临床病理特征的关系。用Cox比例风险模型进行风险因素的单因素和多因素分析。分别用0、0.5、1、5、10、20 μmol/L的甲基化抑制剂RG108处理乳腺癌MCF-7细胞5 d后,检测HOXA4 mRNA的表达。 结果基因表达数据芯片分析发现在乳腺癌组织中有1 680个显著上调的基因和1 249个下调基因,整体水平上在不同区域乳腺癌患者甲基化水平较癌旁组织高(P均<0.001)。86例乳腺癌组织中HOXA4基因的甲基化率为94% (81/86),其中,30例高甲基化,52例低甲基化;而在对应癌旁组织中,HOXA4基因甲基化率为57%(49/86),其中49例低甲基化,无高甲基化(P<0.001)。有HOXA4甲基化组的癌组织样本中HOXA4 mRNA表达低于无HOXA4甲基化组的癌组织样本(P=0.003)。HOXA4基因甲基化水平与乳腺癌淋巴结转移、ER表达有关(P=0.039、0.017)。单因素分析结果显示患者的TNM分期、组织学分级、淋巴结转移及HOXA4甲基化是DFS的危险因素(RR=4.008,95%CI=1.296~12.393,P=0.016;RR=10.111,95%CI=2.607~39.217,P=0.001;RR=4.588,95%CI=1.201~17.523,P=0.026;RR=1.051,95%CI=1.007~1.098,P=0.024)。多因素分析显示组织学分级是乳腺癌患者DFS的独立预后因素(RR=14.461,95%CI=2.429~86.100,P=0.003)。采用不同浓度的RG108来处理MCF-7细胞后,各组HOXA4 mRNA表达比较,差异有统计学意义(χ2=4.472,P=0.029)。 结论HOXA4基因启动子甲基化在乳腺癌的发生、发展中起着重要作用,有潜力作为新的分子生物学指标,用于乳腺癌临床诊断。 相似文献
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目的探讨受体型蛋白酪氨酸磷酸酶O(PTPRO)基因不同甲基化状态的乳腺癌细胞株对紫杉醇的敏感性。方法应用甲基化特异性PCR,检测MCF-7、MDA-MB-231和Hs578t乳腺癌细胞株中PTPRO基因启动子Cp G岛甲基化状态,并用RT-PCR法检测PTPRO mRNA表达。采用MTT法检测MCF-7、MDA-MB-231和Hs578t乳腺癌细胞株对0.000 6、0.003 0、0.015 0、0.075 0、0.375 0、1.875 0、9.350 0、46.750 0、234.000 0 mmol/L紫杉醇的敏感性,以及对细胞株进行去甲基化实验后紫杉醇抑制率的改变。两组间均数比较采用配对t检验;在检验方差齐性的前提下,多组间均数比较用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD检验。结果乳腺癌MCF-7、MDA-MB-231细胞株中PTPRO基因甲基化,而乳腺癌Hs578t细胞株中PTPRO基因无甲基化。用紫杉醇处理细胞株后再检测PTPRO启动子甲基化情况,结果显示MCF-7、MDA-MB-231细胞株PTPRO基因甲基化率明显降低[(0.861±0.109)比(0.037±0.019),t=23.326,P=0.000;(0.758±0.114)比(0.086±0.010),t=16.109,P=0.000]。并且,MCF-7、MDA-MB-231细胞株经5-杂氮脱氧胞嘧啶(DAC)处理后,PTPRO mRNA表达水平明显高于DAC处理前[(0.033±0.006)比(0.166±0.016),t=28.338,P=0.000;(0.052±0.006)比(0.587±0.087),t=17.257,P=0.000],其表达水平与启动子Cp G岛甲基化状态有关。紫杉醇对MDA-MB-231、MCF-7及Hs578t细胞株的半数抑制浓度(IC50)分别为8.52、5.87和4.52 mmol/L。不同浓度紫杉醇对Hs578t细胞株的抑制率均比MCF-7和MDA-MB-231细胞株高(F=129.93、182.40、46.26、49.26、33.60、80.31、160.05、69.96、79.98,P均=0.000)。去甲基化实验显示:DAC处理MCF-7和MDA-MB-231乳腺癌细胞株后,不同浓度紫杉醇对细胞株的抑制率与处理前相比,差异均有统计学意义(MCF-7:t=14.195、8.328、7.042、6.385、5.450、8.557、4.788、13.351、11.887,P均〈0.050;MDA-MB-231:t=16.324、30.443、9.177、12.694、9.528、11.912、10.260、18.109? 相似文献
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目的探索羊水细胞染色体培养改良方法,提高培养、收获成功率,满足临床诊断需要。方法对493例羊水标本进行细胞培养和染色体收获,并对实验细节进行优化,建立标准操作程序。结果羊水培养成功率99.8%(492/493),发现21-三体6例、18-三体2例、其他异常2例。结论采取严格质量控制;保留换液后的上清,解决因收获失败无法诊断的问题;采取肝素抗凝等,消除母血细胞干扰,可使羊水细胞培养成功。 相似文献
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目的 应用细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)克隆自行制备荧光探针,对胎儿常见染色体数目异常(13,18,21,X,Y)行快速产前诊断.方法 利用中国医学遗传学国家重点实验室BAC库中相应染色体特异位点克隆,自行制备荧光探针.经外周血淋巴细胞染色体杂交验证后,用于胎儿未培养羊水的快速荧光原位杂交fluorescence in situ hybridization,FISH)检测,已检测60例羊水标本.结果 所有探针特异性均为100%,杂交成功率为97.86%;FISH结果与常规核型分析一致,检出21三体2例,18三体1例.有两例涉及其它染色体的结构异常未能检出.结论 自制探针用于未培养羊水快速FISH,使用标本量少、快速、简便,可有效检出上述5种染色体的数目异常,但本法不能检出其他染色体的数目异常和结构异常,其应用仍有一定局限性. 相似文献
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目的探讨MR 3D LAVA(LAVA)动态强化扫描对于Budd-Chiari综合征的诊断价值。方法 21例Budd-Chiari综合征患者均行MR LAVA动态强化扫描,对各时相扫描分别进行MIP、MPR处理,并对图像质量和血管显示情况进行分析。结果动脉时相的3D MIP对肝动脉观察的满意率达90.4﹪,第三时相冠状位MIP与多层面重组结合对门静脉、下腔静脉和肝静脉的显示满意率达100%。结论对于Budd-Chiari综合征,MR 3D LAVA动态强化扫描技术不仅能准确地显示肝动、静脉的解剖形态及病变,同时还能全面地观察肝脏及周围其他脏器的情况。 相似文献
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α地中海贫血研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
α地中海贫血是一组常染色体隐性遗传病,由α球蛋白链合成减少或缺失致病。好发于地中海、东南亚、非洲和中东等国家,在我国长江以南地区发病率最高,是全球影响最广泛的单基因遗传病之一。缺失1、2、3、4个α地贫基因可呈现不同程度的地中海贫血临床表型。地中海贫血患者有不同程度的贫血,因此,临床上可先进行血清学筛查红细胞平均体积(MCV)、红细胞平均血红蛋白(MCH)及血红蛋白(Hb)。缺失型和非缺失型的α地贫基因诊断技术日新月异,本文就α地中海贫血的流行病学、分子机制、血液学筛查及其基因诊断技术进展进行了综述。 相似文献
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双胎妊娠高危因素较多,较单胎妊娠风险性大,妊娠期及分娩期并发症多,围生儿死亡率发生率高,胎儿生长发育差,严重威胁母婴安全。本文对本院6年来住院分娩的双胎妊娠与单胎妊娠母婴高危因素进行回顾性分析。 相似文献