肿瘤U1 snRNA蛋白互作图谱及特征分析

目的 利用CHIRP-MS技术系统地鉴定肿瘤细胞中U1 snRNA的互作蛋白，并建立U1snRNA高通量互作蛋白图谱，研究U1 snRNA在肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法 通过带生物素标记的U1 snRNA探针捕获与U1 snRNA结合的互作蛋白，并分别取部分样品纯化蛋白和RNA，通过qPCR与跑胶银染确认探针富集效果，然后利用高效液相色谱-质谱联用技术鉴定获取的蛋白，最后利用生物信息学的方法进行GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析。结果 我们共鉴定到了135个高可靠的U1 snRNA结合蛋白，其中包括60个已知的和75个新的U1 snRNA结合蛋白。通路富集等生物信息学分析显示U1 snRNA协同调控RNA剪接、胞内运输、定位、端粒和表观遗传等多个生物学过程。蛋白互作网络分析揭示ESWR1等肿瘤相关蛋白可能介导了U1 snRNA的肿瘤调控功能。结论 本研究在国际上首次建立了U1 snRNA互作蛋白图谱，揭示了U1 snRNA在肿瘤细胞中的多种生物学功能，为进一步研究U1 snRNA参与肿瘤发生发展以及肿瘤预防和治疗提供了理论基础。     

高通量互作蛋白组图谱研究揭示U6 snRNA在肿瘤细胞中多维度调控mRNA加工成熟过程

目的 采用ChIRP技术纯化肿瘤细胞中内源U6 snRNA（简称U6）互作蛋白,结合高灵敏度液相色谱-质谱联用技术对所获得的互作蛋白组进行鉴定,系统揭示U6参与肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法 合成含生物素标记的U6特异性探针,利用分子杂交技术特异捕获经甲醛交联的内源U6与互作蛋白形成的复合物,并结合高灵敏度质谱分析技术鉴定出U6互作蛋白组。利用生物信息分析手段分析U6在肿瘤细胞中的功能。结果 通过严格的筛选本研究最终鉴定到135个特异的内源U6互作蛋白。GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析显示U6除了与mRNA前体剪接加工等相关蛋白发生相互作用外,还参与了mRNA从产生到转录后调控等一系列生物学过程,包括参与mRNA转录调控、囊泡运输、成熟mRNA的出核转运、mRNA降解、RNA定位、转录后调控等过程。结论 我们的研究在国际上首次系统揭示了肿瘤细胞U6的相互作用蛋白组图谱,通过对该图谱的分析表明U6多维度地参与了mRNA生物学发生的全过程调控,为U6参与肿瘤发生发展的功能和机制研究提供了全新的方向和思路。