成骨不全环状RNA生物信息学分析

目的对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用。方法采用starbase软件对11种差异性表达miRNAs相关circRNAs进行预测,将得到的miRNA-circRNA进行频数分布分析并通过cytoscape软件进行网络分析寻找核心分子。采用miRWALK软件对11种差异性表达miRNAs相关靶基因进行预测,将得到的miRWALK-靶基因进行频数分布分析并通过cytoscape,DAVID软件进行网络分析寻找核心分子。结果 Starbase软件对11种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的总数量为222个,非重叠circRNAs为141个。其中MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439与其中4种miRNA相互作用。另有14个circRNAs与3种miRNA相互作用。miRWALK软件对11种不同miRNAs所预测的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同数量级数据库中与相应不同种miRNAs作用密切。通过对11种miRNA相应circRNA以及靶基因生物学预测分析得到YES1基因与miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713与LMNB2_hsa_circ_001499之间存在相互作用。PPP2CA与miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_hsa_circ_001439之间存在相互作用。NTN4和SRGAP1与miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ_001649之间存在相互作用。结论本研究对成骨不全血清中差异表达的11种miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与相关信号通路进行了网络分析与预测,为进一步分析之间相互作用奠定了基础。     

呼吸道感染样本中IFITMs引物优化

目的 优化干扰素诱导的跨膜蛋白(Interferon induced transmenmbrane proteins,IFITMs)的五个亚型基因,即IFITM1、IFITM2、IFITM3、IFITM5和IFITM10.方法 提取呼吸道感染样本中核酸,通过RT-qPCR筛选出具有特异性的引物且Ct值在[15,35]之间,再利用琼脂糖凝胶电泳对引物的特异性进行近一步的验证.结果 RT-qPCR结果显示IFITM1相关引物中IFITM1-3具有特异性;IFITM2相关引物中IFITM 2-2具有特异性;IFITM3相关引物IFITM3-2有较好特异性;IFITM5相关引物中IFITM5-4具有特异性;IFITM10相关引物中IFITM10-1、IFITM10-2、IFITM10-3具有特异性.具有特异性的所有引物的琼脂糖凝胶电泳条带单一明亮.结论 IFITM1-3优于该基因的其它引物;IFITM2-2优于IFITM2-1;IFITM3-2优于IFITM3-1;IFITM10-1、IFITM10-2和IFITM10-3均适用.