膜联蛋白A5在胰腺癌中的预后意义及机制的生物信息学分析

背景与目的 胰腺癌是一种诊断较晚、预后差的侵袭性疾病，对于胰腺癌的分子机制研究对改善胰腺癌患者的预后具有重要意义。膜联蛋白A5（ANXA5）与人类肿瘤的发生与发展关系密切，但ANXA5与胰腺癌患者预后的关系及具体机制尚不十分清楚。本研究通过生物信息学分析结合实验验证探讨ANXA5的表达与胰腺癌预后的关系及其作用机制。方法 从TCGA和GEO数据库（GSE15471、GSE16515、GSE21501）下载胰腺癌转录组及临床数据，利用R包分析GEO数据库中ANXA5基因在胰腺癌组织与癌旁正常组织的表达情况，并利用GEPIA在线网站分析TCGA数据库中胰腺癌患者组织与GTEx数据库中正常组织ANXA5基因表达情况。采用Kaplan-Meier的方法分析ANXA5的表达水平对胰腺癌患者总生存时间的影响，然后单因素及多因素Cox分析判断胰腺癌相关危险因素，并利用GSEA分析ANXA5在胰腺癌中可能的信号通路并分析其相关性。最后采用免疫组织化学法检测49例胰腺癌组织和癌旁组织中ANXA5的表达，并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。结果 数据库分析显示，在GSE15471与GSE16515数据集，以及TCGA数据库中ANXA5在胰腺癌组织中的均表达明显升高（均P<0.05）；在GSE21501数据集与TCGA数据库中ANXA5高表达的患者总体生存期明显短于低表达患者（均P<0.05）；TCGA中ANXA5表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素（HR=1.819，95% CI=1.058~3.126，P=0.03）；ANXA5基因与胰腺癌TGF-β通路及肿瘤上皮-间质转化（EMT）高度相关。胰腺癌组织样本分析结果显示，ANXA5的表达明显高于癌旁组织（P<0.001），且此基因高表达预示着较差的预后（P=0.008 2）；ANXA5表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素（HR=3.06，95% CI=1.046~8.952，P=0.041）；ANXA5的表达与肿瘤临床分期（P=0.000 94）及淋巴结转移（P<0.001）明显相关。结论 ANXA5在胰腺癌中表达升高，其高表达是胰腺癌患者预后的危险因素，其机制可能是通过TGF-β通路及EMT进程促进胰腺癌发展有关。     

跨膜蛋白201在肝细胞癌中的表达及其预后意义与作用机制

背景与目的 研究发现跨膜蛋白（TMEM）家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌（HCC）中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法 在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果 泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织（均P<0.05）,且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论 TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。     

DEP结构域蛋白质1B在胰腺癌中的表达及其临床意义

背景与目的:已有研究显示,DEP结构域蛋白质1B (DEPDC1B)在多种肿瘤中异常表达并在肿瘤进展中发挥重要作用,DEPDClB在胰腺癌中的表达水平及临床意义尚不清楚.本研究通过检测胰腺癌组织中DEPDClB的表达,分析其与胰腺癌患者临床病理特征及预后的关系,从而探讨其在胰腺癌中的临床意义.方法:下载癌症基因组图谱(...     

ATP结合盒转运蛋白A5在胰腺癌中的预后意义的生物信息学分析与验证

背景与目的 ATP结合盒（ABC）转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而，ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此，本研究通过生物信息学分析及临床样本验证，探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系，同时对ABCA5在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法 使用TCGA和GEO数据库，分析ABCA5在胰腺癌组织及正常组织中的表达情况，并用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线，Cox比例风险模型进行单因素与多因素分析。采用免疫组织化学法检测65例胰腺癌组织和癌旁组织中ABCA5的表达，并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。使用TIMER、STRING和Gene MANIA数据库对ABCA5与免疫细胞浸润、蛋白互相作用网络（PPI）和基因-基因互作网络进行分析。利用基因富集分析（GSEA）和相关性分析对ABCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路及其可能的作用机制进行探索。通过癌症药物敏感性基因组学（GDSC）分析ABCA5与治疗药物敏感性的关系。结果 在TCGA和GEO数据集中，ABCA5在胰腺癌组织中的表达明显低于正常组织（均P<0.05）。在TCGA和GSE62452数据集中，ABCA5低表达的患者生存时间明显缩短（均P<0.05）；ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素（HR=0.458，P=0.001；HR=0.439，P=0.017）。65例临床病例分析显示，ABCA5在癌组织与癌旁组织相比处于低表达水平，且ABCA5低表达患者的预后更差（均P<0.05），单因素与多因素Cox回归分析表明ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素（HR=0.327，P=0.032）。TIMER数据库结果显示，ABCA5表达与免疫浸润密切相关。PPI蛋白互作网络显示，有14个与ABCA5相关的互作蛋白；基因-基因互作关系网络图得到20个与ABCA5相关的互作基因。基因富集分析与相关性分析结果显示，ABCA5在胰腺癌中可能与细胞周期和铁死亡有关。ABCA5高表达患者对5种治疗药物的IC₅₀明显低于ABCA5低表达患者（均P<0.05）。结论 ABCA5在胰腺癌组织中低表达并与患者不良预后相关，其表达水平是胰腺癌患者预后的独立影响因素，ABCA5在胰腺癌中的作用机制可能与细胞周期、免疫调节和铁死亡有关。