石蜡包埋乳腺癌组织的RNA提取及基因表达研究

目的 探索从石蜡包埋乳腺癌样本中提取总RNA的质量和产量,并检测其基因的表达情况.方法 收集保存时间1～17 a不等的人乳腺癌石蜡组织样本153例,取5 μm厚切片1～15张,用Roche和Ambion两种试剂盒提取总RNA.采用随机引物将mRNA反转录为cDNA,SYBR Green Ⅰ染料法实时荧光定量PCR分析ACTB、GAPDH、RPLPO和GUSB管家基因mRNA的表达情况.结果 153例标本总RNA浓度在3～375 ng/μl范围,总产量0.18～18.5 μg,A260/280值在1.32～2.07范围,RNA琼脂糖凝胶电泳片段弥散在100～1 000 bp之间.81例样本的4个管家基因的平均Ct值在24～30范围,随着样本保存时间的延长,Ct值也逐渐增加.结论 从石蜡包埋样品标本中提取的RNA产量及质量可满足实验的要求,总RNA有所降解,但可以进行目的 基因mRNA的检测, 保存10 a以上的样本也能够进行基因表达研究,在基础研究和临床实践方面具有广阔的应用价值.     

乳腺癌冰冻和石蜡包埋样本的ＲＮＡ以及基因表达情况的比较研究

目的　比较乳腺癌新鲜冰冻和石蜡包埋样本中提取总ＲＮＡ的质量,并分析其基因表达情况。方法　收集新鲜冰冻及其石蜡包埋的人乳腺癌组织共５对,另取１０例保存时间为１～１０年不等的人乳腺癌组织石蜡样本。试剂盒提取总ＲＮＡ,用随机引物实时定量聚合酶链反应（ｑＲＴ-ＰＣＲ）分析新鲜冰冻与其石蜡样本的ｍＲＮＡ表达情况,并对不同保存时间的石蜡样本比较扩增管家基因不同产物长度的Ｃｔ值差异,以了解ＲＮＡ降解程度。结果　新鲜冰冻后的石蜡样本ＲＮＡ片段长度弥散分布在２００ｂｐ左右,扩增９０ｂｐ长度ＡＣＴＢ基因的有效ＲＮＡ模板量仅为相应冰冻样本的０.４６倍（Ｐ＜０.０５）。冰冻样本扩增９０ｂｐ产物的Ｃｔ值显著低于其扩增２０３ｂｐ的Ｃｔ值（Ｐ＝０.０２）,提示冰冻样本ＲＮＡ有一定降解。石蜡样本ｍＲＮＡ表达与相应的冰冻样本无显著差异（Ｐ＞０.０５）,两种样本目的基因△Ｃｔ值经Ｓｐｅａｒｍａｎ相关性分析有显著相关性（ｒ＝０.９５４,Ｐ＝０.０００）。扩增不同保存时间石蜡样本的３个长度片段的Ｃｔ值均有显著差异,随着扩增片段的增大,Ｃｔ值也逐渐增加。结论 冰冻样本的ＲＮＡ相对较完整,质量较好;石蜡样本的ＲＮＡ有明显降解,但能够准确反映组织ｍＲＮＡ水平表达情况;石蜡样本的Ｃｔ值随扩增片段的增大而逐渐增加,能顺利扩增１５０ｂｐ左右长度的产物,为石蜡样本的进一步研究提供实验基础。