基于高通量测序技术的藏族肝硬化患者肠道菌群多样性研究

背景大量研究已证实肝硬化患者存在肠道菌群失调的现象,这为临床防治肝硬化及并发症提供了新的线索与思路.藏族人群生活环境和饮食习惯有别于汉族人群,因而藏族肝硬化患者肠道菌群结构及多样性亦可能存在差异.目的 探讨藏族肝硬化患者肠道菌群结构、丰度与多样性,并对比汉族肝硬化患者肠道菌群的差异及特点.方法 前瞻性纳入2017-10/2018-10四川大学华西医院成办分院消化内科36例肝硬化患者,其中20例藏族设为实验组, 16例汉族肝硬化患者设为对照组;收集患者基本信息、血常规、生化、凝血功能、影像学等,并采集大便标本,提取基因组DNA并对细菌16S rRNA基因V4区进行PCR扩增,应用Illumina Miseq平台进行高通量测序,测序原始结果进行Reads拼接、操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs)聚类、物种注释、Alpha多样性分析等,最终得到样品的生物信息学结果.结果对照组和实验组分别获得15006和36872条有效序列,在实验组中Chao1指数显著降低(P0.01),实验组的物种丰富度较对照组显著降低.基于97%的相似性进行物种注释,对实验组和对照组进行微生物物种丰度比较.结果显示,相较于对照组,在门水平上,实验组中拟杆菌门显著减少(P0.001),厚壁菌门和放线菌门在实验组中增加(P0.01和P0.05);在属水平上,葡萄球菌属、放线菌属在实验组中显著减少(P0.01),乳杆菌属显著增加(P0.01).结论藏族肝硬化患者的肠道微生物丰度明显低于汉族肝硬化患者,肠道微生物组成存在着差异.本研究首次展现了藏族肝硬化患者的肠道微生物组成特点,为肝硬化的个性化治疗奠定了基础.