2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学方法分析预测2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶(Glucosamine 6-phosphate deaminase,NagB)的性质、结构与功能等信息。方法利用DNAStar、ProtParam、PredictProtein、PSORT、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X和ClustalX等在线分析软件对2型猪链球菌中的NagB理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构及活性中心等进行分析。结果 NagB由378个氨基酸残基构成,无信号肽及跨膜区,是稳定的亲水性胞浆蛋白。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主分别占46.30%和32.28%,三级结构模拟显示其为典型的二聚体结构,单体的活性中心可能由Ala52、Ser55、Arg106、Ser107、Ser110、Phe164、Met166、Glu242、Val364、Asn365、Arg366、Val367、Val368等多个核心氨基酸构成。结论生物信息学预测NagB含有2个SIS功能结构域(34-190aa;210-358aa),涉及磷酸糖的异构酶功能,NagB的特征信息为进一步研究其在S.suis 2生长增殖以及致病过程中可能发挥的作用奠定了基础。     

新型冠状病毒相关蛋白DPP1的生物信息学分析及分子对接研究

目的 利用生物信息学和分子对接方法分析预测新冠病毒相关蛋白二肽基肽酶1(Dipeptidyl peptidase 1,DPP1)的特征信息,为探究其作用机制和靶向药物的研发提供理论依据。方法 通过NCBI获得DPP1氨基酸序列,利用ProtParam、PredictProtein、PSORT、ProtScale、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X、STRING和IEBD等软件或服务器对其理化性质、亚细胞定位、信号肽、跨膜区、二、三级结构、活性中心、对接结合口袋、B/T细胞抗原表位及相互作用蛋白等进行预测分析。结果 DPP1由463个氨基酸残基构成,有1个信号肽序列,无跨膜区,是稳定的亲水性分泌蛋白。二级结构以无规卷曲为主,存在3个活性中心和2个功能结构域,涉及去除底物末端二肽的肽酶功能。三级结构模型显示其为四聚体结构,蛋白单体与小分子抑制剂的活性结合口袋由VAL40、LYS63、VAL65、THR67、VAL142、GLY143、THR144、ALA145、ASN148和THR150等核心氨基酸组成。DPP1主要与10个蛋白存...