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目的构建大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选血管新生内膜形成中的关键调控基因。方法首先建立大鼠颈动脉球囊损伤模型。将12只SD大鼠随机分为2组(每组6只):手术组,利用2F取栓球囊于左颈总动脉行球囊损伤术;假手术组:夹闭左颈总动脉,使血流阻断时间接近球囊损伤术操作时间。术后14 d取颈总动脉血管组织,提取总RNA,进行长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和信使mRNA(messenger RNA,mRNA)测序。应用生物信息学方法进行差异表达lncRNA和mRNA共表达分析、基因功能(Gene Ontology,GO)和信号通路(Pathway)分析;通过数据库预测微小RNA(microRNA,miRNA)与lncRNA及mRNA的结合关系,并从中筛选已报道在大鼠血管内膜增生过程中有生物学功能的miRNA相关的结合关系,得到最终的ceRNA网络。结果与假手术组相比,手术组鉴定出1731个差异表达的mRNAs和99个差异表达的lncRNAs;GO和Pathway分析显示,差异表达的mRNA主要参与调节免疫反应、细胞迁移、细胞黏附等。ceRNA分析构建了由46个mRNAs、18个lncRNAs和16个miRNAs组成的ceRNA网络,其中AABR07073245.1、Col6a3、AABR07071659.2和AABR07067310.2所介导的ceRNA调控轴可能在大鼠血管新生内膜形成中具有重要调控作用。结论本研究系统分析大鼠颈动脉球囊损伤模型表达谱,构建的ceRNA调控网络可能在大鼠血管内膜增生过程中具有重要调控作用,有望为动脉粥样硬化的防治提供新的靶点与分子标志物。 相似文献
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目的基于高通量测序数据,探讨小鼠高脂血症模型中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达特征及竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选lncRNA介导的参与血脂异常发生发展的关键调控通路。方法应用正常饮食和高脂饮食分别诱导ApoE-/-小鼠12周,建立高脂血症模型;进行肝脏全转录组测序,筛选差异表达的lncRNAs、微小RNAs(microRNAs,miRNAs)和信使RNAs(messenger RNAs,mRNAs);对差异表达的mRNAs进行基因功能(Gene Ontology,GO)分析和信号通路(KEGG)注释;结合并分析lncRNA-mRNA共表达关系、miRNA-mRNA靶向关系、lncRNA-miRNA共表达和靶向关系,构建lncRNA介导的ceRNA网络并筛选关键ceRNA调控轴。结果高脂血症小鼠肝脏全转录组测序筛选出117个差异表达lncRNAs、53个差异表达miRNAs和1689个差异表达mRNAs;差异表达的mRNAs主要参与脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程和类固醇代谢过程等生物学功能,涉及PPAR信号通路和不饱和脂肪酸合成等途径;构建的ceRNA调控网络包括16个lncRNAs节点、18个miRNAs节点和33个mRNAs节点,其中lnc-Dubr介导的ceRNA调控轴可能对血脂异常具有重要调控作用。结论成功绘制出高脂血症小鼠肝脏lncRNA介导的ceRNA调控网络,并筛选出具有潜在生物学作用的ceRNA调控轴,有望为高脂血症及其他心血管疾病的发生发展和治疗提供新的线索和思路。 相似文献
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