CLCA1在结直肠癌中的表达及其基因集富集分析

［摘要］　目的　探讨钙激活的氯离子通道辅助蛋白1（CLCA1）在结直肠癌（CRC）中的表达及其与临床病理特征和预后的关系,分析其基因集富集情况。方法　通过肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库下载CLCA1 mRNA表达数据,应用GSEA软件进行CLCA1不同表型的基因集富集分析。分析CLCA1 mRNA在CRC组织与癌旁组织中的差异表达,并分析其与临床病理特征的关联性。采用免疫组织化学染色法分析CLCA1在CRC组织和癌旁组织中的差异。结果　CRC组织中CLCA1表达较癌旁组织明显降低。CRC组织的免疫组织化学染色评分显著低于癌旁组织［（2.46±1.09）分 vs （5.65±0.49）分;t=6.458,P=0.000］。癌旁组织的CLCA1 mRNA表达水平显著高于临床Ⅰ～Ⅱ期CRC组织和临床Ⅲ～Ⅳ期CRC组织（P<0.05）,临床Ⅰ～Ⅱ期CRC组织的CLCA1 mRNA表达水平显著高于临床Ⅲ～Ⅳ期CRC组织（P<0.05）。CLCA1高表达组临床分期为Ⅰ～Ⅱ期、N分期为N₀期以及M分期为M₀期的人数比例显著大于CLCA1低表达组（P<0.05）。CLCA1高表达组的生存预后显著优于CLCA1低表达组（χ²=8.200,P=0.004）。基因集富集分析结果显示,有19个基因集显著富集于CLCA1高表达表型,未发现有基因集显著富集于CLCA1低表达表型。结论　CLCA1在CRC组织中表达下调,并且与患者的临床病理特征及预后有关,具有作为CRC诊断、治疗和预后预测标志物的潜力。     

基于生物信息学方法筛选结直肠癌转移的相关基因

目的：　应用生物信息学对基因芯片数据进行分析,探讨结直肠癌的转移机制,寻找潜在的转移及预后标记物。方法：　从GEO数据库选取GSE41568、GSE68468进行分析,使用R语言limma包筛选结直肠原发癌与转移瘤之间的差异基因,获得2个数据集的共同差异基因;运用clusterProfiler包进行功能富集分析并进行可视化;通过STRING数据库、Cytoscape软件进行蛋白质互作网络分析及关键模块的筛选;使用TCGA数据库的结直肠癌数据对差异基因进行表达分析和生存分析。结果：　共筛选出108个共同差异基因;通过基因富集分析发现,差异基因主要富集在补体及凝血级联等通路及生物学过程中;通过蛋白质互作网络分析发现3个关键模块;基于TCGA数据对共同差异基因分析发现,CLCA1、COLEC11、FCGBP、PDZD2、SERPINA1、SPINK4共6个基因在Ⅰ-Ⅱ和Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌的表达有显著差异（P<0.05）,并且与结直肠癌的预后显著相关（P<0.05）。结论：　通过生物信息学筛选出108个共同差异基因及3个关键模块,并得到6个预后相关基因,为研究结直肠癌的转移机制及预后、靶向治疗提供了一定的理论支持。