2016年昆明市急性呼吸道感染人群病毒病原谱监测分析

目的 了解昆明市急性呼吸道感染人群病毒病原谱分布情况,为防控工作提供科学依据。方法 收集2016年1-12月昆明市急性呼吸道感染病例标本,采用real-time RT-PCR方法,检测流感及其他16种呼吸道病毒。结果 共计1 098份标本,检出率为25.77%(283/1 098),流感病毒、腺病毒、鼻病毒检出率最高。冬春季流感病毒检出率最高,夏秋季其他呼吸道病毒保持较高检出率,各季节流感病毒检出率(χ2=87.228)及其他呼吸道病毒检出率(χ2=19.197)均有统计学差异(P＜0.05)。流感病毒在16~50岁人群中检出率最高,其他呼吸道病毒在0~5岁及61岁以上人群中检出率最高,各年龄人群流感病毒检出率(χ2=16.767)及其他呼吸道病毒检出率(χ2=20.834)均有统计学差异(P＜0.05)。呼吸道病毒各性别人群检出率(χ2=0.120,P＞0.05),无统计学差异。结论 流感病毒是昆明市急性呼吸道感染的主要病原;其他呼吸道病毒,以腺病毒、鼻病毒为主。二者在流行季节和人群年龄上形成互补,提示我们同时重视防控流感和其他呼吸道病毒。     

2014-2015年昆明市175件市售海产品中诺如病毒污染状况检测

目的 调查昆明市售海产品中诺如病毒的污染状况,为市民消费海产品提供建议,为昆明市售海产品食用安全性提供依据。方法 2014年7月至2015年7月,采集市售海产品175件,应用real-time RT-PCR法分别检测诺如病毒的ＧⅠ和ＧⅡ两个亚型,并对不同类型、不同季节、不同产地市售海产品中诺如病毒的污染情况进行比较。结果 175份市售海产品中诺如病毒总检出率为1.14%（2/175）,从基因分型看,2份阳性样品均为GⅡ型。结论 2014年-2015年昆明市售海产品中检出GⅡ型诺如病毒,存在通过食用海产品感染的风险。     

2013 - 2018年昆明市重症手足口病实验室监测结果分析

目的 了解昆明市2013 - 2018年重症手足口病实验室监测病例的病原学特征和监测病例分布特征。方法 收集本市6年间临床诊断为手足口病重症的病例标本,应用Real Time RT - PCR技术检测肠道病毒通用型( EV - U) 、肠道病毒71型( EV71) 、柯萨奇病毒A组16 型( CVA16)。结果 1 221份标本中,肠道病毒阳性率为61.51%;其中EV71型263份,阳性率21.54%;CVA16型111份,阳性率9.09% ; 非EV71 /CVA16 型的其它肠道病毒377份,阳性率30.88%。本市重症手足口病例每月均有发生,流行时间分布呈单峰模式,集中在4 - 7月份,男性病例数明显高于女性（χ2 = 6.834,P＜0.01）,1～3岁发病最多（76.7%）。重症病例报告数居前四位的是官渡区、西山区、五华区和盘龙区。粪便标本阳性率明显高于肛拭和咽拭。结论 昆明市重症手足口病发病分布有明显季节性、人群和地区分布特征,非EV71/CVA16的其他肠道病毒是主要病毒体,重症手足口病发病呈下降趋势。应加强4 - 7月的防控工作及城区1～3岁男童手足口病患的监测工作,并提高 EV71 灭活疫苗的接种率,以降低手足口病重症的发生率。     

2015 - 2018年昆明市外环境禽流感病毒实验室监测分析

目的 分析2015 - 2018年昆明市外环境禽流感病毒的实验室监测结果,为人感染禽流感疫情的预警和防控提供科学依据。方法 收集2015 - 2018年昆明市禽流感外环境标本,采用real - time RT - PCR方法,检测A通及禽流感H5、H7、H9亚型。结果 共检测1 000份标本,总检出率为38.20%（382/1 000）。各年检出率无统计学差异（χ2 = 3.023,P＞0.05）。2015年H5检出率最高,2016 - 2018年H9检出率最高,H7仅在2017年检出。各监测场所检出率有统计学差异（χ2 = 106.156,P＜0.05）,其中活禽市场检出率最高。各类型标本检出率有统计学差异（χ2 = 86.141,P＜0.05）,其中清洗禽类的污水检出率最高。主城4区检出率51.36%（284/553）远高于非主城4区检出率21.92%（98/447）,有统计学差异（χ2 = 90.705,P＜0.05）。结论 昆明市外环境禽流感病毒优势亚型为H9,高致死率的H5、H7亚型的检出与本地确诊病例在时间分布上具有相关性。需要加强活禽市场的监管力度,尤其以主城4区为主,其中重点监管禽类宰杀、加工环节,重点监测H5、H7亚型。     

2011－2016年昆明市手足口病病原学特征分析

目的 阐明2011－2016年昆明市手足口病病原学特征,为手足口病防控提供参考依据。 方法 收集2011年1月－2016年12月昆明市手足口病临床诊断病例标本,使用实时定量荧光PCR(real-time PCR)方法检测手足口病病毒核酸。用SPSS 20.0软件分析计数结果。 结果 2011－2016年检测粪便、肛拭子及咽拭子等标本共计6 373份,其中人肠道病毒通用型(human enterovirus universal, EV-U)阳性4 679份,阳性率73.42%。昆明市手足口病病原由肠道病毒71型(enterovirus A71, EV-A71)、柯萨奇A组16型(coxsackievirus A16, CV-A16)及其他肠道病毒组成,其优势病原不断变化,2011－2016年优势病原依次为EV-A71型、CV-A16型、其他肠道病毒、CV-A16型、其他肠道病毒、CV-A16型;病原构成差异有统计学意义(χ²=967.591,P<0.001)。粪便标本阳性率(81.84%)较肛拭子(60.65%)及咽拭子(32.40%)高(χ²=836.895,P<0.001),重症手足口病标本的EV-A71型检出最多,占重症阳性标本的50.53%(431/853)。发病高峰在 4－7月,占病例标本总数的53.68%(3 421/6 373),由单峰分布演变为双峰变化。主城区的官渡、西山、五华、盘龙病例较多,不同地区手足口病病例标本的阳性率差异有统计学意义(χ²=1 090.546,P<0.001)。发病年龄集中在6岁以下,其中 1～3岁年龄段的病例最多;男、女发病比例为1.46∶1,男女病原构成比差异无统计学意义(χ²=3.367,P=0.186)。 结论 昆明市手足口病呈现明显季节性、年龄特征及一定的地区分布规律;病原以EV-A71型和CV-A16型为主,其他肠道病毒的构成比逐渐上升;EV-A71型是引起重症病例的主要病原,应重点防控。     

2014-2018年昆明市重症手足口病病原柯萨奇病毒A6型的流行与遗传变异特点北大核心CSCD

目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒A6(Coxsackievirus A6,CV-A6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析其流行特征。利用随机数表随机选取63例重症CV-A6阳性标本,对其进行完整VP1区基因序列测定,使用Mega6.0软件进行序列分析并构建系统进化树,并比较其核苷酸、氨基酸同源性及氨基酸变异情况。结果2014-2018年昆明市重症手足口病例中共检出肠道病毒阳性标本666份,其中CV-A6阳性195份。5年中重症手足口病例报告数呈下降趋势,但每年均有重症CV-A6病例报告,发病高峰期在4~7月,呈单峰模式,6月达最高峰。感染病例中男女性别比为2.55∶1,≤2岁儿童居多(73.33%),且重点集中在官渡和西山两区。63个CV-A6毒株均位于D3基因亚型D3a进化分支,与国内多地区CV-A6处于共循环状态。该分支分为3个进化小分支,D3a.1包含2014-2016年的所有毒株及少量2017年、2018年毒株;D3a.2包含绝大多数2017年及2018年毒株,D3a.3只有1株2014年昆明株。VP1区氨基酸在多个位点上与原型株存在特异突变,氨基酸变异已呈现年度间规律性。结论CV-A6是引起昆明市重症手足口病主要抗原之一,持续开展CV-A6分子流行病学检测,对昆明市手足口病的防控具有重要意义。     

2017—2019年昆明市A（H1N1）pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的 分析2017—2019年昆明市A（H1N1）pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征,为流感防控提供科学依据。方法 2017—2019年昆明市流感监测网络实验室用MDCK细胞培养A（H1N1）pdm09核酸阳性样本,经血凝和血凝抑制鉴定获得13株A（H1N1）pdm09流感毒株,选取8株提取RNA,一步法扩增得到全基因组,纯化、定量、建库后上机二代测序,使用MEGA X、PhyML 3.1等软件进行基因特征分析和系统进化树构建。结果 昆明市2017年毒株与A/Michigan/45/2015同属于6B.1分支;2018、2019年毒株与A/Brisbane/02/2018同属于6B.1A分支。与当年疫苗株相比,2017年毒株新增4个突变,其中A73S位于Cb区;2018年毒株新增5个突变,其中S74R、S164T位于Cb、Sa区,2019年毒株新增11个突变,其中N156K、L161I位于Sa区,T185I、D187A、Q189E位于Sb区。N156K可导致免疫逃逸,D187A、Q189E同时位于190螺旋。结论 昆明市A（H1N1）pdm09流感病毒的突变位点逐年增加,尤其是抗原决定簇和受体结合部位的突变频率明显加快,提示我们应该持续加强流感监测,及时发现免疫逃逸与高致病性突变。     

2021年昆明市手足口病流行病学和肠道病毒病原谱特征

目的 了解昆明市手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)流行病学和肠道病毒(Enterovirus, EV)病原谱特征。方法 通过中国传染病报告信息管理系统收集2021年昆明市HFMD病例信息进行描述性流行病学分析；采集部分HFMD病例标本，采用荧光定量PCR检测肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CVA16)、CVA6和其他EV,采用一步法RT-PCR对其他EV进行扩增和基因型鉴定；构建各基因型EV与参考株的VP1区全基因序列系统进化树，分析亲缘性。结果 2021年昆明市HFMD报告发病率为103.72/10万(8 804例),其中0-4岁、5-9岁、10-14岁、≥15岁分别为8 724.75/10万、1 649.25/10万、29.08/10万、9.35/10万，主城区、郊县分别为524.10/10万、965.68/10万。HFMD病例标本的EV检测阳性率为63.15%(538/852);在538株EV中，CVA16、CVA6、EV71、CVA4、CVA2、CV...     

2014 - 2018年昆明市麻疹疑似病例病原学监测结果分析

目的 分析2014 - 2018年昆明市麻疹疑似病例的病原学检测结果,为进一步控制和消除麻疹提供科学依据。方法 采集麻疹疑似病例病原学标本（咽拭子和/或尿液）,使用Real time RT - PCR 法检测麻疹病毒核酸。结果 2014 - 2018年昆明市共报告353例麻疹疑似病例,130例实验室确诊病例,阳性率为36.83%（130/353）。其中咽拭子阳性标本127份,阳性率35.98%（127/353）;尿液阳性标本48份,阳性率为30.97%（48/155）。咽拭子阳性率及尿液阳性率差异无统计学意义(χ2 = 1.197,P = 0.274)。2014年麻疹发病呈冬春季分布,2015 - 2018年演变为3 - 6 月的单峰型;确诊病例主要分布在主城区的西山区45.38%（59/130）,官渡区44.62%（58/130）,五华区8.46%（11/130）;男女确诊病例比为1.60∶1, 确诊病例中8～23月龄组最多65例（50.00%）,其次是＜8月龄组32例（24.62%）、＞18岁组19例（14.62%）。结论 昆明市应加强麻疹重点地区和易感人群的监测,努力减少和消除免疫空白人群;进一步提高麻疹病例咽拭子标本采集质量,为努力实现消除麻疹目标提供实验室依据。     

2010 - 2016年昆明市肠道病毒71型流行特征及VP1基因特征分析

目的 分析昆明市2010 - 2016年肠道病毒71型（Enterovirus A71,EV - A71）的流行特征和VP1编码区基因特征。方法 采用描述流行病学方法,对本市手足口病（Hand,Foot,and Mouth Disease,HFMD）资料进行统计分析;对EV - A71阳性株的VP1编码区进行逆转录 - 聚合酶链反应,并对扩增产物进行核苷酸序列测定,使用Mega6.0软件分析VP1区基因亲缘关系。结果 2010 - 2016年昆明市每年均有EV - A71报告,发病有明显季节特征,高峰期在4 - 6月,5月达最高峰。全市各区县均有EV - A71病例报告,主城区发病数远高于郊县。0～5岁儿童是感染EV - A71的高危人群,发病高峰为0～3岁。EV - A71感染病例中男性远多于女性。58株EV - A71均为C4基因型的C4a亚型,分为2个传播链,传播链2包含了7年间绝大多数毒株。结论 昆明市2010 - 2016年HFMD主要病原是EV - A71,其亦是引起HFMD重症的主要原因。昆明市EV - A71毒株全部是C4a亚型,可针对二季度、0～3岁男性儿童及主城区等关键要素合理配置防控资源,做好EV - A71防控工作。