基于癌症基因组图谱数据库构建肝细胞癌相关miRNA-mRNA调控网络

目的 探讨肝细胞癌(HCC)发病机制,为HCC的诊断和临床治疗提供依据。方法 基于癌症基因组图谱数据库,鉴定HCC样本与癌旁组织样本之间差异表达的miRNA与mRNA。通过miRDB、TargetScan数据库预测差异表达miRNA的靶基因,并与差异mRNA取交集确定目标基因。使用FunRich软件预测在HCC差异表达miRNA中的潜在转录因子。利用Bioconductor中的clusterProfiler包进行功能注释和途径富集分析。通过STRING数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络,对前20个枢纽基因进行表达验证和生存分析。结果 对375例HCC样本、50例癌旁样本进行差异miRNA分析,共鉴定出300个差异表达的miRNA。对374例HCC样本、50例癌旁样本进行差异mRNA分析,共鉴定出1 106个差异表达的mRNA。分别在上调的和下调的miRNA中选择20个差异表达最显著的miRNA预测其靶基因。对131个候选基因进行功能富集分析,结果显示主要与缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,碳代谢以及催乳素信号通路等途径有关。结论 在肝细胞癌中异常表达的miRNA-mRNA通路可能成为肝...     

慢性乙型肝炎急性发作期患者肠道菌群的变化

目的 应用 16s rDNA 扩增子测序技术对慢性乙型肝炎急性期患者和健康人群肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对慢性乙型肝炎急性发作的影响及可能的作用机制。方法 收集20名慢性乙型肝炎急性期患者和23名健康对照者的粪便样本和临床资料,并对16s rRNA V3-V4区基因扩增产物进行测序。应用16s rDNA扩增子测序技术,进行菌群鉴定及差异性分析。结果 α多样性分析显示,与健康对照组相比,慢性乙型肝炎急性期患者的粪便微生物多样性降低(p <0.001)。β多样性分析显示,两组的菌群群落各自聚类,组间差异明显(p =0.001)。在门水平上,慢性乙型肝炎急性发作期患者菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度较健康对照组显著降低(p< 0. 01), 而放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度却显著增加(p< 0. 001)。在科水平上,慢性乙型肝炎急性发作期患者菌群中紫单胞菌科(Porphyromonadaceae), 理研菌科(Rikenellaceae), 月形单细胞菌科(Selenomonadaceae)和瘤胃球菌科(Ruminococcaceaede) 的相对丰度较健康对照组显著降低(p< 0.001),而链球菌科(Streptococcaceae)的相对丰度显著增加(p< 0. 05)。在属水平上,另枝菌属(Alistipes), 类杆菌属(Bacteroides), 布劳特氏菌属(Blautia), 梭状芽胞杆菌属(Clostridium), 小杆菌属(Dialister), 普氏栖粪杆菌属(Faecalibacterium), 芽殖菌属(Gemmiger), 丝状菌属(Kineothrix), 巨单胞菌属(Megamonas), 副杆菌属(Parabacteroides), 瘤胃球菌属(Ruminococcus)等11个菌属的相对丰度在慢性乙型肝炎急性发作期患者中显著低于健康对照组(p< 0. 05),而普雷沃菌属(Prevotella)和韦荣氏球菌属(Veillonella)菌属的相对丰度则高于健康对照组(p< 0. 05)。结论 慢性乙型肝炎急性期患者肠道菌群的多样性和丰富度均较健康人群显著降低,其菌落结构也发生了明显改变,肠道菌群失调可能是导致慢性乙型肝炎急性发病的重要原因之一。