实时荧光定量PCR法在低密度疟原虫感染病例中的应用研究

目的 运用实时荧光定量PCR法对低密度疟原虫患者血样进行基因检测,分析其检测效果。方法 选取恶性疟原虫患者和间日疟原虫患者抗凝全血标本各1份,制作厚血膜血片,计算其原虫密度。再以健康人“O”型抗凝全血为稀释液按照1∶4、1∶16、1∶64、1∶256、1∶1 024、1∶4 096、1∶16 384比例分别稀释,制作成7个浓度梯度血样。每个浓度血样分别制备1张厚血膜血片和提取1份疟原虫DNA,分别采用显微镜观察、实时荧光定量PCR法检测其疟原虫感染情况。结果 恶性疟原虫血片厚血膜显微镜法、实时荧光定量PCR法的检出区间分别为12.44~49.76个疟原虫/μL血、3.11~12.44个疟原虫/μL血;间日疟原虫血片厚血膜显微镜法、实时荧光定量PCR法的检出区间分别为45~180个疟原虫/μL血、2.81~11.25个疟原虫/μL血。结论 实时荧光定量PCR法对低密度疟原虫检出限明显高于显微镜检查,可有效解决目前低密度感染以及服用抗疟药后难检测、难鉴别疟原虫的问题,指导合理用药。     

中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例病原学特征分析

目的 分析中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例的病原学特征。 方法 采集中山市2014－2015年6例疑似麻疹疫苗相关病例咽拭子样本并提取核酸,采用巢式PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端450个核苷酸片段并测序,分析其与世界卫生组织(WHO)参考株、麻疹病毒中国疫苗株沪₁₉₁(Shanghai₁₉₁,S₁₉₁)基因的亲缘关系、核苷酸与氨基酸序列相似度。 结果 6份样本中,2份未检出核酸,4份检出核酸,序列比对结果示3株病毒核苷酸、氨基酸序列相似度均为100%,与S₁₉₁株相比,核苷酸序列和氨基酸序列相似度也为100%,属于A基因型;1株病毒与Chin9322-H_1a株相比,核苷酸序列相似度为97.7%,氨基酸序列相似度为96.6%,为H_1a基因型。 结论 3例病例为疫苗株感染,1例为野毒株感染。     

禽用双价禽流感病毒重组疫苗使用后广东省高致病性H7N9病例调查分析

目的 调查分析禽用双价禽流感病毒重组疫苗使用后2017-2019年流行季广东省高致病性H7N9病例流行病学特征,探索可能的感染来源,为制定防控措施提供依据。方法 对H7N9确诊病例基本情况、密切接触者和感染来源进行流行病学调查,采集相关标本进行实验室检测,并应用描述性流行病学方法进行分析。结果 2017-2019年流行季广东省报告1例人感染高致病性H7N9禽流感病例,患者发病前有明确的活禽暴露史,病家自养活禽和禽舍环境标本均检出H7亚型禽流感病毒核酸阳性标本,未发现人与人之间传播病例。报告的唯一确诊病例通过自养活禽暴露的可能性大。结论 禽用双价禽流感病毒重组疫苗使用后2017-2019年流行季广东省高致病性H7N9病例较往年同期大幅下降。饲养者个人防护不足是导致该病例发病的主要原因。继续做好禽只的免疫接种,持续推进活禽的规范化养殖,是减少禽间疫情和人类感染的重要措施。     

2013—2017年中山市20起诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的 分析2013—2017年间中山市诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征,为中山市诺如病毒感染疫情防控提供分子生物学实验依据。 方法 收集2013—2017年间中山市20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情病例标本,采用 RT-PCR方法测定诺如病毒VP1基因全序列,并对序列进行系统发育分析。 结果 20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发主要发生在幼儿园及小学,占疫情总数的80.0%(16/20)。获得了77株病毒的VP1基因全序列, 20起疫情分别由GII.4 Sydney_2012(25.0%, 5/20),GII.3(25.0%, 5/20),GII.17(25.0%, 5/20),GII.2(15.0%, 3/20),GII.21(5.0%, 1/20),及GII.6(5.0%,1/20)亚型引起,5起暴发中GII.4 Sydney_2012分为两个不同分支。 结论 GII.17型为中山市新发现流行毒株,2016年底发现的两起GII.4 Sydney_2012区别于以往出现GII.4 Sydney_2012,可能为新亚型的重组毒株(GII.P16-GII.4 Sydney_2012)。VP1基因序列分析可作为有效的诺如病毒分型工具, RdRp基因分析应作为重要补充以确定毒株的重组变异情况。     

C6/36细胞系分离登革1型病毒的方法学探讨

目的应用C6/36细胞系3种细胞分离方法分离血清中登革1型病毒并探讨其分离效率。方法采用血清预稀释法,将已鉴定为登革I型病毒的阳性血清作10^-1-10^-10等10个10倍梯度稀释并接种于长满单层C6/36细胞的培养管;采用共培养法,将血清作50至6400等8个梯度倍比稀释,再加等体积C6/36细胞悬液作共培养;采用直接接种法,将25μl、50μl、100μl、150μl、200μl血清接种于长满单层C6/36细胞的培养管。连续7d,每天观察细胞生长情况,收获细胞分离液并提取核酸,然后采用Real-time PCR检测其CT值。结果血清标本呈登革I型病毒阳性,CT值为26.3;血清预稀释法与共培养法均未发现由血清毒性引发的非特异性细胞病变,除了10^-10稀释度呈弱阳性外,其余稀释度的CT值均在11-15之间。直接接种法中25μl、50μl接种量培养管未发现由血清毒性引起明显的非特异性细胞病变,检测其CT值约为19,100μl、150μl、200μl接种量的细胞第2d就因血清毒性完全被破坏。结论3种方法都能成功分离登革1型病毒,降低血清对细胞的干扰作用能提高分离效率。     

中山市两家医院鲍曼不动杆菌耐药性及同源性分析

目的 了解中山市两家医院临床分离的鲍曼不动杆菌的耐药性及耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)耐药基因的携带情况,并分析其同源性,为医院感染控制提供实验室依据。方法 收集2018年3—8月中山市两家医院临床分离的35株鲍曼不动杆菌,采用最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)法进行16种抗菌药物敏感试验,并筛选出CRAB菌株,采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增CRAB中的耐药基因并测序确认;应用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)技术对35株鲍曼不动杆菌进行分子分型。结果 35株鲍曼不动杆菌中有33株为CRAB,其余2株对16种抗菌药物全敏感。33株CRAB对替加环素和多粘菌素B均敏感,对米诺环素的敏感率为45.45%,而对其他抗菌药物的耐药率均高达80%以上。33株CRAB均携带OXA-51基因,未检测到IMP和VIM基因。35株鲍曼不动杆菌共分为18个PFGE带型;分为A-F 6个聚类型别,A型(9/35,25.7%)和B型(22/35,62.9%)为主要流行克隆株。结论 鲍曼不动杆菌耐药现象严重,携带多种耐药基因可能是鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类等多种抗菌药物耐药的重要原因。医院内存在不同克隆株播散以及同一克隆株在医院间流行播散。     

应用芯片式数字PCR检测人血清中登革病毒载量

目的建立芯片式数字PCR绝对定量技术,用于登革病例血清中登革病毒载量绝对定量并分析载量变化情况。方法选取发病1～7d登革实验室确诊病例血清样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,取3μL或4. 5μL cDNA,配制15μL反应体系,采用Quant Studio 3D Digital PCR Chip Loader仪器制作芯片,将芯片置于Dual Flat Block Gene Amp PCR System 9700运行PCR,最后在Quant Studio~(TM)3D Digital PCR System中读取结果并应用Quant Studio~(TM)3D Analysis Suite~(TM) Software进行分析,根据实验稀释倍数计算血清中登革病毒载量。结果芯片制作良好,有效孔数高,检测结果重复性较好,示病例发病第1～7d血清中的登革病毒载量分别是10~(7. 646),10~(7. 544),10~(7. 298),10~(6. 990),10~(5. 823),10~(4. 732),10~(4. 221)copies/m L。结论应用芯片式数字PCR检测血清中登革病毒载量的方法可行,可应用于登革病毒载量的绝对定量。登革病毒载量随着病程的发展而降低。     

1株罕见念珠状链杆菌分离株全基因组测序鉴定

目的 应用全基因组测序方法,鉴定中山市1名发热及皮疹待查因的患者血液中分离的1株罕见菌株.方法 对1株罕见菌株进行传统微生物生化鉴定无果之后,提取细菌基因组DNA,并进行全基因测序,按照de novo的方式进行组装后,应用微生物基因组序列的平均核苷酸相似度(ANI)鉴定方法进行物种鉴定.结果 该株罕见菌用传统微生物方法...     

多重PCR检测技术在3起小学呼吸道暴发疫情中的应用

目的 探索多重PCR检测技术在呼吸道暴发疫情中应用的可行性,为掌握呼吸道病原体的流行规律,早期发现新的病原体提出预警,采取针对性措施降低社会风险。方法 2020年6月,针对中山市3所小学呼吸道传染病聚集性疫情,采集34份咽拭子标本,采用1∶2混检的方式,开展22种呼吸道病原体(13种病毒、7种细菌、肺炎支原体和肺炎衣原体)多重PCR检测。结果 3起疫情涉及101个病例,罹患率为21.0%～36.0%。病例年龄7～11岁,男性占54.5%。症状主要为咽痛(57.4%)、咳嗽(40.6%)、流涕(32.7%)和发热(23.8%)。17份标本的病原阳性率从高到低依次为鼻病毒100.0%、肺炎链球菌88.2%、流感嗜血杆菌64.7%、A组链球菌5.9%。判断导致3起小学呼吸道聚集性疫情的病原体主要为鼻病毒。结论 多重PCR检测技术能快速确认呼吸道暴发疫情的病原体。