铜绿假单胞菌核酸检测用试剂盒国家参考品的研究

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)为假单胞菌属的一种革兰氏阴性菌,也被称为绿脓杆菌.在自然界水、土壤与空气中均广泛存在[1].铜绿假单胞菌污染常见于凉拌菜、熟肉制品、饮用水等食品领域.例如在水源水或成品水中检出铜绿假单胞菌,甚至多批次样品的检出率 大于 10％,为一种重要的水源和食源性致病菌[...     

不同时期分离的鼠伤寒沙门氏菌全基因组学分析研究

目的：了解不同时期分离鼠伤寒沙门氏菌的基因组多态性。方法：采用solexa高通量测序技术对 12株分离于1954-1980年与2018-2020年的鼠伤寒沙门氏菌标准菌株进行全基因组测序,以此进行菌株的多位点序列分型(MLST)分析;应用生物信息分析软件对测序菌株基因组的基因功能注释,并对预测的毒力基因、耐药基因、插入元件(IS)、前噬菌体和CRISPR序列进行比较分析。通过比较基因学分析拟合泛基因组和核心基因组积累曲线,与来源于其他国家已发表的代表性菌株构建系统发育分子进化树。结果：不同时期分离的12株鼠伤寒沙门氏菌的染色体全基因组序列大小无明显差异,约为4.8 Mbp。 共发现5种不同MLST型别,以ST19为主(66.6%)。注释结果显示每株鼠伤寒沙门氏菌基因组含有大量 (＞20个)耐药基因;同时也发现不同菌株基因组之间毒力基因、IS、前噬菌体和CRISPR序列数量不尽相同;比较基因学分析证实鼠伤寒沙门氏菌核心基因组相对稳定,而泛基因组所含基因持续增加、高度可变。系统发育进化树显示,来源不同时期和国家的15株分离菌株形成3个不同进化分支,分子进化聚类与菌株的分离年代和地域无明显相关性。结论：解析了12株不同时期分离的鼠伤寒沙门氏菌标准菌株的全基因组序列,发现不同时期分离的菌株基因组数据和分子进化无明显相关性,这些结果不仅为后续探究鼠伤寒沙门氏菌耐药机制与遗传进化规律等研究奠定基础,同时也对标准菌株监管提供科学数据支持。     

铅黄肠球菌CMCC(B)32220的鉴定和全基因组分析

目的 应用多种方法对CMCC(B) 32220鉴定和分析,了解其全基因组的分子特征。方法 将待鉴定菌株CMCC(B) 32220复苏培养后,依次进行形态学、全自动生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析、16S rRNA基因以及全基因序列测定,应用生物信息学方法分析其基因组基本特征,并预测基因功能、耐药性及致病性。结果 经全自动生化和MALDI-TOF-MS鉴定分析菌株CMCC(B) 32220均为铅黄肠球菌。CMCC(B) 32220菌株与NCBI数据库中已发表2株代表性铅黄肠球菌16S rRNA基因序列相似度分别为99.4%和98.9%,而与不同肠球菌16S rRNA基因序列相似度为94.8%～98.7%。CMCC(B) 32220染色体全基因组序列全长为3 195 952 bp,包含3 054个基因,其中具有直系同源簇(COG)功能2 453个,参与KEGG代谢通路1 622个。而基于全基因组水平的平均核苷酸一致性(ANI)分析证实CMCC(B) 32220菌株与已发表的铅黄肠球菌的ANI值为95.1%,而与其他3株肠球菌属不同种(屎肠球菌、鸡肠...     

高等级生物安全实验室终末消毒效果评价用枯草芽孢杆菌标准株的评价与应用

目的 依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812—2022)建立高等级生物安全实验室终末消毒评价用枯草芽孢杆菌标准菌株。方法 选择4株国内分离的枯草芽孢杆菌,通过对标准菌株菌落形态、染色特性、生化特性以及全基因组测序,对标准菌株进行生物学特性和分子特征分析;再将4种标准菌株制成一定浓度的菌片,与市售的菌片一起对动物生物安全三级实验室及关键防护设备进行终末消毒效果的评价。结果 候选4株菌株均鉴定为枯草芽孢杆菌,全基因组均为环形,不含质粒;在相同消毒条件下,与ATCC9372一样,置于房间、生物安全柜和小鼠通风笼架4种候选菌株的菌片均可完全被杀灭。结论 本研究建立了高等级生物安全实验室终末消毒评价用枯草芽孢杆菌标准菌株,这些标准菌株的建立为消毒评价用菌株的国产化奠定了物质基础。