１ 株同时携带 ｖａｎＡ、 ｖａｎＭ 的屎肠球菌高通量测序分 析

目的：了解耐万古霉素屎肠球菌EFM277的耐药基因分布特点及机制。方法：用Illumina Hiseq平台对EFM277进行高通量测序,用生物信息学技术对数据进行拼接和分析。结果：屎肠球菌除对利奈唑胺、替加环素和高水平庆大霉素敏感外,其他常用抗生素全部耐药。对测序数据进行分析发现编码氨基糖苷类耐药基因包括aac(6")-Ii、aph(3")-III、aac(6")-aph(2"")；四环素耐药基因tetM；大环内酯类耐药基因包括msrC、ermB；同时检出糖肽类耐药基因VanA型、VanM型,较为罕见。MLST分析发现其可能是一种新的ST型,与ST17型最相近。毒力基因分析中发现其携带acm,esp,hyl三种毒力基因。结论：利用高通量测序技术阐明EFM277耐药机制,为临床用药提供更为有力的依据。     

多重耐药肺炎克雷伯菌中碳青霉烯酶的检测和分析

目的研究多重耐药肺炎克雷伯菌临床分离株的碳青霉烯酶的流行情况。方法收集该院从2007年1月至2012年12月临床分离的151株多重耐药肺炎克雷伯菌,并对其药敏结果进行归纳整理,用碳青霉烯酶表型试验进行检测,再用聚合酶链反应(PCR)检测已知的碳青霉烯酶基因,并对扩增产物进行DNA测序,确定其基因型。结果在151株多重耐药肺炎克雷伯菌中,通过改良Hodge试验筛选出12株可能产碳青霉烯酶的菌株,其中有1株的金属酶试验为阳性,该12株菌经PCR扩增及测序确定产碳青霉烯酶菌株有5株,金属酶阳性株为IMP-4型金属酶,另外4株产碳青霉烯酶菌株为KPC-2型。结论近年来该院多重耐药肺炎克雷伯菌出现了产碳青霉烯酶菌株,临床应根据药敏结果合理选用碳青霉烯类药物,以减少耐药菌株的产生。     

临床微生物检验毕业论文带教选题实践与体会

毕业论文带教是临床微生物检验本科教学实践中的重要组成部分,在其开展过程中,选题是非常关键的前提环节。如何兼顾和平衡创新性和技术可行性,是选题的重点和难点。本文结合该教研室的实践经验,总结归纳出临床微生物检验毕业论文选题的几个可行方向,并探讨了其中学生带教的细节问题。     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

香港海鸥型菌耐喹诺酮类抗菌药物机制的研究

目的建立香港海鸥型菌生物被膜体外模型,对香港海鸥型菌携带的Ⅰ类整合子相关基因进行分析,探讨香港海鸥型菌耐喹诺酮类抗菌药物的机制。方法吉姆萨染色法形态学角度分析及生结晶紫染色法半定量检测香港海鸥型菌临床分离株生物被膜的形成能力;微量肉汤稀释法测定香港海鸥型菌临床分离株在浮游生长状态与生物被膜状态下对诺氟沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、环丙沙星、洛美沙星的敏感性;PCR法检测耐喹诺酮类香港海鸥型菌菌株携带的Ⅰ类整合子相关基因。结果吉姆萨染色法定性结果显示,在55株香港海鸥型菌临床分离株中,有36株形成生物被膜,生物被膜形成率为65.4%(36/55);结晶紫染色法半定量检测香港海鸥型菌生物被膜的形成能力,其中8株香港海鸥型菌的吸光度OD560≤0.15,16株香港海鸥型菌的吸光值0.15OD560≤0.20,7株香港海鸥型菌的OD5600.20;诺氟沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、环丙沙星、洛美沙星对香港海鸥型菌的最小生物被膜抑菌浓度均高于相应浮游菌的最小抑菌浓度(P0.05);55株香港海鸥菌中共有18株耐喹诺酮类药物,耐药率32.7%,且18株香港海鸥型菌菌Ⅰ类整合子均含有耐药基因,该耐药基因在相应菌株中发挥耐药作用。结论香港海鸥型菌耐喹诺酮类基因的形成和耐药基因的播散可能与Ⅰ类整合子有关。     

多重耐药菌中质粒介导喹诺酮耐药基因的检测和分析

目的分析广州医学院第一附属医院临床分离的60株多重耐药大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌质粒介导的喹诺酮耐药基因存在状况。方法采用VITEK-2全自动细菌鉴定仪检测大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌对抗生素的药物敏感性,选择多重耐药的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌作为研究对象,用多重PCR法进行质粒介导的喹诺酮耐药基因的检测和分析。结果检测出耐药基因qnrA型2株,qnrB型耐药基因15株,aac（6’）-Ib基因9株,其中aac（6’）-Ib—cr型耐药基因5株。其中有1株肺炎克雷伯菌检测到同时含有qnrA和aac（6’）-Ib—cr基因;还有3株肺炎克雷伯菌检测到同时含有qnrB和aac（6’）-Ib—cr基因。未检测到qnrC、qnrD、qnrS、qepA型的耐药基因。结论临床分离的多重耐药大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌含有多种质粒介导的喹诺酮耐药基因,应引起临床的重视。     

VITEK-MS系统直接鉴定体液培养阳性标本的研究

目的利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱系统(VITEK-MS)对体液培养阳性瓶进行直接鉴定,探索快速诊断临床致病菌的新策略。方法收集体液培养阳性瓶,不经琼脂平板培养,直接利用VITEK-MS进行鉴定,并与传统生化鉴定的方法进行比较分析。结果 50例体液培养阳性瓶中,传统细菌鉴定法检出47株阳性菌,3例阴性;而VITEK-MS直接鉴定法检出31株阳性菌,同样3例阴性。VITEK-MS直接鉴定法灵敏度达65.96%,特异度为100%,临床符合率为68%。鉴定时间从24小时缩短到2小时。结论利用VITEK-MS质谱系统直接鉴定体液培养阳性标本中的病原菌,能有效缩短细菌鉴定时间,准确快速地诊断临床致病菌。     

儿科住院患者下呼吸道病原菌分布及耐药性分析

目的分析我院2011—2015年我院儿科住院患者下呼吸道病原菌分布及其耐药性。方法采用全自动生化鉴定仪对痰标本分离株进行鉴定,用全自动微生物药敏系统和纸片扩散法对病原菌的耐药性进行检测,并用头孢硝噻吩纸片法对β-内酰胺酶进行检测。结果 2011—2015年共分离得到下呼吸道病原菌518株,包括肺炎链球菌(21.62%)、金黄色葡萄球菌(16.99%)、流感嗜血杆菌(14.48%)、肺炎克雷伯菌(11.97%)、大肠埃希菌(8.11%)、卡他莫拉菌(5.41%)、鲍曼不动杆菌(3.86%)和铜绿假单胞菌(3.86%)等。药敏结果显示,肺炎链球菌对克林霉素(90.18%)、红霉素(92.86%)和复方新诺明(87.50%)的耐药率较高,金黄色葡萄球菌则对青霉素G(90.91%)和红霉素(68.18%)有较强耐药性,未发现对万古霉素或利奈唑胺耐药的革兰阳性球菌。流感嗜血杆菌对氨苄西林耐药率为32%,与其β-内酰胺酶阳性率较一致,肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌对头孢类药物(17.33%~45.33%)和喹诺酮类药物(34.67%~50.67%)耐药性较高,并发现1株碳青霉烯耐药的肺炎克雷伯菌。结论本院下呼吸道感染病原菌谱较广,主要包括多种革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌,并对多种抗菌药物表现出较强耐药性,临床应注重合理应用相关抗生素,严格防控病原菌的医院感染及传播。     

住院患者肠道宏基因组中β-内酰胺酶基因分布的调查

目的通过检测住院患者肠道宏基因组中β-内酰胺酶耐药基因分布情况,分析耐药基因的发生与演化机制。方法提取50例住院患者大便的宏基因组DNA,应用多重PCR及核酸电泳的方法进行检测,统计β-内酰胺酶耐药基因的分布情况。结果 50例患者中共有26例存在β-内酰胺酶耐药基因,包括TEM、SHV、OXA-1、CTX-M-G1、CTX-M-G2、CTX-M-G9、CTX-M-G8/25、LAT/CMY基因等,而VEB、PER、GES、OXA-48、IMP、VIM和KPC基因均未检测到。另外,某些患者的宏基因组DNA样品中还检测到多个耐药基因共同存在。结论住院患者肠道宏基因组中存在多种β-内酰胺酶耐药基因,这些基因可能是临床分离菌株中耐药基因的来源之一。     

香港海鸥型菌四环素耐药性及其耐药分子机制研究

目的:了解香港海鸥型菌分离株对四环素的耐药性及四环素耐药基因的分布情况.方法:采集草鱼和青蛙的肠道标本,用选择性培养基分离、生化鉴定和16SrRNA基因鉴定的方法分离出香港海鸥型菌.用纸片扩散法对香港海鸥型菌分离株进行四环素类抗生素的耐药性测定,用PCR方法检测四环素耐药株中5种四环素耐药基因的携带情况,并将检测阳性的PCR产物进行序列测定.结果:从614份肠道标本中共分离出157株香港海鸥型菌,其中鱼分离株82株,蛙分离株75株,鱼和蛙的分离率分别为18.51％和43.86％.5株四环素耐药株均来自蛙分离株,其中有2株检测出四环素耐药基因tetA及其阻遏基因tetR,其他四环素耐药基因则未检出.tetA基因的氨基酸序列与已报道的香港海鸥型菌的TetA蛋白同源性为100％.结论:不同宿主的香港海鸥型茵对四环素的耐药性存在显著差异.该菌携带的四环素耐药基因以tetA为主,某些耐药菌株的耐药机制仍然未知.