基于全基因组测序的甲型副伤寒沙门菌暴发疫情分离株分子特征研究

目的 分析一起甲型副伤寒暴发疫情菌株的分子分型特征,为病原菌的确定和暴发疫情的防控提供科学依据。方法 利用生化试验、血清学试验对病原菌进行鉴定,并将分离到的病原菌进行微量肉汤稀释法药物敏感性试验、PFGE分子分型分析、全基因组测序,利用全基因组数据与沙门菌MLST标准数据库比对获得序列型别(ST)、cgMLST序列号以及rMLST序列号并进行聚类分析,通过细菌基因组分析平台fIDBA分析病原菌的耐药、毒力相关基因。结果 11株沙门菌血清型均为甲型副伤寒沙门菌,具有100%相似性的PFGE带型,MLST、cgMLST、rMLST的型别均分别为ST129型、cgST-2191型、rST3678型,表明此次暴发疫情菌株从分子特征角度可诊断为同一传染源导致。对萘啶酸100%耐药,对链霉素100%中介。发现本次疫情菌株基因组均携带29种耐药基因。通过毒力因子数据库比对,均携带21类250种已知毒力基因,其中以Ⅲ型分泌系统、粘附、鞭毛等最为常见。结论 本次暴发疫情是由共同来源的、具有相同分子分型特征的甲型副伤寒沙门菌引起。在病原溯源研究中,应用全基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、亲缘关系及毒力基因、耐药基因携带情况,可以作为替代PFGE、MLST的技术用于更精准的传染病分子流行病学调查分析研究。     

结核分枝杆菌快速培养法的进展

结核病是由结核分枝杆菌感染引起的一种慢性呼吸道传染病。据统计,2006年全球约有150万人死于结核病,此外另有20万获得性免疫缺陷综合征（AIDS）患者死于人类免疫缺陷病毒（HIV）合并结核分枝杆菌感染。准确及时的诊断对预防和控制结核病至关重要。目前结核病的实验室诊断主要有细菌学检验、免疫学检验及分子生物学检验等方法,     

温州地区艾滋病感染者和病人合并感染乙肝、丙肝、梅毒等疾病的研究

目的:研究艾滋病感染者和病人(HIV/AIDS)合并感染乙型病毒性肝炎(HBV)、丙型病毒性肝炎(HCV)、梅毒(TP)的流行现状及其特点,为HIV/AIDS的防控和治疗提供科学依据。方法:选取2008年-2010年期间在温州实验室确认阳性的艾滋病感染者和病人的标本共678例,采用ELISA法,分别对标本进行乙肝表面抗原、丙肝抗体、梅毒抗体项目检测。结果:其中,合并感染乙肝的有102例(15.04%),感染丙肝84例(12.38%),感染梅毒145例(21.38%);同时感染乙肝、丙肝的有13例(1.91%),感染乙肝、梅毒有31例(4.57%),感染丙肝、梅毒的有13例(1.91%),同时感染乙肝、丙肝、梅毒的2例(0.29%)。结论:1、HIV感染者中HBV感染率略高于普通人群;HIV与HCV合并感染率显著高于普通人群,但低于国内外报道的HIV/HCV的30%以上;HIV与TP合并感染的比例显著高于普通人群以及其他地区艾滋病患者。2、合并感染的总体趋势有所控制。     

利用logistic回归模型对艾滋病病毒抗体不确定者转归分析

目的利用logistic回归模型,分析艾滋病病毒（HIV）抗体不确定者的初筛、免疫印迹试验（WB）条带结果和其随访阳转的关系,提高对转归的预判断。方法收集2012 — 2016年HIV抗体不确定者酶标、硒标结果、WB条带结果,用受试者工作特征（ROC）曲线确定酶联伯乐试剂阈值,用logistic回归筛选WB条带的危险因素并建立预测模型。结果79份不确定标本中,首次2种初筛结果都阳性与最终随访确证阳性符合率高达96.29%。 ROC曲线确定伯乐试剂的特定阈值为8,S/CO＞8提示随访转归阳性概率大。最常见的带型分别为p24、gp160＋p24和gp160＋gp120＋p24;其中p24带型随访阴性的比例最高,占77.27%,gp160＋p24有或无其他条带随访阳性概率较大。 运用logistic回归模型筛选出gp160、p24、p17三个有意义的因素。结论初筛酶标、硒标检测结果双阳性,S/CO＞8,gp160＋p24有或无其他条带,随访结果为阳性概率较大。 联合初筛结果、带型情况可较为客观、准确地预测HIV不确定患者转归结果。     

食品香辛料和调味品中克罗诺杆菌污染调查及分子分型研究

目的 调查温州市售食品香辛料和调味品中克罗诺杆菌污染情况,进一步分析不同菌株间的分子分型特征.方法 采用国家标准方法对克罗诺杆菌进行鉴定,结合脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)方法对其进行基因分型研究.结果 296份香辛料和调味品中分离出66株克罗诺杆菌,总检出率为22.30％,其中不同分类中调味粉...     

温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌毒力基因分布及遗传多样性研究

目的 了解温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌的毒力基因分布及遗传多样性特征。方法 对温州市食品及食源性疾病腹泻病人中分离得到的小肠结肠炎耶尔森氏菌进行生物型、血清型和耐药性分析,并基于全基因组测序进行菌株的毒力基因、多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析。结果 71株食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌,94.4%(67/71)的分离株为生物1A型,生物血清型以1A/O∶5占比最高(29.6%,21/71)。分离株对14种抗菌药物的敏感率达到95.8%以上。共获得了16种126个毒力基因,其中2株菌株携带pYV质粒和染色体相关毒力基因。分离株以ST3型最常见(31.6%,12/38),cgMLST分析显示除具有相同ST型的菌株外,菌株无明显基因型簇形成。结论 温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌存在致病性菌株,菌株呈高度遗传多态性,需加强此类菌株的监测,以预防其引起食源性疾病的暴发。     

温泉水中嗜肺军团菌污染调查及分子分型研究

目的 探讨温泉水环境中嗜肺军团菌的污染状况和分布规律,了解其主要血清型别及基因型别。方法 采取随机抽样方法采集温泉场所蓄水池、温泉池、客房淋浴水等,浓缩后用细菌培养法分离得到可疑菌株,用血清学与荧光定量 PCR技术进行嗜肺军团菌的鉴定。对分离的菌株用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型方法(SBT)进行基因分型。结果 65份温泉水中35份检出嗜肺军团菌,检出率为53.85%。嗜肺军团菌计数范围在20 CFU/100 mL-16 000 CFU/100 mL之间。血清分型以LP1、LP3为主。分离的嗜肺军团菌菌株均携带dot基因。对40株嗜肺军团菌菌株进行了PFGE聚类分析,得到10种不同的带型。40株菌株13种ST型可以被分为3个克隆群和1个单态群。结论 本地区温泉水嗜肺军团菌污染程度较高,分子分型结果表明这些菌株具有遗传多样性。     

温州市畜肉中小肠结肠炎耶尔森菌的污染现状与病原特征分析

目的 了解2020年—2021年温州市畜肉中小肠结肠炎耶尔森菌的污染现状及病原特征。方法 对2020年—2021年温州市食品安全风险监测中的畜肉样本进行小肠结肠炎耶尔森菌的分离鉴定、血清分型、生物分型、毒力基因检测、耐药性分析和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果 356份样本共检出小肠结肠炎耶尔森菌31株，检出率为8.71%。分离菌株血清型以O:5型为主，生物型以1A型为主。检出1株4/O:3型菌株携带毒力基因ail、ystA、yadA、virF,其余菌型菌株仅携带ystB或不携带任何毒力基因。分离株对头孢西丁、磺胺异恶唑耐药率最高，为32.26%,多重耐药株有4株，占12.90%。31株分离株经PFGE分型，共获得31种带型。结论 小肠结肠炎耶尔森菌是温州市畜肉中的潜在污染源，菌株耐药率处于较低水平但存在多重耐药株，PFGE带型呈多态性分布。