初治使用含克立芝方案出现病毒学失败HIV/AIDS患者耐药情况分析

目的 分析初次使用含克立芝抗病毒治疗方案治疗艾滋病病毒感染者/艾滋病病人治疗失败基因型耐药情况。方法 收集云南省2014-2015年接受高效抗逆转录病毒治疗的艾滋病病毒感染者/艾滋病病人的临床及实验室资料,对初次使用含克立芝抗病毒治疗方案治疗且治疗持续6个月以上、病毒载量仍大于1 000Copies/ml的患者进行基因型耐药检测,分析耐药基因变异情况及耐药位点的变化情况。结果 2年共获得符合条件pol区序列150条,该人群中耐药发生率为27.3%(41/150)。在使用过的药物中,对3TC、TDF、D4T、AZT、ABC高度耐药的情况分别是16(10.7%)、2(1.3%)、1(0.7%)、0(0%)、3(2.0%),对蛋白酶抑制剂没有出现高度耐药的情况。结论 初治使用含克立芝治疗方案治疗失败的病人耐药率仍处于较低水平,但是随着使用含克立芝方案治疗人数增加以及治疗时间延长,仍需加强耐药检测。     

三种方法同时检测艾滋病合并结核分枝杆菌感染

目的 提高艾滋病合并结核病的病原学诊断的阳性率.方法 同时采用萋-尼抗酸染色、BacT/ALERT 3D 360MP 结核分枝杆菌培养和实时荧光定量PCR 方法,对艾滋病合并疑似结核感染患者不同时段的样本进行检测.结果 涂片萋-尼抗酸染色阳性率为11.69%(18/154);样本直接进行TB-DNA PCR 扩增的阳性率为18.18%(28/154);MP 培养阳性经抗酸染色和TB-DNA PCR 确认结核分枝杆菌的阳性率为20.13%(31/154).结论 三种方法同时检测可以提高检测阳性率,实时荧光PCR 扩增TB-DNA 能为临床提供早期病原学诊断依据,而结核分枝杆菌培养在提供病原学诊断"金标准"的同时,可为进一步检测其耐药性准备菌株.鉴于艾滋病患者免疫缺陷的特殊性,需要采用多种方法对多份样本和多种类样本同时检测,提高检测的特异性和敏感性.     

云南省德宏和昆明地区高效抗逆转录病毒治疗后HIV-1流行毒株pol区基因变异分析

Objective To investigate the variations in the pol region of HIV-1 strain in treatment failed patients in Yunnan province's Dehong prefecture and Kunming. Methods Blood samples were collected from 139 patients who experienced treatment failure ( HAART treatment ＞ 1 years and HIV-1 RNA Viral load ＞ 1 000 copies/ml). HIV-1 RNA was extracted from plasma, and nested-PCR was performed for amplification of PR and RT genes on the HIV-1 pol region. The PCR products were then sequenced and submitted to Stanford HIV Drug Resistance Database for comparison. The evolution tree was built up with MEGA 4. 1 system, combined with patients' demographics. Results The most prevalent mutation in Kunming patients were T215F/N/Y/I, M41L/M, and T69G/N/I/S/A/D, the mutation rates were 39%(24/62), 27% (17/62) and 27% (17/62) , respectively, which were higher than the corresponding mutations in the Dehong prefecture [16% ( 11/69), 13% (9/69) and 9% (6/69)]. The rate differences were statistically significant ( x2 = 8.646, 4.242 and 7. 909, all P ＜ 0.05 ). The most common HIV-1 pol region subtype in the Dehong patients were CRF01_AE subtype (32%, 22/69), followed by C subtype (25% ,17/69), and B subtype ( 19%, 13/69). Major subtypes in Kunming patients were 08_BC (60%,37/62 ), CRF01_AE subtype(21% , 13/62 ) and 07_BC ( 15% ,9/62). Conclusions Partial differences of the point mutations of the HIV-1 strain pol region and frequency of their occurrences exist among Dehong and Kunming patients, HIV-1 strains in Dehong prefecture for the NNRTIs mutations at the T215 Y/N/T, M41L and T69G/N/I/S/A/D are significantly higher than those in Kunming. Six isoforms are found respectively:CRF01_AE, B, C, BC, 08_BC and 07_BC from the epidemic strains of HIV-1 pol region subtype in Dehong and Kunming areas.     

昆明地区2019年HIV/HCV共感染患者HCV核衣壳蛋白基因分型

目的 基于丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）核衣壳蛋白（nucleocapsid protein）基因序列了解昆明地区人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus, HIV）/HCV共感染患者中HCV基因型及基因亚型流行情况。方法 2019年3—8月在云南省传染病医院收集临床诊断为HIV/HCV共感染住院且户籍地为昆明所辖14个县级市、区及县的患者血清,从血清中提取病毒RNA,反转录合成第一链cDNA,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物进行巢式PCR扩增。结果 共收集到临床诊断疑似HIV/HCV患者样本64例,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物扩增,其中17例样品扩增阳性。序列分析结果显示,有9例病例的序列与HCV 3b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为93.3%～95.2%;5例病例的序列与HCV 1b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为96.8%～97.6%;1例病例序列与HCV 3a基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为95.2%;1例病例序列与HCV 6n基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸...     

云南省HIV-1感染儿童一线抗病毒治疗病毒学反弹影响因素研究

目的 观察云南省艾滋病病毒(HIV-1)感染儿童抗病毒治疗(ART)的疗效,探讨ART过程中出现病毒学反弹的影响因素.方法 通过"国家艾滋病抗病毒治疗信息系统"收集资料,并进行描述性分析,采用COX比例风险回归模型分析发生病毒学反弹的影响因素.结果 2005年1月1日至2015年12月31日,云南省随访治疗1年以上且在...     

云南省64例HIV-1独特重组毒株重组特征及流行病学分析北大核心CSCD

目的 调查云南省64株HIV-1独特型重组毒株的重组特征及流行病学特征。方法 选择2017年云南省传染病医院样本库HIV-1感染者和艾滋病患者血浆样本,采样集时患者抗病毒治疗时间持续大于半年,同时收集其人口学信息,运用RT-PCR方法扩增gag-pol区半分子基因序列,使用RIP和jpHMM软件进行重组分析,采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源性关系进行分析。结果 64例独特型重组毒株主要以男性为主,感染途径以异性性传播和静脉药瘾为主,样本来源于云南省11个州市,主要来自于昆明、红河、德宏、临沧、大理和保山。64例独特型重组毒株主要有4类重组模式,分别是B/C重组、01_AE/B/C重组、01_AE/B重组和01_AE/C重组,分别占到70.31%、18.75%、7.81%和3.13%,其中4种不同类型的重组模式在不同年龄段的差异有统计学意义,64株毒株在系统进化树上分别形成不同的进化簇。结论 云南省近年来重组毒株占比逐年增加,其重组的类型和模式比较复杂,对疾病的防控带来较大的困难,这提示应密切监测重组毒株流行趋势变化,同时加强对这一特殊人群的管理,以减少独特型重组毒株的传播。     

基于分子传播网络分析昆明市HIV-1流行特点

目的 构建昆明市HIV-1感染者的分子传播网络并分析其网络特征,识别主要传播亚型、传播方式和重点高危人群,为本市艾滋病防控采取重点干预措施提供依据。方法 选择2019—2020年云南省传染病医院接受治疗的昆明市HIV-1感染者作为研究对象,并收集整理其的流行病学资料,采用RT-nested-PCR扩增HIV-1pol区基因,contig Express 6.0对序列进行剪切、拼接和校对,Bio Edit 7.0比对剪切序列,HIV-1 BLAST在线工具亚型分型和MEGAX进行亚型验证,使用Hy Phy软件计算pol区基因序列之间的成对基因距离,Graph Pad-Prism8.0确定最佳阈值,导入Cytoscope3.7.2进行HIV-1分子网络可视化展示并进行网络特征分析。结果 成功扩增获得505条pol区基因序列,确定最佳阈值为0.013后,共有232条序列进入网络,入网率为45.94%。不同亚型、不同病毒载量、不同地区和不同耐药情况的入网构成比存在显著性差异。网络成簇总连接度为552,总的节点中位连接度M(P₂₅,P₇₅)=2.0(1...     

云南省HIV/AIDS病人原发性整合酶基因耐药突变情况

目的分析云南省原发性整合酶基因突变及相关耐药情况,为治疗提供参考依据。方法采集2015—2016年云南省14个地州(市)未接受过含整合酶抑制剂(INIs)抗病毒治疗的531例HIV-1感染者外周静脉血,分离血浆,-80℃冻存备用。所有感染者均进行个案流行病学调查并签署知情同意书。采用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因区并进行序列测定,分析IN区耐药突变位点及其耐药程度。结果 531例未经INIs抗病毒治疗的病人血浆扩增成功513例,5.7%(29/513)存在原发IN基因突变,其中9例病人表现出对INIs原发性耐药。全部INIs耐药毒株均属于交叉耐药,包括5例部分交叉耐药和4例完全交叉耐药。共检出10个IN区主要突变位点,其中T66A、E92A/G、G118R、 E138A/K、 G140A、Y143S、 P145S和Q148H等8种主要突变类型引起INIs不同程度耐药;共检出8个IN次要突变位点,A128T出现频率最高,引起INIs耐药的次要突变位点是S153F和G163R。结论云南省存在原发性INIs基因突变且变异位点具有多样性和特异性,应加强IN区耐药监测,合理调整INIs的用药方案。