南方汉族急性髓细胞白血病患者杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因的研究

目的研究和分析南方汉族急性髓细胞白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)的基因频率和单倍型。方法采用序列特异性引物PCR(polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCR-SSP)技术对南方地区76例急性髓细胞白血病患者进行KIR基因的检测和分析,并与77例随机健康对照人群KIR基因频率进行比较。结果共检出16个KIR基因;在AML患者中检出15种基因型,正常人群中检出18种基因型。结论与正常人比较,AML患者各KIR基因频率无显著性差异。     

五例样本HLA-C基因测序分型中等位基因丢失及其原因分析

目的 探讨HLA-C基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因,以提高HLA测序分型的成功率和准确性.方法 620份随机选择的深圳健康捐血者血样,采用AlleleSEQR HLA-C plus测序分型试剂盒进行检测,对无完全匹配、分型结果"异常"的标本,采用分子克隆和测序方法进行全长单倍体序列分析;对未检出新的碱基点突变的样本,进一步采用自行设计的PCR引物和AlleleSEQR试剂盒中的测序引物进行再测序,分析测序分型结果"异常"的原因.结果 620份经AlleleSEQR HLA-C测序分型的样本中,发现5例样本无完全匹配的基因型,与之最接近的多种等位基因型均存在单个碱基的不匹配;并且在第4外显子出现碱基杂合,但第2和第3外显子区域内无杂合碱基.经分子克隆和单倍体测序,以及采用自行设计的PCR引物和AlleleSEQR试剂盒中的测序引物再测序,证实了5例标本均存在Cw * 0706等位基因漏检和丢失现象,未发现新的碱基点突变.结论 HLA-C基因测序分型时,因PCR引物与模板DNA不匹配会导致等位基因的漏检和丢失.根据中国人群HLA-C分子全长序列特点,开发适合于中国人群的测序分型试剂十分必要.     

人类白细胞抗原HLA-Cω基因第2,3,4外显子测序分型方法的初步研究

目的 初步建立可靠的HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序分型技术.方法 基于中国汉族人群HLA-Cω基因的全长序列,设计和合成1对PCR引物,采用Stratagene P fu Taq DNA聚合酶特异性扩增HLA-Cω基因5'-启动子区至第4内含子目的基因片段,涵盖完整的第1～4外显子.PCR产物经纯化,采用自行设计的6条测序引物和ABI PRISM BigDye 1.1 Terminator,以及优化的测序反应体系和PCR条件,对HLA-Cω,基因第2、第3和第4外显子进行双向测序.测序反应产物纯化后,采用ABI3730测序仪电泳和Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-Cu,基因日的片段,所用的6条测序引物进行HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序,序列中无背景信号和杂峰.156份汉族随机骨髓志愿捐献者样本用本文的方法检测.分型结果与Atria AlleleSEQR HLA-Cw Plus测序分型试剂盒的结果相一致.结论 初步建立了可靠的HLA-Cω基因测序分型方法,在HLA-Cω基因群体遗传学及组织配型等领域,具有广泛应用前景.     

中国汉族个体HLA全长序列新等位基因A＊74：02：01：02的鉴定

目的对中国汉族个体人类白细胞抗原（HLA）-A基因全长序列进行测定,发现和鉴定突变位于常规检测区域以外的全长序列新等位基因。方法应用已对常规检测区域第2～4外显子进行测序分型、结果已知的中国汉族个体的样本进行HLA—A基因全长4．3kb序列的高保真扩增、克隆及测序;利用序列比对、进化树等方法分析突变所在位置及其产生的原因。结果发现1个HLA—A全长序列新等位基因,序列与国际IMGT／HLA数据库中最接近的等位基因A＊74：02：01：01的全长序列相比共有5个位于内含子的变异,其中第3内含子1个：NT1427C〉T,第7内含子5个,分别为NT2842G〉A,NT2850C〉T,NT2862T〉C,NT2863G〉A以及NT2868T〉C。该HLA—A新等位基因于2010—07—31被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA—A＊74：02：01：02。结论新等位基因A＊74：02：01：02的变异产生的机制可能是随机突变和等位基因之间的交换重组。     

HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.     

汉族人群中新等位基因人类白细胞抗原-DPA1*01:11的鉴定

背景：在群体遗传学研究中,发现一个样本人类白细胞抗原-DPA1位点结果异常,而国际上与人类白细胞抗原-DPA1等位基因相关的报道较少。 目的：鉴定一个人类白细胞抗原-DPA1*01相关的新变异等位基因。 方法：在群体遗传学研究中,采用PCR产物直接测序分型方法,对人类白细胞抗原-DPA1基因第2外显子进行双向测序。对出现异常分型结果的样本,进行分子克隆和单倍体测序。 结果与结论：发现一个样本的人类白细胞抗原-DPA1位点结果异常,经分子克隆和单倍体测序,检出了一个正常的人类白细胞抗原-DPA1*01:03和一个DPA1*01相关的新变异等位基因,该新等位基因的序列与DPA1*01:03的序列最接近,其差异是在第二外显子区域的242位碱基发生A>G的替换,并导致了相应的第50位密码子由CAA>CGA,编码的氨基酸残基由谷氨酰胺变成精氨酸。该等位基因为人类白细胞抗原新的等位基因,已被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原-DPA1*01:11(提交序列号HWS10015443)。     

深圳市健康无偿献血者外周血淋巴细胞表面人类白细胞抗原-E的基因型特异性表达研究

目的 探讨深圳市无偿献血个体的外周血淋巴细胞表面人类白细胞抗原(HLA)-E表达水平,并分析HLA-E基因型与HLA表达水平的相关性.方法 采用简单随机抽样法选择2015年8月至10月于深圳市血液中心无偿献血的82例献血者作为研究对象.采用Sepmate淋巴细胞分离管分离82例献血者的外周血淋巴细胞,然后采用流式细胞技术检测淋巴细胞表面HLA-E的表达水平;同时提取研究对象的外周血的DNA,采用PCR-直接测序法(SBT)进行序列测定,判定其HLA-E基因型;并且采用方差分析和t检验的统计学方法,分析比较不同HLA-E基因型献血者外周血淋巴细胞表面HLA-E表达水平的差异.结果 本研究82例献血者中,检出的HLA-E*01∶01/*01∶01基因型频率为20.7％(17/82),HLA-E* 01∶01/* 01∶03基因型频率为41.5％(34/82),HLA-E*01∶03/*01;03基因型频率为37.8％(31/82),3种基因型献血者的外周血淋巴细胞表面HLA-E相对表达水平分别为2.57±0.66、3.32±1.33和3.77±1.26,三者比较,差异有统计学意义(F=6.062,P＜0.05).其中,HLA-E* 01∶03/* 01;03基因型献血者外周血淋巴细胞表面HLA-E相对表达量最高,其次为HLA-E*01∶01/*01∶03基因型献血者,HLA-E*01∶01/* 01∶01基因型献血者外周血淋巴细胞表面HLA-E相对表达量最低,并且两两比较,差异均有统计学意义(HLA-E*01∶03/*01∶03基因型与HLA-E*01∶01/* 01∶03基因型比较,t=2.402,P＜0.05;HLA-E*01∶03/*01∶03基因型与HLA-E* 01;01/*01∶01基因型比较,t=4.212,P＜0.001;HLA-E*01∶01/* 01∶03基因型与HLA-E*01∶01/*01∶01基因型比较,t=3.054,P＜0.01).结论 深圳市健康献血人群外周血淋巴细胞表面HLA-E表达水平与其基因型密切相关.     

深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因B基因多态性及其分布特征分析

目的 探讨深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因(MIC)B等位基因多态性及分布特征.方法 选择2012年8月至2014年12月,于广东省深圳市血液中心献血的202例无血缘关系的深圳地区汉族健康献血者为研究对象.根据自行设计的MICB基因聚合酶链反应(PCR)扩增引物及测序引物,采用PCR-直接测序(SBT)法对献血者MICB基因第2～4外显子进行序列测定,并采用统计学方法对本组深圳地区汉族人群等位基因频率及基因多态性结果与不同地区人群进行比较.本研究遵循的程序符合深圳市血液中心人体试验委员会制定的伦理学标准,得到该委员批准,征得受试对象知情同意,并于采血前与之签订相关伦理学文件.结果 本组202例深圳地区汉族人群中,共检出的MICB等位基因10种,基因型24种.本组人群的MICB基因多态性以MICB* 00502基因型等位基因频率最高,占51.2％,其次为MICB* 00201 (19.8％),MICB* 00401 (8.7％),MICB* 014(5.7％)及MICB* 008(5.2％).MICB基因型以MICB* 00502-MICB* 00502频率最高,占35.6％.MICB* 013为威尔士人群特有基因,在深圳地区汉族、韩国、西班牙人群中均未检出.MICB* 018等位基因在德国健康人群、奥地利、摩洛哥、澳大利亚及其他亚洲人群中均未检出,在深圳地区汉族人群却有较高的等位基因频率,等位基因频率达1.5％.结论 深圳地区汉族人群的MICB等位基因分布与其他不同地区人群相比,具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点.     

HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.     

HLA-DRB1*1218新等位基因克隆测序鉴定及内含子序列分析

Objective To identify a novel human leukocyte antigen (HLA) allele by cloning and sequence-based typing in Chinese population, and analyzing the sequence of the introns 1 and 2. Methods The routine HLA-A, -B, -DRB1 low resolution genotyping for stem cell donor from Guangdong province was performed with polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes (PCR-SSOP). An unknown HLA-DRB1 allele was initially detected by HLA typing. Genomic DNA of the proband was amplified by using HLA-DRB1 locus group-specific primer, the amplified product was cloned, sequenced, and compared to the closest DRB1 * 120201 allele and the closest intron sequence of the DRB1 * 030101 allele. Results The sequencing results showed that a normal DRB1 * 080302 and a novel DRB1 * 1218 variant allele were identified. The sequence of the novel allele has been submitted to GenBank (FJ481086). The novel allele had 1 nucleotide substitution of the closest matching allele HLA-DRB1 * 120201 at nt262(G →C) in exon 2, resulting in an amino acid change from GIu(GAG)→Gln (CAG) at codon 59. The intron 2 sequence is identical between the novel HLA-DRB1 * 1218 and DRB1 * 030101, but there are 12 nucleotides substitution in intron 1. Conclusion A novel HLA allele was confirmed by cloning and sequence-based typing in Chinese. It was officially designated as HLA-DRB1 * 1218 by WHO Nomenclature Committee.