2018—2021年北京市沙门菌血清型及喹诺酮类耐药表型和基因型分析

目的 分析2018—2021年北京市肠道门诊哨点医院分离到的沙门菌血清型及喹诺酮类药物耐药表型和耐药基因的流行情况。方法 采用玻片凝集法鉴定血清型;微量肉汤稀释法测定药物敏感性;全基因组测序数据通过与MLST和ResFinder数据库比对,查询ST型别和耐药基因。结果 228株沙门菌共检出42种血清型,51种ST型。其中肯塔基沙门菌、肠炎沙门菌和黄金海岸沙门菌等9种血清型比较常见。77株沙门菌（33.8%）对萘啶酸耐药;40株（17.5%）对环丙沙星和左氧氟沙星耐药;38株（16.7%）对吉米沙星耐药。不同血清型对喹诺酮类药物的耐药性不同。228株沙门菌共筛选出5种喹诺酮耐药基因:qnrS（23.7%）、aac(6’)-Ib-cr（8.3%）、qnrB（6.6%）、OqxAB（1.3%）和qepA（0.4%）;喹诺酮耐药决定区存在gyrA和parC的7种氨基酸突变:以parC:T57S（70.2%）最常见,其次是gyrA:D87N（14.9%）、parC:S80I（14.5%）、gyrA:S83F（14.5%）、gyrA:D87Y（7.9%）、gyrA:D87G（5.3%）和gyrA:S83Y（1.8%）。在组合突变中,以parC:S80I-gyrA:D87N-gyrA:S83F三突变,并伴随parC:T57S最多。耐药基因和突变位点在9种常见血清型中的检出率存在差异。结论 北京市沙门菌血清型及ST型种类繁多,携带喹诺酮耐药基因以qnrS、aac(6’)-Ib-cr和 qnrB为主,存在gyrA和parC多个位点突变并协同作用。应持续监测血清型和耐药性,以指导临床有针对性合理用药。     

2007-2012年北京市流感样病例和流感病原学监测

目的 阐明2007-2012年北京市流行性感冒(流感)流行特征和病原学监测结果.方法 使用“北京市医疗机构传染病监测预警系统”中二级以上医院流感样病例数和百分比的周数据以及流感病原学监测周数据,分析流感样病例发病趋势和流感病毒构成情况.结果 2007-2012年,北京市二级以上医院共监测流感样病例3,045,527例,其中流感样病例百分比2.11％.期间共检测标本49,868件,检出阳性标本8,289件,其中甲型H1N1亚型573件(6.91％)、甲型H3N2亚型2,578件(31.10％)、甲型H1N1流感2,021件(24.38％)、B型Victoria系945件(11.40％)、B型Yamagada系681件(8.22％).各年度流感病毒亚型构成不同:2007-2008年度主要为B型Yamagada系(60.36％)和甲型H3N2亚型(23.68％),2008-2009年度为甲型H1N1亚型(78.63％),2009-2010年度为甲型H1N1流感(40.28％)和甲型H3N2亚型(20.29％),2010-2011年度为甲型H3N2亚型(64.34％)和甲型H1N1流感(23.44％),2011-2012年度为B型Victoria系(57.28％)、B型Yamagada系(20.80％)和甲型H3N2亚型(18.66％),2012-2013年度为甲型H3N2亚型(77.40％)和甲型H1N1流感(20.36％).结论 近年来,甲型H1N1亚型、甲型H3N2亚型、甲型H1N1流感、B型Victoria系和B型Yamagada系均有流行,且各年度优势毒株不一.     

北京市2019年腹泻病例中札如病毒基因特征分析

目的 了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法 收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果 札如病毒总检出率为2.89%（44/1 522）,<5岁病例的检出率为3.34%（18/539）,≥5岁病例的检出率为2.64%（26/983）。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型（GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株）;≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高（37.50%,6/16）,<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高（均为42.86%,3/7）;每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型（9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株）;≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高（40.00%,6/15）,<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高（均为30.00%,3/10）;每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论 札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。     

新型冠状病毒英国变异株的核酸检测试剂有效性和敏感性评估

目的:评估三种商用试剂盒对新型冠状病毒英国B.1.1.7变异株的检测效果。方法:收集2021年1月北京市某区新冠肺炎聚集性疫情期间的10份鉴定为B.1.1.7变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本,同时收集2020年6—12月北京市监测发现的10份鉴定为非变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本做为对照。用三种可检测该变异株的商业化试剂盒分...     

干扰素诱导跨膜蛋白3基因rs12252多态性与新型冠状病毒肺炎关联性研究

目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3（IFITM3）基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA,使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无...     

2019-2021年北京市布鲁氏菌病流行特征和感染来源分析

目的 了解2019-2021年北京市人间布鲁氏菌病流行特征及感染来源,为制定预防控制措施提供依据。方法 对2019-2021年北京市布鲁氏菌病病例资料采用描述性流行病学方法进行统计分析。结果 2019-2021年北京市共报告布鲁氏菌病219例,其中2019年86例、2020年50例、2021年83例,病例主要分布在郊区。30～75岁年龄段201例,占全部病例数的91.78%,发病率亦较高;男性病例多于女性;职业以农民、家务及待业人员为主。饲养羊是病例的主要感染途径,其次为非职业人员通过食源性等途径感染。结论 北京市2019-2021年期间持续有布鲁氏菌病病例发生,未呈现下降趋势,染疫羊是北京市人间布鲁氏菌病的主要传染源。     

新型冠状病毒感染疫情期间北京市集中发热疫情特征分析

目的分析新型冠状病毒感染疫情期间, 北京市集中发热疫情的流行病学和病原学特征, 为新形势下集中发热疫情防控策略提供参考依据。方法收集2020年1月1日—2023年4月30日期间, 北京市报告的集中发热疫情数据, 对疫情特征和病原学特征进行描述性分析。结果 2020年第1周—2023年第17周, 北京市共报告集中发热疫情310起, 累计报告发热病例4 764人, 疫情累计波及12 412人, 平均罹患率38.38%。30人以下规模的疫情305起, 占98.39%。幼园儿和小学共报告259起, 占全部疫情的83.55%, 是集中发热疫情报告的最主要场所。2020—2022年, 集中发热疫情报告数均处于较低水平, 仅在冬季出现两个小高峰, 2023年春季出现集中发热报告高峰, 周平均报告数为33起。310起集中发热疫情中, 288起(占92.90%)为流感病毒感染。结论应持续开展新冠、流感及其他呼吸道病毒的监测工作, 为集中发热疫情的预警工作提供数据支持。     

干扰素诱导跨膜蛋白3 rs12252多态性与乙型流感病毒感染相关性研究

目的 了解干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3) rs12252多态性与乙型流感感染之间的关联.方法 选择2014年1月-2015年4月北京地区流感样病例(ILI)监测乙型流感感染病例80例、严重急性呼吸道感染病例(SARI)监测乙型流感感染病例85例和健康对照人群65例.提取基因组DNA,使用高分辨率熔解曲线法和Sanger测序法检测IFITM3rs12252多态性..结果 ILI病例组IF-ITM3 rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异,但SARI病例组与对照组相比基因型分布频率具有显著差别.61.2％的SARI病例为IFITM3 rs12252 CC基因型,明显高于ILI病例和对照人群.隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为乙型流感重症感染(OR =4.73,95％CI 2.42 ～9.22).结论 IFITM3 rs12252 CC基因型会导致较高的乙型流感重症感染风险.     

EARS在北京市流感大流行预警中的应用

目的：阐明累积和法用于北京市流感暴发预警的有效性。方法:应用基于累积和算法的早期异常报告系统（early aberration reporting system, EARS）对北京市流感样病例监测数据进行预警分析,以流感病原学监测结果作为判断流感高峰来临的金标准。 结果:2009年至2010年北京市共有421家医院开展了流感样病例监测,7家网络实验室开展了流感病原学监测。2009年6月至2010年4月,421家医院的平均流感样病例百分比为2.56%,共在11家医院采集流感样病例咽拭子19 262份,分离流感病毒5 045株,以新甲型H1N1流感病毒为主。使用累积和法对北京市二级以上医院流感样病例监测数据进行分析较好地预警了流感高峰的来临。结论:应用累积和法对北京市流感监测数据进行分析,可以高效准确地对流感高峰进行预警。     

北京市2004～2009年菌痢流行特征分析及疫情预测

目的了解北京市2004～2009年细菌性痢疾流行病学特征,建立中期预测模型,为进一步采取控制措施和制定防控策略提供科学参考。方法通过描述性研究的流行病学方法对北京市2004～2009年菌痢发病情况进行流行病学描述,用回归分析的方法建立预测模型。结果北京市2004～2009年菌痢发病率为204.98/10万,死亡率为0.03/10万,发病率处于下降趋势,每年5～10月是菌痢的高发时期,10岁以下散居儿童是高危人群,18区县中昌平区发病率最高,利用3次多项式趋势方程y=1.0065x3-16.217x2+49.538x+205.14预测2010年发病率为102.50/10万。结论北京市菌痢发病率保持了逐年下降的趋势,但仍明显高于其他法定传染病发病率,可通过加强对高危人群的卫生管理和健康教育进一步降低。