病原宏基因组高通量测序性能确认方案

宏基因组学利用新一代高通量测序技术, 以特定环境下病原体基因组为研究对象, 在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上, 进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系, 发掘潜在的生物学意义。目前, 绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价, 宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白, 北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果, 就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作, 从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案, 具体包含:标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。     

卡泊芬净对16种念珠菌体外抗菌活性研究

目的比较卡泊芬净国产与进口制剂对引起侵袭性感染的念珠菌属体外抗菌活性。方法从29所医院收集了分离自血液等无菌部位的337株念珠菌,包括白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌等16种念珠菌,采用CLSI推荐的微量肉汤稀释法对8种抗真菌药物进行体外药物敏感性试验。结果除1株光滑念珠菌和1株克柔念珠菌对国产卡泊芬净中介外,其余菌株均敏感。不同菌种药敏数据显示,国产与进口卡泊芬净的MIC50和MIC90完全一致,除热带念珠菌外,国产与进口卡泊芬净对其余菌种的MIC分布范围均一致。国产卡泊芬净对常见菌种的MIC50和MIC90为白念珠菌0.064mg/L和0.125mg/L、热带念珠菌0.125mg/L和0.25mg/L、光滑念珠菌0.125mg/L和0.125mg/L、克柔念珠菌0.25mg/L和0.25mg/L,近平滑念珠菌复合体和季也蒙念珠菌的MIC50和MIC90为0.5mg/L和1mg/L,略高于上述念珠菌。分别分析氟康唑敏感和耐药的白念珠菌和热带念珠菌对棘白菌素类药物的敏感率,发现氟康唑耐药组与敏感组菌株对应的棘白菌素类药物MIC分布范围基本一致,几何均数无明显差异,并且均未发现卡泊芬净耐药菌株。结论卡泊芬净对多数念珠菌属均有较好的抗真菌活性,并且国产与进口卡泊芬净体外抗真菌活性高度一致。