前列腺癌差异表达基因的筛选及相互作用的生物信息学分析

背景与目的:基因芯片技术是利用杂交测序方法,可大规模高通量地检测不同组织、细胞中的基因表达水平的技术.该研究采用基因芯片技术筛选前列腺癌及前列腺炎症穿刺组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析.方法:采用美国Affymetrix Human U133 plus 2.0基因表达谱芯片,按一步法分别抽提恶性程度较高的前列腺癌及前列腺炎症组织的总RNA,并分离纯化这两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与芯片杂交和严格洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像.用生物信息学方法分析前列腺癌及前列腺炎症组织中差异表达基因.结果:按照表达差异倍数大于等于2,P<0.05的筛选条件,筛选出差异基因1819条,其中上调表达基因1025条和下调表达基因794条.采用GO富集分析发现这些差异基因主要涉及细胞周期、分子代谢等分子功能以及生物学过程;KEGG信号通路分析发现,这些差异基因主要涉及嘌呤核苷酸代谢等代谢通路.STING在线工具分析对差异基因编码的蛋白质间的相互作用进行分析,结果发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在TPX2、ANLN、NUSAP1、MELK、DLGAP5、KIF11、TOP2A及RRM2等20个关键节点基因.最后对重要节点基因进行文献挖掘,发现CEP55和ANLN基因可能与前列腺癌的发生和转移有关.结论:在前列腺癌的发生、发展中,促使细胞进入增殖周期的相关基因的活化、代谢相关酶类基因活性的异常、细胞黏附功能相关基因的抑制以及细胞移行相关基因的激活等因素发挥了重要的作用.系统的分析这些基因发现,CEP55和ANLN基因与前列腺癌的发生和预后关系密切,为下一步研究实验提供有价值的线索.进一步研究相关差异基因将有望发现新的早期诊断指标,为建立个体化治疗方案和预后评估系统提供帮助.     

肺腺癌m6A甲基化调控因子相关预后风险模型的构建及临床意义

目的 构建基于N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)甲基化调控因子的肺腺癌预后风险模型,为肺腺癌的预后评估提供科学依据。方法 从TCGA数据库下载mRNA表达和临床数据。使用R软件对24种m6A甲基化调控因子进行差异表达分析。利用单因素Cox回归分析初步筛选出与生存相关的m6A调控因子,在此基础上通过Lasso回归进一步筛选纳入模型的变量,将Lasso回归得到的m6A调控因子用于构建Cox回归模型并计算每个样本的风险评分。qRT-PCR检测模型基因HNRNPC及IGF2BP1在正常肺上皮细胞(REAS-2B)及肺腺癌细胞株(A549、H1299、PC9)中的表达。采用TCGA数据库中配对组织的差异分析检测模型基因在肺腺癌及正常肺组织的差异表达。使用Kaplan-Meier生存曲线及ROC曲线对模型效能进行评估。通过热图分析不同风险组的临床特征,并结合其他临床参数进行单因素和多因素Cox回归分析对风险模型的独立预后性进行检验。结果 19个m6A甲基化调控因子在肺腺癌和正常组织中显著差异表达。单因素Cox回归分析发现4个肺腺癌生存显著相关的m6A调控因子(P＜0.01),进一步采用Lasso回归联合Cox回归算法构建了包含2个基因(IGF2BP1、HNRNPC)的预后风险模型。qRT-PCR结果显示HNRNPC和IGF2BP1相对表达量在肺腺癌细胞株A549、H1299和PC-9中高于正常肺上皮细胞REAS-2B,差异具有统计学意义(P＜0.01)。TCGA数据库的59对肺腺癌及相邻的正常肺组织的匹配差异分析发现HNRNPC和IGF2BP1在肺腺癌中表达高于正常肺组织,差异具有统计学意义(P＜0.001)。生存曲线分析显示相比低风险组患者,高风险患者总体生存期明显降低(P＜0.01)。ROC曲线结果表明模型可以较好地预测肺腺癌患者预后(AUC=0.724)。多因素Cox回归分析显示该预后风险模型可作为独立预后因素(HR=2.357,P＜0.001)对肺腺癌患者的预后进行预测。结论 本研究构建了基于m6A甲基化调控因子的预后风险评估模型,且该模型具有较好的预测能力,对制定合理及有效的个体化治疗方案具有潜在的参考价值。     

“7S"管理在急诊检验管理中的应用

摘要:目的探讨“7S" 管理在急诊检验日常管理工作中的应用成效。方法经风险评估发现隐患,成立急诊检验“7S”管理小组,对参与急诊检验的全体员工进行“7S"管理理念的宣教,并制定实施方案,组织实施,经6个月运行后评估实施效果。结果实施“7S”管理后，实验室环境显著改善,养成物品归位意识的职工由62.5%增至81.3%;检验报告召回率由实施前0.11%降至0.011%(P<0.05);病房急诊标本实验室内周转时间(TAT)符合率由85.4%提高到96.3%(P<0.05);特殊时段(早上5点至8点)病房急诊凝血和心梗项目TAT Po分别缩短9 min、11 min,TAT符合率分别由82.1%. 88.9%提高到92.2%. 97.6%,差异有统计学意义(P<0.05),干化学和血常规项目TAT Po0分别缩短26 min、6min,TAT符合率分别由94.3%、84.7%提高到96.8%、89.7%,差异无统计学意义(P>0.05);门急诊标本凝血和血常规项目TAT P分别缩短4 min .9 min,TAT符合率分别由83.6%、85.8%提高到94.5%、95.8%,差异有统计学意义(P<0.05),干化学和心梗项目TAT符合率分别由90.4% 88.0%提高到96.8%、95.6%,差异有统计学意义(P<0.05);急诊标本TAT缩短且维持效果良好。结论将“7S" 管理法应用于急诊实验室管理,能改善实验室环境、提高急诊工作质量、缩短TAT、降低成本,进而提升科室形象，值得推广。     

活化特异结核感染T淋巴细胞斑点法在获得性免疫缺陷综合征潜伏结核感染诊断中的应用

目的:了解上海市公共卫生临床中心潜伏性结核感染(LTBI)比例,评价活化特异结核感染T淋巴细胞斑点试验(TSPOT.TB)筛查人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者/获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患者、结核病患者、其他疾病就诊患者LTBI的可行性。方法:上海市公共卫生临床中心自2012年7月至2015年12月以来收治7 482例患者,其中HIV感染者/AIDS患者1 837例、结核病患者1 689例、其他疾病就诊患者3 956例,分别进行TSPOT.TB,筛查可能的LTBI者,并采用结核分枝杆菌涂片实验和X射线胸部透视(胸透)进一步证实。结果:HIV感染者/AIDS患者、结核病患者和其他疾病就诊患者中TSPOT.TB阳性者分别为301例(16.39%)、928例(54.94%)和1 509例(38.14%),并且结核分枝杆菌涂片实验结果均为阴性,而且经胸透结果证实。结论:活化特异TSPOT.TB筛查HIV感染者/AIDS患者、结核病患者、其他疾病就诊患者LTBI的方法可行,并且对HIV感染者/AIDS患者开展LTBI的检测非常重要。     

乙型肝炎病毒耐药突变的焦磷酸测序与Sanger双脱氧链终止法检测试剂的比对及临床应用

目的:将检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)耐药突变位点的焦磷酸测序检测试剂与Sanger双脱氧链终止法(Sanger测序法,简称Sanger法)检测试剂进行临床比对,为临床诊断和个体化治疗提供参考。方法:分别用研制的焦磷酸测序检测试剂与Sanger法检测试剂检测415份临床慢性乙型肝炎(乙肝)患者的血清样本及30例对照血清样本,并与Sanger法检测试剂比对,计算焦磷酸测序检测试剂的特异度、灵敏度及总符合率,计算Kappa值,比较2种试剂检测结果的一致性。结果:与经典的Sanger法检测试剂比对,焦磷酸测序检测试剂的特异度为100%,灵敏度为99.82%,一致率为99.86%,受试者工作特征曲线下面积为0.999 4,两者间具有较强的一致性。结论:焦磷酸测序检测试剂适合于临床对HBV样本进行耐药性诊断,其特异度、灵敏度与Sanger测序法一致性较强,且具有检测速度快、操作方便、测序成本低等优点,能更快地对临床乙肝患者提供用药指导建议,具有良好的临床应用前景。     

STC1诱导上皮-间质转化促进肺癌细胞的侵袭和迁移

背景与目的：斯钙素1（stanniocalcin 1,STC1）与癌症的发展和不良预后相关,但STC1对肺癌细胞转移的影响及其作用机制目前还未完全阐明。探讨STC1对肺癌细胞侵袭和迁移的影响及其可能的内在分子机制。方法：构建STC1过表达的细胞系HLEC-STC1及对照细胞系HLEC-EV,STC1沉默的细胞系A549-STC1 siRNA及对照细胞系A549-EV;采用Transwell和划痕实验检测细胞的侵袭和迁移能力;采用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR）和蛋白质印迹法（Western blot）检测上皮-间质转化（epithelial-mesenchymal transition,EMT）标志物的mRNA和蛋白质水平变化;并使用细胞免疫荧光技术进一步验证细胞EMT标志物的表达和定位;采用Western blot检测EMT相关信号通路蛋白和转录因子的水平。结果：与对照细胞相比,过表达STC1的HLEC-STC1细胞的侵袭和迁移能力增强,STC1沉默的A549-STC1 siRNA细胞的侵袭和迁移能力减弱（P＜0.05）;过表达STC1的HLEC-STC1细胞中上皮标志物上皮型钙黏蛋白（E-cadherin）的表达下调,间质标志物神经型钙黏蛋白（N-cadherin）、波形蛋白（vimentin）及肿瘤干细胞标志物上皮细胞黏附分子（epithelial cell adhesion molecule,EpCAM）表达上调（P＜0.05）;低表达STC1的A549-STC1 siRNA细胞中E-cadherin的表达上调,N-cadherin、vimentin及EpCAM的表达下调（P＜0.05）;同时,HLEC-STC1细胞中细胞外调节蛋白激酶信号通路（extracellular signal-regulated protein kinase,ERK）及Wnt/β-连环蛋白（β-catenin）信号通路激活相关的磷酸化（p）-ERK和β-catenin的水平升高,转录因子E盒结合锌指蛋白1（zinc finger E-box-binding homeobox 1,ZEB1）和锌指转录因子1（Snail1）的表达水平上调,A549-STC1 siRNA细胞中的结果则相反（P＜0.05）。结论：STC1可能通过激活ERK和Wnt/β-catenin信号通路上调转录因子ZEB1和Snail1的表达水平,从而诱导EMT促进肺癌细胞的侵袭和迁移。