云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

目的 对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征。方法 采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建。结果 病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11 586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征。系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East, Central and South African Lineage, ECSA)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系。YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24%~99.96%,氨基酸同源性为95.34%~99.97%,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点。结论 云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究。     

奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基...     

云南省境外输入新冠病毒感染者中呼吸道病原体混合检出情况分析

目的了解云南省境外输入新冠病毒感染者中新型冠状病毒与常见呼吸道病原体的混合检出情况, 为新冠疫情中多重感染的治疗和应对提供科学依据。方法随机选取采样日期从2021年4月18日至2022年4月24日的云南省境外输入新冠病毒感染者标本74份, 使用呼吸道病原体微流体芯片技术(TaqMan array cards, TAC)对41种常见的呼吸道病原体进行筛查。结果 56份检出一种或多种呼吸道病原体, 其中流感嗜血杆菌检出率最高, 不同病原体间的阳性率差异具有统计学意义(x2=235.790, P<0.05)。EB病毒(x2=6.358, P=0.038)和人疱疹病毒6型(x2=5.044, P=0.049)在不同的疾病严重程度分组中检出率差异有统计学意义。肠道病毒(x2=7.843, P=0.041)在不同的年龄分组中检出率差异有统计学意义。结论在本研究中, 75.68%(56/74)的新冠病毒感染者检测到一种或多种呼吸道病原体, 较高的检出率可能归因于年龄组、疾病严重程度、检测方法以及时空差异。     

玉溪市一起人腺病毒感染导致的儿童呼吸道感染暴发疫情调查

目的了解云南省玉溪市一起儿童呼吸道感染暴发疫情的流行病学及病原学特征。方法对此次暴发进行现场调查, 对病例发病过程及流行病学特征进行描述性研究。采集与此次暴发有流行病学相关的住院病例咽拭子样本, 采用实时荧光PCR方法对样本进行腺病毒核酸检测, 并对腺病毒核酸阳性样本进行病毒分离培养, 对分离株进行六邻体基因扩增、测序。结果此次疫情历时11 d, 共出现58例住院患儿, 临床症状以发热、畏寒和扁桃体发炎为主, 在发病前7 d内有某游泳馆暴露史。所采集的20份咽拭子样本腺病毒核酸检测均为阳性, 分离培养得到13株腺病毒毒株。六邻体基因测序得出所测13株腺病毒序列相同, 基因进化树显示这批分离株均为腺病毒B群, 与人腺病毒7型参考株处于同一分支, 同源性为100.00%。结论此次疫情有明显的聚集性和儿童易感性, 引起疫情的病原为腺病毒7型。     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...