单细胞TCR测序分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征

目的：采用单细胞测序的方法,分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征,探讨其可能的发病机制。方法：利用NCBI数据库获得数据,设置对照组、进展组和康复组。使用RStudio、Origin、Hipliot和Excel软件对单细胞测序数据进行分析。结果：TCR在识别抗原和清除病毒的过程中发挥重要作用,免疫组库特征在不同感染时期有很大差异。细胞的克隆数量均超过26.92%。α链CDR3长度分布集中在14个氨基酸上,而β链集中在15个氨基酸上。V和J区基因片段使用频率不同,TRAV13-1、TRAJ20、TRBV20-1、TRBJ2-1等基因的使用频率差异有统计学意义（P<0.05）。进一步V-J基因组合分析显示,对照组和进展组、对照组和康复组的单链V-J对使用频率差异均有统计学意义（P<0.05）。对照组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV19-J34-TRBV4-1-J2-1,进展组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV12-1-J30-TRBV19-1-J2-1,康复组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV12-2-J52-TRBV7-9-J1-5。结...     

单细胞测序分析病毒性肺炎患者T细胞受体基因差异

目的：采用单细胞测序分析病毒性肺炎患者外周血T细胞受体（TCR）基因差异,探讨可能发病机制。方法：利用NCBI数据库获得数据,设置病例组和对照组进行实验。使用RStudio软件R语言分析单细胞测序数据,绘制表格和图片,得出结论。结果：病例组和对照组TCR有显著差异。对TCR α链和β链V、J基因片段使用频率进行分析,其中病例组TRAV1-2、TRAV29/DV5、TRAJ33、TRAJ48、TRBV20-1、TRBV2、TRBJ2-3、TRBJ1-1等基因使用频率明显高于对照组（P<0.05）。进一步V-J基因组合分析显示,病例组α链V-J对使用频率最高的是TRAV1-2-J33,β链V-J使用频率最高的是TRBV20-1-J2-1,αβ双链V-J使用频率最高的是TRAV30-J24-TRBV3-1-J2-7。结论：病毒性肺炎患者外周血TCR基因发生了明显改变,可能与病毒免疫发病机制有关。