HUPAN助力人类基因组研究向人类泛基因组学跨越

近期上海交通大学科研人员成功构建人类泛基因组分析流程的报道受到学术界广泛关注,英文论著原文发表在国际基因组学研究权威刊物《Genome Biology》(基因组生物学)上。不少学者都想了解这是一项什么新技术,特别是从事基础医学研究的科研人员更想了解这项新技术会对人类疾病研究带来什么影响。为了使生物医学领域研究人员对HUPAN开发的生物学意义有更多的了解,作者从泛基因组学分析流程的构建过程、泛基因组学研究需要的硬件条件、已经公布的人类基因组参考序列与泛基因组理念的差别、泛基因组研究将会对人类疾病研究产生的影响等多角度进行述评。     

基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件

提出一个新的宏基因组模拟系统NeSSM (NextGeneration Sequencing Simulator for Metagenomics)。通过结合目前数据库中所有的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组测序数据。为了加快该系统的运行时间,运用了显卡计算(GPU并行化计算),通过并行化运算有效地缩短了程序运行所需时间。目前,NeSSM支持454和Illumina的测序平台。