广州地区HCMV临床病毒株UL137基因的结构特征与多态性

【目的】研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代分离株UL137基因的结构特征与基因多态性。【方法】从62份被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离获得3株低传代临床病毒株，经多重PCR鉴定后分别命名为HCMVD2、D3和D52。对3株临床分离株进行HCMVUL137基因全序列PCR扩增，PCR产物纯化后进行基因克隆，构建HCMVUL137-pMD18-T重组质粒；基因测序；将HCMVUL137基因序列呈报GenBank，并进行基因生物信息学分析。【结果】成功从广州地区新生儿感染HCMV患儿体内分离3株HCMV临床病毒株。克隆测序后呈报GenBank并被收录，收录序列号分别为：DQ180388、DQ180376、DQ180360。通过序列分析，结果显示低传代分离株UL137基因DNA序列高度保守，同源性在96．91％～100％之间．其变异均为碱基替换：编码蛋白均由96个氨基酸残基组成，同源性在90．63％～100％之间，超半数的变异发生在第61～81位氨基酸残基之间：编码蛋白翻译后修饰位点包括PKS、MYS、cAMPs三类，其中4个PKS和44～49位的MYS高度保守，cAMPs位点仅在5株病毒出现；编码蛋白等电点在11．50～12．00之间，呈强碱性。【结论】广州地区临床低传代分离株HCMVUL137基因核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列极为保守，但仍存在-定多态性。提示HCMVUL137ORF可能是-个具有重要功能的基因。     

广州地区HCMV低传代临床病毒株UL143基因的多态性研究

目的研究广州地区人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代分离株UL143基因的多态性。方法对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株进行HCMV UL143基因全序列扩增，扩增产物克隆到pMD18-T载体上测序，并将其序列与GenBank中公布的其它临床分离株UL143基因一起进行分析。结果D3株UL143基因因碱基缺失形成多处终止密码无法产生有功能的蛋白；Toledo株UL143基因开放读码框由279个核苷酸组成．编码蛋白由92个氨基酸残基组成：其它临床分离株UL143基因开放读码框均由252个核苷酸组成。DNA序列比较保守，变异均为碱基替换。编码蛋白由83个氨基酸残基组成，氨基酸序列也很保守，不同临床分离株氨基酸变异率为1．2％-2．4％：HCMV UL143蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株之外的所有分离株中均高度保守．没有缺失或新增；不同临床分离株UL143蛋白二级结构有所不同；除Toledo株外，其余分离株UL143蛋白的等电点均为8．75。结论临床低传代分离株HCMV UL143基因DNA及其编码产物的氨基酸序列极为保守。但仍存在一定多态性。     

广州地区HCMV低传代临床病毒株UL143基因的多态性研究

目的 研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL143基因的多态性.方法 对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株进行HCMV UL143基因全序列扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体上测序,并将其序列与GenBank中公布的其它临床分离株UL143基因一起进行分析.结果 D3株UL143基因因碱基缺失形成多处终止密码无法产生有功能的蛋白:Toledo株UL143基因开放读码框由279个核苷酸组成,编码蛋白由92个氨基酸残基组成;其它临床分离株UL143基因开放读码框均由252个核苷酸组成,DNA序列比较保守,变异均为碱基替换,编码蛋白由83个氨基酸残基组成,氨基酸序列也很保守,不同临床分离株氨基酸变异率为1.2%～2.4%;HCMV UL143蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株之外的所有分离株中均高度保守,没有缺失或新增;不同临床分离株UL143蛋白二级结构有所不同;除Toledo株外,其余分离株UL143蛋白的等电点均为8.75.结论 临床低传代分离株HCMV UL143基因DNA及其编码产物的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.     

广州地区HCMV临床病毒株UL137 基因的结构 特征与多态性

 【目的】 研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV) 临床低传代分离株 UL137 基因的结构特征与基因多态性? 【方法】 从62份被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离获得3株低传代临床病毒株,经多重PCR鉴定后分别命名为HCMV D2?D3和D52?对3株临床分离株进行HCMV UL137基因全序列PCR扩增,PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMV UL137-pMD18-T重组质粒;基因测序;将HCMV UL137基因序列呈报GenBank,并进行基因生物信息学分析?【结果】成功从广州地区新生儿感染HCMV患儿体内分离3株HCMV临床病毒株?克隆测序后呈报GenBank并被收录,收录序列号分别为:DQ180388?DQ180376?DQ180360?通过序列分析,结果显示低传代分离株UL137基因DNA序列高度保守,同源性在96.91%～100%之间,其变异均为碱基替换;编码蛋白均由96个氨基酸残基组成,同源性在90.63%～100%之间,超半数的变异发生在第61～81位氨基酸残基之间;编码蛋白翻译后修饰位点包括PKS?MYS?cAMPs三类,其中4个PKS和44～49位的MYS高度保守,cAMPs位点仅在5株病毒出现;编码蛋白等电点在11.50～12.00之间,呈强碱性?【结论】 广州地区临床低传代分离株HCMV UL137基因核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性?提示HCMV UL137 ORF可能是一个具有重要功能的基因?     

广州地区HCMV临床病毒株UL144 ORF的序列变异研究

目的 研究广州地区先天性感染的人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离病毒株UL144基因序列的多态性,探讨UL144基因在HCMV致病中的作用.方法 对3株经多重PCR鉴定HCMV DNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMV UL144基因全序列PCR扩增,PCR产物克隆到pMD18-T载体上再测序,将其序列与GenBank中公布的其它10株临床分离株UL144基因一起进行分析.结果 本实验克隆并测序了HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株的UL144基因,提交GenBank,已被GenBank收录,序列号分别为DQ180368、DQ180382和DQ180355.HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株的UL144基因均全长531 bp.通过blast分析,从GenBank中找到了10株HCMV病毒株的UL144与D3、D2和D52的UL144基因具有较高的同源性,经过序列的比对,发现UL144基因DNA序列比较保守,只在4处有变异,且变异均为碱基替换,无插入或缺失,编码蛋白由176个氨基酸残基组成,氨基酸序列也比较保守,各分离株中变异率为1.1%;HCMV UL144编码蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均高度保守;所有分离株UL144蛋白的等电点均为8.97.结论 广州地区临床低传代分离株HCMV UL144基因DNA及其编码产物的氨基酸序列是比较保守的,但仍存在一定的多态性.提示UL144基因在先天性感染中可能具有重要作用.     

广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL136基因的序列特征及多态性

目的 研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代株UL136基因的序列特征与基因多态性.方法 从10例广州感染新生儿体内分离获得2株(D2、D3)临床HCMV分离株,经多重PCR鉴定后进行UL136基因全序列扩增.PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMV UL136-pMD18-T重组质粒.经基因测序及应用生物信息学分析方法 ,分析其核酸序列稳定性、编码蛋白质的二级结构与特征.结果 成功分离2株HCMV临床分离株,测序结果 显示,D2、D3及与GenBank中公布的11株临床分离株(4J、51C、39J、33J、63J、22M、10J、32C、29C、27C、Toledo)中,UL136序列高度保守.同源性分析显示在UL136全基因序列1019个核苷酸中,存在30个位点变异,所有的变异均为碱基替换,无插入及缺失突变.编码蛋白的氨基酸序列也高度保守,240个氨基酸残基中,不同临床分离株氨基酸变异率为1.6%～3.7%.不同分离株的UL136蛋白中参与形成二级结构的氨基酸数目及等电点不同.进化树分析结果 显示D2和D3均属于1a群.结论 广州地区临床低传代分离株HCMV UL136基因核苷酸序列及其氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.其基因的稳定性提示HCMV UL136开放阅读框(ORF)可能是一个具有重要功能的基因.其编码后修饰位点提示UL136可能与膜受体介导的细胞信号转导通路有关.     

异基因造血干细胞移植后人巨细胞病毒感染临床毒株UL54基因的克隆及序列分析

目的研究异基因造血干细胞移植(Allo HSCT)后感染人巨细胞病毒(HCMV)临床病毒株UL54基因的克隆与鉴定.方法从异基因造血干细胞移植后感染HCMV的患者体内分离出HCMV临床毒株,根据GenBank提供的实验室标准病毒株HCMV AD169 UL54基因DNA全序列及有关文献,从该临床毒株DNA中扩增分离出UL54基因片段,并克隆入pEGM3Z载体.对重组体pEGM3Z-UL54进行测序鉴定,并进行初步的序列分析.结果从临床病毒株中扩增出约3728bp的片段,克隆产物经琼脂糖凝胶电泳及直接测序鉴定,证实为HCMV UL54基因,其序列保守区域与GenBank报道AD169基本一致,但在第519、618、723、910、1188、1641、2070、2278、2279、2442、3140等11个位点发生碱基突变,涉及到编码氨基酸C304R、T760N、Y1047C、R1054K等位点发生改变,其中T760N为UL54保守区域改变. 结论成功克隆出Allo HSCT后感染野生型人巨细胞病毒的UL54基因,初步的序列分析证实其存在11个碱基发生突变,并导致编码产物4个氨基酸位点发生改变.