肿瘤研究中的蛋白质组学研究策略

 众所周知，基因表达调控存在严格的时空特异性，其表达产物mRNA由于存在贮存、转运、降解、翻译调控及产物的翻译后加工，难以准确地反映蛋白质的质与量。恶性肿瘤是由环境与遗传因素相互作用而导致的一种多基因复杂疾病，严重危害人类生命健康。蛋白质组学研究直接从生物功能的执行体——蛋白质人手，能够动态、整体地考察肿瘤发生、发展过程中蛋白质种类、数量的改变，从而能够在整体水平上发掘肿瘤发病机制、肿瘤分类、早期诊断、预后判断的蛋白标志物，并寻求潜在药靶。     

体外无药物选择压力条件下HIV-1耐药基因突变的演变

目的 分离培养体外稳定传代的原代HIV-1耐药毒株,观察失去药物压力下,耐药毒株的体外生长以及主要耐药突变的演化趋势.方法 采集15例服用拉米夫定+司他夫定+萘韦拉平(3TC+D4T+NVP)的HIV-1感染者的外周血单个核细胞(PBMC),用体外共培养的方法从中分离原代HIV-1毒株;RT-PCR扩增耐药毒株历代培养上清的HIV-1 pol区基因并测序,在Stanford HIV Drug Resistance Database数据库进行耐药性分析.结果 15例患者中病毒载量>1000拷贝/ml的有8例,均成功分离出稳定传代的原代毒株,其中2株为耐药毒株,所携带的主要耐药突变分别是K103N/K238T和M184V/K103N/Y181C/H221Y,分别对NVP和3TC/NVP高度耐药;无药物压力的体外培养过程中,M184V、K103N、Y181C和H221Y等耐药突变可以稳定传代,但是K238T发生了回复突变.结论 分离出2株稳定传代的HIV-1耐药毒株,无药物压力情况下,携带K103N突变的毒株具有较好的复制适应性,可稳定传代;携带M184V和K103N/Y181C/H221Y的毒株也能够稳定复制;本研究中发现K238T耐药突变在失去药物的条件下稳定性差,提示该位点易发生回复突变.     

HIV-1耐药突变及突变型

目前已有25个治疗HIV-1的抗逆转录病毒药物(ARV)批准上市:9个核苷类逆转录酶抑制剂(NRTI),4个非核苷类逆转录酶抑制荆(NNRTI),9个蛋白酶抑制剂(PI),1个融合抑制剂,1个CCR5抑制剂,1个整合酶抑制剂.首个CCR5抑制剂和整合酶抑制剂于2007年批准,有的将融合抑制剂、CCR5抑制剂和整合酶抑制剂统称为侵入抑制剂(EI).     

两种HIV-1耐药准种分析方法的比较

目的比较两种HIV-1耐药准种分析方法 ---克隆PCR产物测序法和单基因扩增法（单基因组测序法,single-genome sequencing,SGS）。方法以本室贮存的某接受高效抗逆转录病毒治疗（highly active antiretroviraltherapy,HAART）的艾滋病患者的外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cells,PBMCs）为样本,分别用克隆PCR产物序列测定法和SGS方法得到HIV-1pol区准种序列,对准种序列进行离散率、耐药相关突变组合构成比等分析。结果克隆方法得到19条pol区序列,SGS方法得到18条pol区序列。对两种方法的核苷酸和蛋白质序列的平均离散率进行成对样本均值分析,采用t检验,P值（单尾）为0.311,差异没有显著性意义;两种方法检测出各种突变组合构成比的2检验结果 ,P〉0.25,差异也没有显著性意义。但是,准种中占较少比例的突变模式在两种方法检测的结果不一致,如T215Y/K103N/Y181C/H221Y以及M41L/F116L/T215Y/K103N/Y181C/H221Y两种突变组合模式只在克隆方法中检测到,而携带M41L/A62V/T69Si/T215Y/A98G/K103N/Y181C以及K103N突变的两种毒株仅在SGS方法中出现。结论两种分析HIV-1耐药突变准种方法检测该例样本的核苷酸序列和蛋白质准种序列无显著性差异,检出的主要突变组合的构成比也无显著性差异,对优势准种的检测中两种方法差异不大,但在劣势准种的检测中两种方法有一定差异。