藏汉民族线粒体基因组全序列的比较研究

目的 以藏汉民族线粒体基因组全序列为基础,进行Haplogroup构建和系统发生分析,在全序列水平上比较核苷酸的变异,阐释可能的变异机制和蕴含的生物学意义.方法 采用Applied Biosystems 3730DNA自动测序仪分别对40名藏族和50名汉族的标本进行线粒体DNA序列测定,应用phredPhrap 16.0软件进行全序列拼接,并以rCRS(revised Cambridge Reference Sequence)为标准与测定序列进行比对分析;根据MTTO-MAP的标准,通过Network方法进行Haplogroup构建和系统发生的分析,并结合其它方法对产生的数据进行深入解读.结果 数据分析结果显示:在系统发生上,藏汉民族90个线粒体DNA序列归类到13个Haplogroups,除M9以外,其它各Haplogroup出现频率之间比较差异无统计学意义;通过两个民族的线粒体DNA全序列比对,发现21个分布频率有统计学意义的变异位点,其中的5个为新变异位点;另外,对D-Loop区的5个突变位点进行了单倍型构建,90个标本可分为2种Supertype,发现在藏汉民族之间Supertypel和Supertype 2的分布频率均有统计学意义.结论 藏汉民族在种族起源和系统发生上具有较近的母系遗传关系;在全序列有统计学意义的位点究竟是适应性或者中性选择,抑或是一种病理性突变尚需深入的探讨.     

沙门菌Ⅲ型分泌蛋白融合HBx抗原介导的T细胞免疫效果观察

目的检测沙门菌减毒株作为载体，Ⅲ型分泌系统（typemsecretionsystem，TrSS）效应蛋白．肿瘤抗原融合蛋白激发机体产生T细胞免疫反应的能力。方法重组原核表达质粒，表达Ⅲ型分泌蛋白SspH2和肿瘤抗原HBx融合分子，转化鼠伤寒沙门菌减毒株SL3261，口饲免疫小鼠。通过检测免疫小鼠脾细胞乳酸脱氢酶（LDH）释放确定疫苗激发CTL作用；利用ELISPOT方法检测免疫小鼠脾淋巴细胞释放IFN-γ能力；腋下接种稳定表达HBx的B16细胞，观察免疫小鼠肿瘤的体积及重量，检测该疫苗的免疫保护效果。结果通过LDH释放试验发现，经细菌体内表达及投递SspH2．HBx融合蛋白诱发后，小鼠脾淋巴细胞具有特异的CTL反应活性；ELISPOT结果显示细菌表达、投递SspH2-HBx蛋白具有特异诱发淋巴细胞分泌IFN-γ活性；肿瘤接种试验进一步证实这种基于11筠的肿瘤疫苗可以特异抑制肿瘤的生长。结论以沙门菌减毒株作为载体、Ⅲ型分泌蛋白SspH2作为底物融合肿瘤抗原HBx能够激发显著的T细胞免疫反应、产生一定的免疫保护作用；这种基于沙门菌TTSS的疫苗具有一定的开发、应用前景。     

基于多因子降维法的子痫前期易感基因-基因交互作用研究

目的:了解子痫前期(PE)易感基因多态性(SNP)在中国人群中的分布特点,探讨SNP与PE遗传易感性之间的关系;应用多因子降维法(MDR)分析SNPs的交互作用,以期建立PE的多基因预测模型用于疾病风险的评估。方法:收集深圳地区中国汉族PE患者156例与正常妊娠妇女286例,Snap Shot技术进行基因型鉴定,用卡方检验进行单位点关联分析,MDR法分析基因-基因交互作用;并构建多位点logistic模型。结果:(1)经Buffarrony校正后,e NOS基因rs2070744等位基因频率分布在中国汉族人群中有统计学差异,PE组"C"等位基因频率明显高于对照组(C vs T:χ~2=8.852,P=0.003)。(2)中国汉族人群中暂未发现rs1800580、rs5742620、rs6020、rs1799963、rs1799889、rs4986791、rs4986790、rs268位点存在多态性。(3)最佳交互作用模型包含EPAP2(rs2549782)、GSTP1(rs1695)、AGT(rs4762)、IL-10(rs1800896)、APOE(rs7412)和TNF-alpha(rs1800629、rs1799724)。训练样本准确率为0.7294,验证样本准确率为0.5853,交叉验证一致性为10/10(P=0.001)。(4)基于MDR结果构建的logistic回归模型结果显示,rs1800896、rs1799724、rs2070744、rs4762及rs7412位点有统计学意义。结论:中国汉族人群PE风险遗传因素具有人种特异性;MDR方法是对PE的多因素效应估计的新尝试,6个PE易感基因存在交互作用,可能对中国人群PE的发病起重要作用。     

沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的比较基因组分析

目的研究沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的分布和进化。方法利用序列比对检测yiiG分布,通过比较基因组学和进化树重建分析基因进化史。结合RNA-seq数据,分析yiiG和其他沙门氏菌毒性基因表达相关性。生物信息预测Yii G蛋白是否含有公认的Ⅲ型分泌系统(T3SS)分泌信号。结果 yiiG在S.enterica种内enterica亚种高度保守,在其他亚种多变;S.bongori种内无分布。在沙门氏菌外其他菌属中,仅在部分志贺氏菌和大肠杆菌中有yiiG分布。所有yiiG所在基因组近邻区域位置保守。S.enterica种内enterica亚种的大量血清型中,yiiG基因上游存在一个head-to-head排列的高同源未注释基因(yiiGRrc)。RNA-seq数据分析揭示yiiG在细菌侵染环境刺激下表达、表达水平和T3SS相关毒性基因高度相关。各种新效应蛋白预测软件分析提示Yii G具有T3SS分泌/转运信号。结论 yiiG基因座为一个古老、遗传重组活跃的热点区域;yiiG与沙门氏菌毒性高度相关;另外,新鉴定的yiiG密切相关基因yiiGRrc,为进一步理解yiiG基因家族及其功能分化研究奠定基础。     

一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法

目的建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法,了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段,每一个片段自体比对,利用Pip Maker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案-成簇重复序列预测器(CRpred)对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描,总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明,这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外,沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法,为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)、数目可变串联重复序列(VNTR)以及其他重复序列相关研究提供支持。