巨噬细胞内连续传代诱导鼠疫耶尔森菌表型变化的研究

目的:研究鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)在巨噬细胞内连续传代诱导后的表型变化情况。方法:布氏田鼠型鼠疫菌201株在小鼠巨噬细胞Raw264.7中连续传代50次后,获得诱导株(201-MI)。通过巨噬细胞内生存能力、生长曲线测定、生物膜形成能力、酸生存能力、过氧化氢生存能力、对Raw264.7及HeLa细胞的毒力以及小鼠攻毒等实...     

基于宏基因组测序的细菌株水平研究进展

宏基因组指样本中全部生物遗传物质的集合。目前,细菌的宏基因组学研究主要包含群落组成结构、遗传多样性以及重要功能基因谱等内容,相关分析通常基于细菌的属或种水平开展。随着高通量测序技术和生物信息学分析技术的发展,宏基因组研究已初步达到细菌株水平解析度,为推断细菌生态和进化规律等提供了新的工具和科学认识。本研究从遗传多样性、疫情暴发溯源研究以及重要功能基因谱3个方面,对基于宏基因组测序的细菌株水平研究进展进行了总结,以期为该技术的发展应用提供参考。     

1994年印度苏拉特鼠疫暴发的回顾性基因溯源研究

目的 明确1994年苏拉特鼠疫疫情中分离的鼠疫耶尔森菌系统发育地位及基因组特征,为进一步研究此次疫情暴发的起因提供线索.方法 利用比较基因组学方法,将已发表的两株苏拉特暴发株基因组与366个鼠疫全球代表菌株的基因组进行变异鉴定和系统发育重建,并对苏拉特菌株的基因组特征进行解析.结果 苏拉特鼠疫菌很可能是20世纪广泛使用的鼠疫减毒活疫苗株EV76的后代.但两株苏拉特基因组中均存在长度为102 kb的毒力岛(称作pgm位点),该毒力岛在其他已知的EV76疫苗及实验室保藏株中缺失.结论 引发1994年苏拉特疫情的菌株属于鼠疫菌EV76种系,其引发疫情的能力可能与携带pgm位点有关.     

pre-CTXφ噬菌体在霍乱弧菌基因组中的遗传多样性研究

溶原性噬菌体CTXφ携带的ctxAB基因是霍乱弧菌产毒株最主要的毒力基因,而pre-CTXφ作为CTXφ的前体,缺失ctxAB基因编码序列。基因组中整合了pre-CTXφ噬菌体的霍乱弧菌非产毒株,可通过其携带的zot和ace基因,引起患者轻度至中度的霍乱样腹泻症状,存在公共卫生风险。本研究收集了公开发表的1 649株霍乱弧菌草图序列和43株完成图序列,使用比较基因组学和群体遗传学方法,对上述霍乱弧菌数据集进行综合分析,结果表明：不同谱系霍乱弧菌基因组中pre-CTXφ的拷贝数存在差异;其中L3b.4菌株中pre-CTXφ拷贝数呈现随分离年份增加的趋势。L2、L4、L7和L3b谱系存在pre-CTXφ与CTXφ共整合的现象,并发现pre-CTXφ位于pre-CTXφ/CTXφ噬菌体家族系统发育树的祖先位置。这些发现进一步丰富了对霍乱弧菌基因组中pre-CTXφ/CTXφ噬菌体家族遗传多样性的认识,为阐明其整合机制和进化规律提供了必要基础,并为携带此类噬菌体霍乱弧菌的检测及防控提供借鉴。