基于次生特征提取方法预测蛋白质同源寡聚体

寡聚蛋白质相对于单体蛋白质具有许多优势,广泛地参与多种生命活动。本文提出次生特征提取方法,使用支持向量机作为分类器,采用"一对一"的多类分类策略,基于蛋白质一级序列提取特征方法,对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明,在Jackknife检验下,基于次生特征和氨基酸组成成分特征构成的特征集,加权情况下,其总分类精度最高达到了78.41%,比氨基酸组成成分特征提高13.09%,比参考文献最好特征集BG提高了6.86%,比最好原生特征集CM1提高了5.53%。此结果说明次生特征提取方法对于蛋白质同源寡聚体分类是一种非常有效的特征提取方法。