基因芯片技术在卵巢癌化疗疗效相关基因筛选中的应用

卵巢癌是妇科常见恶性肿瘤,其发病率居第3位,而病死率高居第1位[1].手术后辅助化疗是治疗卵巢癌的主要手段,患者的预后很大程度上取决于对化疗的反应,但由于化疗耐药的出现,半数以上的患者化疗后疗效不佳.目前,还没有有效的手段预测化疗的效果.基因芯片技术的发展为人类从基因的角度,全面研究和分析化疗疗效相关基因提供了条件.本研究采用基因芯片技术对133例原发性卵巢癌患者进行化疗疗效相关基因的筛选,为卵巢癌患者的个体化治疗提供理论依据.     

基于统计独立性度量方法的大肠杆菌基因调控网络结构辨识

生物学探究的基因关联是类似于因果关系的本质联系,要解决的关键问题是寻找一种可以描述本质联系的方法.针对Dialogue for Reverse Engineering Assessments and Methods第3次竞赛项目(DREAM3)中的大肠杆菌(E.coli)基因调控网络结构辨识问题,提出一种基于再生核希尔伯特空间(RKHS)的统计独立性度量方法——Hilbert-Schmidt独立性准则(HSIC).此方法是一种基于分布的非参数独立性度量方法,并不要求数据符合某种特定分布,不以分类率、模型简单度等外部条件作为约束条件,同时非参数定量地描述变量之间的联系程度.对大肠杆菌基因表达数据的实验结果显示,尽管数据集中的时间序列数据样本很小,并且只提供了较弱的和类型复杂的调控信息,但HSIC方法仍能较好地辨识出这种较为隐含且复杂的调控关系.对比计算显示,在3种数据规模下,采用HSIC方法辨识结果的AUROC值高于Granger Causality(GC)方法23个百分点,高于参与此竞赛的第1名3.9个百分点,而且在计算效率上亦高出其所使用的微分方程法3个数量级.     

低温等离子消融致细胞及蛋白裂解机制的实验研究

低温等离子消融过程细胞、蛋白裂解机制还没有完全被阐明,为此以标准蛋白质溶液和培养细胞为实验材料,应用SDS-PAGE电泳以及流式细胞仪,结合PI荧光染色的方法,对低温等离子手术系统消融过程中等离子产生的电学参数(电场强度、脉冲频率、脉宽等)与细胞和蛋白裂解机制进行实验研究。结果表明:低温等离子对蛋白质起到打断成小分子量片段的作用,呈现电压越高、作用时间越久,打断成的小分子量片段越多的趋势;同时等离子破坏生物组织细胞的细胞膜结构,造成细胞裂解、死亡,且电压越高、作用时间越久,死亡组织细胞比例越高,从11.0%增加至21.3%,细胞裂解越多。低温等离子手术系统刀头产生的高能等离子体撞击细胞及蛋白质,使细胞膜裂解致细胞死亡,蛋白质被打断成小分子量片段,细胞及蛋白裂解程度与电场强度、脉冲频率、脉宽等电学参数相关。