新型冠状病毒肺炎病例血清中和抗体动态变化及影响因素

目的:了解新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)确诊病例血清抗新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus, 2019-nCoV)中和抗体动态变化规律及可能的影响因素。方法:采用微量中和试验检测COVID-19确诊病例血清中和抗体,采用Excel 2007...     

新型冠状病毒中和抗体检测方法的建立与应用

目的 建立基于微量细胞中和试验（MRNT）的血清抗新型冠状病毒（SARS-CoV-2）中和抗体的检测方法,并应用于检测新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例的血清抗SARS-CoV-2中和抗体水平。方法 用Vero细胞和已知滴度的SARS-CoV-2毒株对待测血清进行基于MRNT的中和抗体检测,对中和反应作用时间、Vero细胞代次等影响试验的关键因素进行验证,并用建立的方法重复4次检测8份血清样品的中和抗体效价,计算变异系数（CV）,验证方法的重复性;用建立的方法检测165份COVID-19病例血清样本的中和抗体水平并进行分析;采用磁微粒化学发光免疫分析法（CMIA）检测其中55份感染3～4周的血清样本,并与建立方法的结果比对,分析两者的分布情况及相关性。结果不同中和反应作用时间（1.0 h、1.5 h、2.0 h）及不同代次（5代、10代、15代）Vero细胞测得血清样本的中和抗体效价相同;8份血清样本重复检测4次结果的CV为0.0%～14.2%,差异无统计学意义（F=0.508,P>0.05）,表明重复性良好;建立的方法测得165份血清阳性率98.18%,中和抗体效价分布范...     

2010-2020年河南省手足口病流行病学及病原学特征

目的 掌握2010-2020河南省手足口病流行病学和病原学特征,为制定更加科学、有效的手足口病防控策略提供依据。方法 通过“中国疾病预防控制中心传染病报告信息管理系统”选取河南省2010-2020年所有手足口病报告信息,采用描述性流行病学方法分析其流行病学及病原学特征。结果 2010-2020年河南省共报告手足口病病例908 581例,年均报告发病率为87.14/10万;累计报告重症病例数31 901例,重症比例为3.51%;累计报告死亡病例187例,重症病例病死率为0.59%。发病时间呈现单峰模式,流行季节为4-7月;男女比例为1.58∶1,发病年龄集中在5岁以下(95.85%),以散居儿童和幼托儿童居多(97.84%)。年均发病率前3个市为济源市、焦作市和濮阳市,分别为257.17/10万、126.57/10万和123.84/10万。病原学监测结果显示,优势病原EV71构成比由2010年的69.84%下降到2020年的11.10%,其他肠道病毒由2010年的24.65%上升到2020年的85.04%,CA16由2010年的5.51%上升到2019年的34.94%(经趋势性χ     

一起新型冠状病毒暴发疫情的基因组特征与溯源分析

目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本,应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对...     

河南省首起奥密克戎COVID-19疫情全基因组特征与溯源分析

目的对河南省首起本土奥密克戎COVID-19确诊病例的呼吸道标本进行SARS-CoV-2全基因组测序, 分析基因组突变及分子溯源情况。方法采用全基因组测序技术对2022年1月7日—1月29日疫情相关的COVID-19病例阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析, 分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果通过SARS-CoV-2基因组高通量测序, 共获得120例病例的SARS-CoV-2全基因组序列, 占安阳COVID-19疫情总病例数的25.64%(120/468)。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 120例病例的全基因组序列存在57～59个核苷酸突变位点, 在共享57个核苷酸位点的基础上增加1～2个核苷酸突变位点, 均属于VOC/Omicron变异株(BA.1.1进化分支), 基因组序列高度同源。其中, 首发病例A全基因组序列含有57个核苷酸突变位点, 首发病例B全基因组序列在含有57个相同的核苷酸突变位点基础上, 增加1个特有变异位点(C1594T), 提示二者为同一传播链。经中国疾病预防控制中心和河南省疾病预防控制中心与国内本土病例和输入病例...     

河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析

目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench 20软件进行变异分析,应用进化分析在线平台,采用邻近法构建系统发育进化树。结果:共获得85株病毒,其中非关切变异株(VOC)、Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株占比分别为4.71%、10.59%、2.35%、76.47%和5.88%,未发现Gamma变异株输入。非VOC、Alpha、Beta、Delta和Omicron病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为59、77、36、288、72个和40、46、20、171、50个。85株均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸突变和P4715L、D614G氨基酸突变。系统发育树显示,85株具有基因型多样性,各VOC型病毒株序列形成不同的进化分支,Delta病毒株可形成多种类型的亚分支,且入境来源具有明显的地域性。结论:202...     

CVA6高通量测序方法的建立及应用

目的 建立柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CVA6）基于多重PCR扩增的高通量测序方法，并应用于CVA6的基因进化研究。方法 利用PRIMER5.0设计7对CVA6型特异性引物，在同一体系构建并优化多重PCR高通量测序方法，并应用该方法对河南省39份CVA6标本开展基因测序，分析核苷酸氨基酸同源性和构建系统进化树。结果本研究成功建立基于多重PCR的CVA6高通量测序方法，基因特征分析表明此次河南省检出的CVA6流行亚型为D3a亚型，与山东、湖南、浙江、云南、辽宁、江西等地区的毒株亲缘关系较近。结论 本研究建立CVA6的高通量测序方法特异性强，扩增效率高，为CVA6型基因型遗传特征和变异规律提供了技术支持，可应用于CVA6的同源性分析及基因进化研究分析。