全基因组与外显子组测序的应用评估

随着新一代测序技术的不断成熟完善,人类基因组和外显子组测序得到了迅猛发展。测序技术的高通量性致使测序价格越来越低廉,使全基因组和外显子组测序真正用于临床诊断成为现实。作为医学预测和个体化医疗的重要工具之一,全基因组和外显子组测序应用范围广泛,该文针对其在遗传性疾病基因变异中的诊断进行讨论,同时为临床医生如何申请测序,测序报告解释,以及如何与患者沟通检测结果提供了新视角。     

江西地区儿童感染的乙型肝炎病毒"a"抗原变异分析

目的:初步分析江西省乙型肝炎疫苗免疫儿童感染的乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)"a"抗原决定簇的变异。方法:收集在江西省儿童医院就医的13 117名乙肝疫苗免疫儿童(7.39±3.66岁)血清标本,酶联免疫吸附方法检测HBV-M,抽提HBV表面抗原(HBsAg)阳性血清标本中的HBV DNA,扩增HBV S基因,PCR产物测序并与标准序列对比,分析"a"抗原决定簇的变异与血清型;利用在线Genotyping软件对儿童感染的HBV进行分型。同时用荧光定量PCR检测血清HBV DNA含量。结果:从13 117份血清样品中,检测出HBsAg阳性标本230份(1.75%),扩增HBV S基因并成功测序118份。检测出24份标本有"a"抗原决定簇变异(变异率20.34%),"a"抗原决定簇两茎环间的变异率和男女儿童感染的HBV"a"抗原决定簇的变异率无显著性差异。Q129H、G145A突变后,血清HBV DNA水平较未变异株降低(P<0.05)其他各组则无显著变化。118份测序标本利用Genotyping比对后,112份属于B型,其中adw血清型105份,ayw血清型7份;6份属于C型,均为adr血清型。结论:在江西省乙肝疫苗免疫儿童人群检测出"a"抗原决定簇变异的HBV感染,未发现有明显优势的变异株类型。HBV"a"抗原决定簇区突变对血清HBV DNA含量有一定的影响。     

儿童感染的乙型肝炎病毒S基因的分子特征

目的初步调查儿童感染的乙型肝炎病毒表面抗原的基因特征。方法收集10名HBV感染的儿童血清标本,抽提血清中的HBV DNA,采用PCR扩增HBV S基因并测序,利用Genotyping软件对PCR产物序列进行分型,并分析HBV S基因的突变情况。结果 10份血清标本中,扩增出HBV S基因并成功测序6份,其余4份扩增阴性不满足测序要求。6份PCR产物所测序列标本经Genotyping比对后,均属于B型,与NCBI收录的参考序列AF100309同源性最高;5例是adw,1例是ayw。HBV S基因中编码a抗原决定簇的核苷酸序列突变点分别为G529A、T531C、C534A、T562A、T581A、A589C。编码a抗原决定簇的氨基酸序列突变点分别为I126T、P127T、S143T、G145A。核苷酸突变点G529A、T562A不引起编码a抗原决定簇的氨基酸序列突变,为无义突变。而其他4点突变均可引起编码a抗原决定簇相应氨基酸序列发生改变。结论所调查儿童主要感染B基因型HBV;其感染的HBV S抗原a决定簇的氨基酸序列出现I126T、P127T、S143T、G145A的突变,可能是逃避乙肝疫苗诱导的免疫保护的一种...     

CVB3损伤Hela细胞高尔基体结构的机制研究

摘要：目的 研究CVB3损伤Hela细胞高尔基体结构的机制,为进一步探讨CVB3的致病机制奠定基础。方法 采用MOI为5的CVB3感染Hela细胞,免疫荧光双标法检测病毒感染后不同时间点VP1和GM130在细胞中的定位情况,观察细胞高尔基带的变化;同时,选择CVB3感染后不同时间点收集细胞,Bradford法蛋白定量后,Western blot测定VP1、GM130和GRASP65蛋白的表达变化。结果 正常Hela细胞中GM130 和GRASP65免疫荧光呈带状分布,高尔基体结构正常;而CVB3病毒感染Hela细胞3h后,GM130的荧光呈现散点状分布,高尔基体结构损伤。与此同时,GM130和GRASP65蛋白表达量逐渐下降;而VP1蛋白表达量持续上升,且6 h后一直维持在较高水平。结论 CVB3感染引起Hela细胞蛋白GM130和GRASP65表达量下调,导致GM130和GRASP65荧光带弥散,高尔基带断裂,这可能是CVB3感染导致宿主细胞高尔基体结构损伤的机制之一。     

MLPA技术在α-珠蛋白生成障碍性贫血罕见基因型患者及家系分析中的应用

目的 探讨多重连接探针扩增(MLPA)技术在α-珠蛋白生成障碍性贫血(简称地贫)患者罕见基因型及家系分析中的应用价值,为临床检测工作提供帮助.方法 采用血细胞分析仪和血红蛋白电泳技术对患者进行地贫表型分析,运用PCR-反向斑点杂交技术进行常规α-珠蛋白基因和β-珠蛋白基因检测,采用ML-PA技术对α-珠蛋白基因进行检测...     

中枢性性早熟女童维生素D浓度变化的研究

目的探讨中枢性性早熟女童的Vit D浓度变化。方法收集40例中枢性性早熟女童、40例健康对照组女童作为研究对象,运用化学发光法检测两组血清中Vit D的浓度的变化。结果与对照组比较,中枢性性早熟患儿Vit D水平为45.51(35.06,54.24)nmol/L,健康儿童Vit D水平为60.25(52.19,72.95)nmol/L。两组的差别有统计学意义(P0.05)。结论性早熟女童维生素D的水平低于健康女童,提示血清维生素D水平可能对性早熟发病有影响。     

不同浓度Nocodazole对Hela细胞G2/M期同步化的调节作用

目的 观察不同浓度有丝分裂阻滞剂Nocodazole对Hela细胞株G2/M期同步化的调节作用及其对纺锤体结构的影响.方法 分别以3.0、1.0、0.3μmol/L Nocodazole处理Hela细胞(Nocodazole 3.0、1.0、0.3μmol/L处理组)18 h.于Nocodazole撤除后0(处理18 h)、3、6、9 h时间点收集细胞,流式细胞仪检测G2/M期细胞百分比;间接免疫荧光染色激光共聚焦显微镜观察细胞有丝分裂器纺锤体α-微管蛋白(α-tubulin)排列.以不添加Nocodazole处理的Hela细胞作为对照组.结果 Nocodazole处理18 h.Nocodazole 3.0、1.0、0.3μmol/L处理组Hela细胞G2/M期细胞百分比分别为55.95%、51.09%和47.8l%,均显著高于对照组的9.54%(P<0.05).在Nocodazole撤除后3、6、9 h时问点,Nocodazole 3.0μmol/L和1.0μmol/L处理组G2/M期细胞百.分比无明显变化;而Nocodazole 0.3 μmol/L处理组G2/M期细胞百分比下降明显(30.43%、12.91%、10.23%),撤除后6 h时间点的G2/M期细胞百分比与对照组比较差异已无统计学意义(P>0.05).α-tubulin荧光染色激光共聚焦显微镜观察显示,Nocodazole撤除后Nocodazole 0.3μmol/L处理组G2/M期细胞微管迅速再聚合形成两极纺锤体且纺锤丝结构清晰.结论 Nocodazole对Hela细胞G2/M期同步化具有调节作用;药物撤离后,0.3 μmol/L Nocodazole处理组细胞周期恢复迅速且对纺锤体结构影响最小.     

江西地区儿童感染的乙型肝炎病毒基因型分析

初步调查江西地区儿童感染的乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)基因型特征,为诊疗和预防儿童HBV感染提供重要参考。方法收集118例HBV感染的儿童血清标本,抽提血清中的HBV DNA,采用PCR扩增HBV S基因并测序,利用Genotyping软件对PCR产物序列进行分型,并采用Editseq软件、Clustalx(1.83)软件和Mega 4软件绘制S基因HBsAg遗传进化树以鉴定基因亚型。结果 118份HBsAg阳性血清标本中,成功扩增出HBV S基因并测序。所测序列标本经Genotyping比对和HBsAg遗传进化树后,112例为HBV B基因型,占94.92%,都是B2亚型;6例为HBV C基因型,占5.08%,其中4例为C2亚型,2例为C3亚型。结论江西地区儿童感染的HBV以B基因型中B2基因亚型为主,有少量的C基因型(C2基因亚型和C3基因亚型);该地区儿童感染的HBV遗传距离近。更多还原