北京2022年冬奥会与东京2020年奥运会新冠肺炎疫情防控策略对比分析

目的初步对比分析东京2020年奥运会和残奥会(简称"东京奥运会")和北京2022年冬奥会和冬残奥会(简称"北京冬奥会")所采用的新冠疫情防控策略异同, 总结两届奥运会疫情防控经验。方法系统收集北京冬奥会、东京奥运会、国际奥委会、世界卫生组织官方网站资料和学术期刊公开发表数据, 对主办国采取的赛事防控策略和防控效果等进行比较。结果两届奥运会均采用了"闭环管理"或"防疫泡泡", 而北京冬奥会采用全流程闭环管理, 将赛事参与人员与本地人员完全分开。东京奥运会采用唾液抗原初筛加鼻咽拭子PCR核酸复测, 并针对四类赛事参与人员采用不同检测频次;北京冬奥会采用口咽拭子PCR核酸初筛加鼻咽拭子PCR核酸复测, 环内全部人员每日检测。北京冬奥会进一步要求佩戴N95或同等防护水平口罩。北京冬奥会还另外提出完成全程疫苗接种或集中隔离21 d后才可进入闭环。结论北京冬奥会和东京奥运会针对各自情境均取得了良好的防控效果, 可为传染病大流行背景下大型集会筹办工作提供借鉴。     

新型冠状病毒英国变异株的核酸检测试剂有效性和敏感性评估

目的:评估三种商用试剂盒对新型冠状病毒英国B.1.1.7变异株的检测效果。方法:收集2021年1月北京市某区新冠肺炎聚集性疫情期间的10份鉴定为B.1.1.7变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本,同时收集2020年6—12月北京市监测发现的10份鉴定为非变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本做为对照。用三种可检测该变异株的商业化试剂盒分...     

新型冠状病毒巢式PCR检测方法的建立与初步应用

目的:建立一种检测新型冠状病毒的巢式PCR方法,作为实时荧光PCR法检测新型冠状病毒的补充,并探讨该方法在临床样本检测中的初步应用价值。方法:根据新型冠状病毒基因保守序列,利用在线软件设计N、S基因引物,构建巢式PCR反应体系,N基因巢式PCR及产物测序用于定性检测,S基因PCR产物测序用于型别初步鉴定。检测梯度稀释新...     

2021—2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的分析2021—2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒(BV)的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特性、抗原性及与流感疫苗组分株的匹配性。方法采集2021—2022年流感监测季流感样病例(influenza like-illness, ILI)咽拭子样本经MDCK和鸡胚培养分离流感病毒, 提取病毒核酸后测序。应用MEGA5.0进行病毒HA基因的核苷酸和氨基酸变异, 采用maximum likelihood方法构建HA基因的遗传进化树, 在线预测N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模, 建立BV毒株HA的蛋白质三维空间模拟图。通过血凝抑制(hemagglutination inhibition, HI)试验, 进行毒株的抗原性分析。结果共收集402株BV毒株, 选取58株测序获得HA基因全长序列, 与本年度的疫苗组分BV株(B/Washington/02/2019)HA基因相比较显示, 有27个氨基酸位点发生变异, 其中11个变异位点位于4个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示:3个进化分支的毒株共同流行, 其中54株(54/58, 93.10%...     

北京市首起新冠病毒Omicron变异株BA.5引起新冠肺炎聚集性疫情的调查研究

目的对延庆区新冠肺炎聚集性疫情进行流行病学调查和基因测序, 分析病例的感染来源、传播链条、防控措施, 为新冠疫情防控提供参考。方法对病例开展流行病学调查, 应用大数据技术对病例的活动轨迹进行核查, 对风险点位进行调查管控, 判定和管理密切接触者, 并对人员和环境开展核酸检测, 对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测, 对报告的病例进行全基因组测序、比对, 分析感染来源和传播链。结果 2022年7月4日至7月10日, 延庆区聚集性疫情共涉及16例新冠病毒确诊病例(普通型1例、轻型15例), 其中延庆区8例, 顺义区5例, 通州区、昌平区、丰台区各1例, 毒株分型均为新冠病毒Omicron亚型变异毒株BA.5, 潜伏期中位数为3 d。指示病例为1例从美国入境人员, 6月15日至6月30日在上海隔离点隔离, 7月1日隔离期满后返京, 7月4日诊断为确诊病例, 在工作单位传播给同工作、同餐人员引起的聚集性疫情。结论 OmicronBA.5亚分支正成为全球主要流行毒株, 要加强入境人员管理, 做好口岸城市疫情防控工作。加强疫苗接种、核酸检测等常态化防控措施落实, 早期发现疫情后, 采取科学精准的...     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

北京市2021—2022年流行季首起乙型流感疫情的血凝素基因分析

目的:分析2021—2022年流行季北京市首起乙型流感Victoria系（BV）疫情的病毒血凝素（HA）的基因变异和进化特征以及与流感疫苗株的匹配性。方法:采集北京市朝阳区某小学乙型流感疫情流感样病例的咽拭子标本,提取核酸后利用二代测序技术进行测序分析。应用BioEdit分析HA基因的核苷酸和氨基酸变异位点,采用Meg...     

中国首例人感染猕猴α疱疹病毒1型病例的确诊

目的:对发生在中国的首例疑似猕猴α疱疹病毒1型感染者进行实验室确诊。方法:采集疑似感染者的脑脊液进行高通量测序,并采集疑似感染者的脑脊液、痘疱液、鼻咽拭子、结痂涂抹、唾液等标本以及密切接触者的痘疱液、口咽拭子、血清等标本后,利用4套实时定量PCR方法检测猕猴α疱疹病毒1型、水痘-带状疱疹病毒、猴痘病毒和正痘病毒。结果:...     

人感染猕猴α疱疹病毒1型疫情处置与应对专家共识

猕猴α疱疹病毒1型,又称为B病毒,属于疱疹病毒科,a疱疹病毒亚科,单纯疱疹病毒属,是一种在猕猴中广泛流行的疱疹病毒。猕猴是该病毒的天然宿主,人感染后病死率约为80%。2021年4月,我国发现首例人感染猕猴α疱疹病毒1型感染病例,通过开展流行病学调查,对密切接触者采取管理措施,开展实验室检测工作,有效地处置了该起疫情。本...