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目的：研究二代测序技术（NGS）检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法：采用Mi Seq DxTM NGS平台对1 012例样本完成HLA-II类等位基因分型。对质控体系软件提示的疑难样本和HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法或PCR-SBT法进行确认。结果：检出HLA-DRB1、DRB3、DRB4、DRB5、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1等位基因分别有45、7、5、7、17、21、10、27种。常见等位基因（频率>10%）有HLA-DRB1*09:01(17.09%)、15:01(10.72%);DRB3*02:02(25.99%)、03:01(10.18%);DRB4*01:03(36.46%);DRB5*01:01(15.42%);DQA1*01:02(20.01%)、03:02(17.19%);DQB1*03:01(19.47%)、03:03(17.98%)、05:02(11.66... 相似文献
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目的比较早、晚代小鼠胚胎成纤维细胞(Mouse embryonic fibroblasts,MEF)维持人胚胎干细胞(Humanembryonic stem cells,h ESCs)正常生长的能力差异,并从分泌因子角度探讨其机制,为开发基于晚代MEF的h ESCs培养体系奠定基础。方法以P3或P9代MEF为饲养层培养h ESCs;通过添加碱性成纤维细胞生长因子(Basic fibroblastgrowth factor,b FGF)调节MEF分泌因子表达;用β-半乳糖苷酶活性染色检测细胞衰老;用定量RT-PCR检测基因的m RNA表达水平;用ELISA检测TNF-a的分泌量。结果 P3代MEF增殖较快,能维持h ESCs正常增殖,而P9代MEF呈现衰老表型,不能维持h ESCs正常增殖。P9代MEF表达多种分泌因子(Grem1、Tgfb1、Inhba、Bmp4和Tgfb2)及衰老相关分泌表型(Senescence-associated secretory phenotype,SASP)因子(Il-1a和Tnfa)的水平均明显高于P3代MEF。加入b FGF后,P3和P9代MEF的Grem1、Tgfb1和Inhba的表达均明显升高,而Bmp4和Tgfb2表达均下降。结论 P9代MEF保留对b FGF的反应性,但有明显衰老表型及SASP,SASP的出现可能是P9代MEF不能维持h ESCs正常生长的重要原因。 相似文献
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目的：确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针（SSOP）法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法：对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果进一步采用PCR-直接测序分型（SBT）技术和二代测序（NGS）技术复检确认。结果：采用PCR-SSOP方法检出4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常的样本，加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示，样本1的HLA-A分型结果与已知基因型不完全匹配，NGS分析显示，该等位基因与同源性最接近的等位基因A*31:01:02:01在第2外显子154位G>A变异，导致28位编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸（p.Val28Met），样本2的HLA-C结果为C*03:119, 06:02，样本3的HLA-C结果为C*03:03, 07:137，样本4的HLA-B结果为B*55:02,55:12。采用PCR-SSOP方法检出3例模棱两可结果样本，加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示，样本5的HLA-B结果为B*15:58, 38:02，样本6... 相似文献
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目的 研究深圳地区人群乙型肝炎病毒携带者人类白细胞抗原（human leukocyte antigen,HLA）DRB1 的等位
基因多态性分布特征,探讨乙型肝炎病毒携带与HLA-DRB1 等位基因之间的关联性。方法 采用聚合酶链反应- 直接
测序分型技术（PCR-SBT）对163 例深圳地区乙型肝炎病毒携带者（携带组）和314 例健康人群（对照组）进行HLADRB1
等位基因的检测,运用统计学方法比对分析两组人群的基因分型结果。结果 对照组检出的HLA-DRB1 等位基
因有32 种,其中占比大于5% 的基因型有6 种,分别为HLA-DRB1*09:01（16.40%）,12:02（11.15%）,15:01（9.87%）,
08:03（8.91%）,11:01（6.05%）和04:05（5.10%）;携带组中检出的HLA-DRB1 等位基因有28 种,其中占比大于5%
的基因型有6 种,分别为HLA-DRB1*09:01（20.55%）,12:02（14.72%）,15:01（9.20%）,03:01（7.06%）、08:03（5.52%）
和11:01（5.21%）。其中,携带组中HLA-DRB1*03:01 检出率高于对照组,差异有统计学意义（P=0.010）。结论 深
圳地区人群感染乙肝病毒的机会与HLA-DRB1*03:01 呈正相关。 相似文献
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目的确认1例HLA-DQB1新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征。方法应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进行HLA常规检测,发现患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合无完全匹配的基因型。应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对该基因进行确认。结果PCR-SBT提示患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合与已知基因型不完全匹配。NGS分析显示,与同源性最高的等位基因DQB1*03:02相比,该等位基因在第2外显子c.233T>G变异,导致46位编码氨基酸由缬氨酸变为甘氨酸(p.Val46Gly)。家系调查显示患者哥哥HLA-DQB1新等位基因来源于母亲。新等位基因序列已递交给GenBank数据库(MK729743)。结论应用NGS鉴定了1个HLA-DQB1新等位基因,该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DQB1*03:362。 相似文献
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目的人胚胎干细胞(hESCs,human embryonic stem cells)应用广泛,但来源有限。前期检测发现本室培养的H9 hESCs有支原体污染。本研究拟探讨高效支原体杀灭剂plasmocin去除hESCs支原体污染的可能性,及其对hES增殖、分化的影响。方法常规培养hESCs细胞,用切割法进行传代。分别用低(12.5μg/ml)、中(25μg/ml)、高(37.5μg/ml)浓度plasmocin处理hESCs 2～3周,用PCR法检测支原体,用结晶紫染色观察hESCs克隆大小,显微镜下观察hESCs分化状况。结果低、中、高浓度plasmocin处理2周均不能杀灭hESCs的支原体,延长高浓度plasmocin处理时间至3周,亦未能杀灭支原体。实验发现,plasmocin呈剂量依赖性抑制hESCs增殖,且高浓度plasmocin可诱导hESCs分化,而高浓度bFGF(40 ng/ml)则能部分阻断plasmocin抑制增殖和诱导分化的作用。结论plasmocin未能去除hESCs的支原体污染,可能与支原体产生抗药性及hESCs的克隆生长特性有关。 相似文献
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文题释义：人类白细胞抗原B(human leucocyte antigen,HLA-B)：HLA-B属于HLA经典一类分子,位于人类6号染色体短臂,具有高度的基因多态性,其表达的产物分布在几乎所有有核细胞表面,参与抗原提呈和特异性免疫应答反应。
下一代测序技术：一种以“边合成边测序”为核心思想的高通量测序技术,能够在短时间内同时对上百亿碱基进行测序。在人类基因组、转录组、肿瘤等研究领域具有巨大的应用价值。
背景：人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。
目的：采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。
方法：应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。
结果与结论：应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为：第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。
ORCID: 0000-0002-2210-9889(钟艳平)
中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程 相似文献
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