申克孢子丝菌TPS基因生物信息学分析

目的:分析和预测申克孢子丝菌海藻糖磷酸合成酶(TPS)基因及其编码蛋白的生物信息学特征及功能。方法:利用生物信息学软件和网站分析预测申克孢子丝菌TPS基因及其编码蛋白的结构和功能特征。结果:申克孢子丝菌TPS基因全长为2 864 bp,编码905个氨基酸。Target P和MotifScan预测该蛋白定位于胞浆中,具有糖基转移酶、海藻糖磷酸酶两大功能域及丰富的修饰位点,其中磷酸化位点尤为丰富,包含cAMP依赖性磷酸激酶、蛋白激酶C(PKC)和酪氨酸激酶(CK2)磷酸化位点。TPS蛋白是亲水性蛋白,无跨膜结构,未发现信号肽。结论:预测申克孢子丝菌TPS基因编码蛋白位于胞浆中,具有糖基转移酶、海藻糖磷酸酶两大功能域及丰富的修饰位点的结构功能特点,可行相应小分子抑制剂筛选以开发新型抗真菌药物。     

Toll 样受体2和4在抗孢子丝菌早期免疫阶段小鼠皮肤中的表达

目的 探讨小鼠皮肤Toll 样受体（TLR）2和TLR4在抗孢子丝菌早期免疫阶段的表达。 方法 实时荧光定量PCR检测BALB/c小鼠皮肤早期免疫阶段的TLR2和TLR4 mRNA表达水平,同时通过免疫组化检测两者蛋白表达水平。 结果 孢子丝菌分生孢子接种小鼠皮肤后,TLR2 mRNA转录水平在6 h后逐渐升高至对照组的18.8倍,24 h达高峰,为对照组的34倍;TLR4 mRNA转录水平在6 h内达高峰,为对照组的56.7倍,此后逐渐下降。免疫组化结果显示,孢子丝菌处理组小鼠皮肤角质形成细胞及巨噬细胞均可表达TLR2和TLR4蛋白,对照组不表达。血清中白细胞介素12及肿瘤坏死因子α在实验组和对照组的表达差异无统计学意义。 结论 TLR2和TLR4参与了小鼠皮肤角质形成细胞和巨噬细胞对孢子丝菌的识别,有助于免疫防御作用。     

类几丁质酶3蛋白1在申克孢子丝菌刺激巨噬细胞的表达和作用研究

目的 探讨巨噬细胞类几丁质酶3蛋白1在申克孢子丝菌刺激后的表达和作用研究。方法 通过测定巨噬细胞与申克孢子丝菌共孵育时杀菌率,使用实时荧光定量 PCR检测不同时间点巨噬细胞的类几丁质酶3蛋白1 mRNA表达水平,同时体外实验检测类几丁质酶3蛋白1对申克孢子丝菌的抑菌作用,同时采用空白对照和白念珠菌阳性对照比较两者的差异。结果 巨噬细胞可吞噬杀灭申克孢子丝菌分生孢子,也可吞噬阳性对照白念珠菌酵母相细胞。巨噬细胞类几丁质酶3蛋白1 mRNA表达水平在申克孢子丝菌组和空白对照组无明显差别,作用于阳性对照的白念珠菌组的巨噬细胞类几丁质酶3蛋白1 mRNA表达水平明显上调。体外实验显示类几丁质酶3蛋白1 对申克孢子丝菌分生孢子的无明显抑制作用,对白念珠菌繁殖却有较强的抑制作用。结论 申克孢子丝菌未能诱导巨噬细胞表达类几丁质酶3蛋白1 抑制其增殖从而逃逸清除,而白念珠菌感染可上调巨噬细胞类几丁质酶3蛋白1 表达从而抑制其增殖减轻感染,这可能是申克孢子丝菌特有的致病作用机制之一。     

申克孢子丝菌ＳＰＤＳ基因的生物信息学分析及分子克隆

【目的】 分析预测申克孢子丝菌ｃＤＮＡ中编号为Ｌｏｃｕｓ＿１６８＿Ｃｏｎｔｉｇ＿１序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征,并进行分子克隆。 【方法】 利用ＮＣＢＩ及Ｅｘｐａｓｙ网站提供的ＢＬＡＳＴｘ、ＳｉｇｎａｌＩＰ、ＩｎｔｅｒＰｒｏ Ｓｃａｎ等生物信息学软件分析其序列,判断其是否为全长编码序列、同源序列名称,并分析其结构、定位及功能等;将其中的全长编码区利用ＰＣＲ方法进行扩增后克隆到ｐＥＴ－３０ａ（＋）载体,测序验证。 【结果】 该序列是亚精胺合成酶（ＳＰＤＳ）的同源基因,全长序列为１０６２ ｂｐ,包含完整的编码区１９０ ～ １ ０６２ ｂｐ,编码２９１个氨基酸,在ＧｅｎＢａｎｋ中,其与粗糙脉孢菌的ＳＰＤＳ基因同源性最高,达８８％。理化性质预测其编码蛋白疏水性高;无质体、线粒体等定位序列,不存在跨膜螺旋结构,为非分泌型蛋白。进化树分析结果显示与粗糙脉孢菌同源性最高;ＰＣＲ扩增及测序结果证实目的基因成功克隆进入ｐＥＴ－３０ａ（＋）质粒。【结论】 获得申克孢子丝菌ＳＰＤＳ的基因及蛋白结构、功能特点,构建了其重组表达质粒,将为进一步明确其在孢子丝菌病中的致病作用奠定理论基础。     

白念珠菌Hog1基因DNA、mRNA、蛋白的生物信息学分析

目的:探讨白念珠菌Hog1基因DNA、mRNA、蛋白的潜在生物学性质。方法:采用生物信息学方法对白念珠菌Hog1基因DNA、mRNA、蛋白序列进行分析。结果:白念珠菌Hog1基因启动子可能位于其基因编码区起始位点前654~704 bp,转录起始位点为编码区起始位点前663 bp,Hog1基因并无内含子。Hog1基因mRNA中未发现核糖体结合位点等功能性RNA序列,RNA二级结构分析显示,Hog1mRNA形成稳定的回文结构。蛋白质的理化性质分析显示,Hog1蛋白稳定系数为35.67。Target P 1.1和Signal P 4.1预测结果显示,Hog1基因不存在线粒体定位序列、分泌信号肽及跨膜区域。Motif分析显示Hog1具有MAPK活性,其活性位点可能为第189-181个氨基酸(TRY)。Hog1蛋白序列在各物种间呈渐进式进化、较为保守,尤其在MAPK功能域附近。结论:白念珠菌Hog1基因的DNA和mRNA序列无常见功能域,可能主要通过其蛋白质发挥作用。Hog1蛋白是MAPK家族成员,其MAPK活性位点(第189-181个氨基酸TRY)或为潜在的药物靶点。     

支气管肺泡灌洗液中几丁质酶样蛋白YKL-40对儿童难治性肺炎支原体肺炎的预测价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)中几丁质酶样蛋白YKL-40对儿童难治性肺炎支原体肺炎(refractory Mycoplasma pneumoniae pneumonia,RMPP)的预测价值.方法 50例普通型肺炎支原体肺炎(Mycoplasma pn...     

支气管肺泡灌洗液YKL-40与肺炎支原体肺炎患儿气道损害的相关性

目的 探讨支气管肺泡灌洗液（BALF）YKL-40与肺炎支原体肺炎（MPP）患儿气道损害之间的相关性。方法 选取60例MPP患儿为MPP组,12例支气管异物患儿作为对照组。根据影像学表现将MPP组分为3个亚组：斑片状影（n=34）、肺实变（n=19）、毛玻璃样变（n=7）;根据支气管镜下表现分为3个亚组：黏膜充血水肿（n=38）、黏液性分泌物（n=18）、塑型性支气管炎（n=4）。分析MPP患儿的临床表现、实验室检查特点,检测MPP患儿BALF的YKL-40表达水平。结果 MPP组血清乳酸脱氢酶、BALF YKL-40水平高于对照组（P < 0.05）。肺实变亚组血清C-反应蛋白及乳酸脱氢酶水平高于斑片状影亚组（P < 0.05）,肺实变亚组和毛玻璃样变亚组BALF YKL-40高于斑片状影亚组（P < 0.05）;塑型性支气管炎亚组BALF YKL-40均高于黏膜充血水肿亚组、黏液性分泌物亚组（P < 0.05）;黏液性分泌物亚组、塑型性支气管炎亚组气促比例高于黏膜充血水肿亚组（P < 0.05）;塑型性支气管炎亚组血清C-反应蛋白、乳酸脱氢酶水平高于黏膜充血水肿亚组（P < 0.05）。结论 BALF YKL-40与MPP患儿气道损害相关,且与疾病严重程度有关。     

申克孢子丝菌chs1基因生物信息分析

目的:对申克孢子丝菌几丁质合成酶基因(chs1)及其编码蛋白的结构和特性进行分析和预测。方法:利用NCBI网站、Ex PASy和CBS等工具预测申克孢子丝菌chs1基因及编码蛋白的结构和功能。结果:chs1 mRNA全长2 745 bp,编码914个氨基酸。BLAST分析显示,申克孢子丝菌与巴西孢子丝菌、蓝菌属真菌、足马杜拉分枝菌等真菌chs氨基酸序列一致性达到99%,且有保守域。预测chs1蛋白相对分子量为102 714.7,理论等电点为6.71。预测chs1编码蛋白ɑ螺旋、β折叠、β转角、无规则卷的比例分别是38.40%、17.94%、10.39%、33.26%。chs1蛋白是一种疏水蛋白,包含9个跨膜区,未发现信号肽。结论:成功预测了chs1基因及编码蛋白质的生化性质及结构特征,为下一步对其进行克隆、表达和敲除奠定基础。     

须癣毛癣菌感染致女童眼周面癣1例

患儿,女,7岁,右眼睑周围皮肤红斑丘疹伴瘙痒2周,外用糖皮质激素药膏后加重,皮疹扩大。取患者皮疹边缘皮屑行真菌学检查,直接镜检可见透明有隔真菌菌丝,真菌培养结果鉴定为须癣毛癣菌生长;取患儿家庭所饲养宠物兔耳部皮损皮屑及毛发行真菌学检查,直接镜检可见发内链状孢子,真菌培养结果为须癣毛癣菌。提取病原菌DNA,利用引物ITS4和ITS5进行r DNA ITS区序列的PCR扩增,扩增产物测序后在Genbank核酸数据库中进行同源性比对。证实患者面癣病原菌与家兔被毛所携带的须癣毛癣菌同源性达99%。患者经抗真菌治疗后痊愈。