基于TARGET数据库儿童急性髓系白血病临床特征分析及基因预后预测模型建立

目的 本研究旨在分析儿童急性髓系白血病(AML)临床特点及采用临床标记物和常用指标建立预后诺模图。方法 选取TARGET(Therapeutically Applicable Research To Generate Effective Treatments)有完整随访的患者437例,按自动随机抽取等比例分为建模组(n=308)和验证组(n=129)。采用R统计软件包进行单因素回归分析、Cox回归模型筛选临床变量,设计预后诺模图,并应用一致性指数(C指数)、校准曲线评估诺模图的性能。结果 回归分析中提示独立的存活因子包括绿色瘤(Chloroma)P=0.001、t(8;21)染色体易位P=0.0076、t(6;11)(q27;q23)染色体易位P=0.0298、16号染色体短臂长臂倒位(inv16)P=0.0115、单倍体7(monosomy 7)P=0.0003、WT1突变P=0.0310、危险度分层(Risk group)P=0.0131。生存分析显示monosomy 7,Risklevel, inv(16)对生存影响较大(P<0.05)。建模组验证中的诺模图C指数为0.69...     

基于miRNA-mRNA调控网络的幽门螺杆菌感染相关病变分子机制研究

背景:幽门螺杆菌(Hp)感染与慢性胃炎、十二指肠溃疡、胃癌以及多种胃肠外疾病相关,然而其分子致病机制及其与宿主间的相互作用尚不明确。目的:基于miRNA-mRNA调控网络进行生物信息学分析,为阐明Hp与宿主间的相互作用以及Hp感染可能造成的病变提供线索。方法:使用GEO数据集筛选Hp感染相关miRNAs和mRNAs,检索差异表达miRNAs的靶基因并与差异表达mRNAs取交集以构建miRNA-mRNA调控网络,对靶基因进行GO和KEGG富集分析,构建蛋白质相互作用网络,分析Hp感染与疾病的相关性。结果:靶基因功能富集分析显示富集最显著的基因集为趋化因子受体结合趋化因子。蛋白质相互作用网络中共有28个核心基因,疾病连接性分析显示Hp感染与癌症以及消化、神经、心血管、呼吸、免疫系统疾病相关。结论:本研究提供了一种基于miRNA-mRNA调控网络预测病原体与人类疾病相关性的方法,并发现Hp感染可增加多种胃肠外疾病风险。